唐贞观二十一年，公元647年，李治这时已当了四年的太子，坐稳了储君之位。随着唐太宗的健康状况每况愈下，唐朝的军政大权已在逐步交接。李治总揽全局，长孙无忌主内，李勣主外。也就在这一年，唐朝又参加了两场战争。第一场战争，是唐朝灭高句丽之战的延续，该年李勣和牛进达奉朝廷之命，以水路并进的方式二度出兵高句丽。高句丽一口气吃了上百场败仗，该国名义上的国君高藏王（荣留王之侄，被权臣渊盖苏文立为高句丽国君，无兵无权，形同虚设）、真正的国君摄政王渊盖苏文皆派人向大唐求和，唐太宗认为此时彻底灭亡高句丽的时机尚未成熟，因此也见好就收，下令李勣、牛进达二人分别班师回国。
第二场战争，颇具传奇性，交战的双方是唐朝和地处中印的戒日国。前文说过，自玄奘取西经归国以来，唐朝与“五印”各国便缔结了友好盟约，互相间交流不断。这一年，之前已出使过印度各国的唐朝使者王玄策再次奉朝廷之命，带着由数十人组成的使者团队踏上了前往印度之路，邀请印度各国国君谴使来大唐参观—说白了，就是来向大唐朝贡。印度各国国王以戒日王为首，都仰仗唐朝调停他们与吐蕃之间的战争，自然不敢违拗，于是，王玄策所途径之处，印度各国国王都对其隆重接待，并派出使者带着大量财礼加入王玄策的使者团队，只等王玄策走访完印度全境数十个国家，便随他前往长安。
王玄策顺风顺水地抵达位于中印的戒日国时，变故发生了，之前一直亲善唐朝的“印度共主”戒日王恰好于此时去世，该国和高句丽一样，也被一位权臣夺取了大权，这位权臣名叫那伏帝阿罗那顺。那伏帝阿罗那顺见王玄策的团队满载金银、玉器和各种奇珍异宝，头脑一热，直接下令军队公然抢夺，并将王玄策等数十位唐朝使者全部打入监狱。这一结果，不止令其他印度各国使者惊愕，戒日王之妹，史称：拉迦室利公主，也被吓得魂不附体。她的兄长戒日王生前竭力和大唐交好，图的是什么，图的当然是国富民强，四方安宁。—这下完了，那伏帝阿罗那顺竟然以这样赤裸裸的方式挑衅大唐，她非常清楚此事将会造成的恶劣后果。拉迦室利公主越想越怕，遂趁着权臣那伏帝阿罗那顺不备，找机会把唐朝主使王玄策、副使蒋师仁放了。
王玄策、蒋师仁二人逃出戒日国后，来到邻近印度的吐蕃国避难。经吐蕃国主松赞干布考问，二人果真是如假包换的大唐使者，松赞干布又惊又喜道：“本赞普早就有心发兵讨伐戒日国，只是顾忌大唐与该国一向交好，未得岳父允准，岂敢擅自出兵。然而，他们今日已与大唐交恶，那我出兵讨之，岳父那边也自然欢喜。”他随即点选精兵近万人，借给王玄策作复仇之用。王玄策带着借来的近万名生力军气势汹汹地杀向中印，行军途中，知悉那伏帝阿罗那顺所作所为的其他印度国君畏惧唐朝和吐蕃的强盛，有武器的为王玄策提供武器，有粮食的为王玄策提供粮食，本来是“印度共主”的戒日国一时间人人喊打。由此，王玄策、蒋师仁几乎不费吹灰之力就打败了那伏帝阿罗那顺并将其俘虏，戒日国军队累计有近两万人被杀，另有一万多人沦为俘虏，戒日国五百八十座城邑全部向王玄策投降。
曾经位列亚洲七大强国之一的戒日王朝就这样灭亡了，这一战，也被许多人誉为“一人灭一国”之战—因为唐朝参战的全部兵力，只有王玄策、蒋师仁两位使者。到了第二年，王玄策等人押着以那伏帝阿罗那顺为首的一干戒日国王侯、王妃，以及俘虏的士兵、百姓、牛马、财物，在其他印度各国使者的簇拥下，高奏凯歌回到长安，受唐太宗接见。事后，唐太宗封王玄策为朝散大夫。
有朋友可能会觉得奇怪，如此经典的一场战争，为何相关的记载极少，几乎无人知晓？说来惭愧，这场战争虽然过程离奇，情节动人，更是大唐国威的最真实写照，但对唐朝而言，却绝对算不上什么幸事。因为这场战争除了直接导致戒日王朝的覆灭，还间接引发了另外两起后果。
一，此前，戒日王朝是大唐用来制衡吐蕃的重要棋子，随着戒日王朝的覆灭，五印地区再无一国堪作吐蕃的对手。所以松赞干布之后，消除了面临两大强国东西夹击隐患的吐蕃王朝逐渐变得不再安分，屡屡向唐朝的霸主地位发起挑战，唐朝西部边境从此狼烟四起。（唐太宗正是预见到这一点，所以仅擢升弘扬大唐国威的王玄策为朝散大夫，官阶为从五品，还没薛仁贵的“门卫”官大。）
二，印度各国崇尚佛、神之说，而且鱼龙混杂。其中不乏有真正的得道高僧，以普度世人为己任；但与之同时，也有一些装神弄鬼之辈，靠兜售所谓的“神药”“仙丹”谋取钱财。王玄策回国之后，向唐太宗推荐了一位印度方士，说此人已经活了两百岁，会炼制仙丹，吃了会长生不老。和王玄策一样，抱恙在身的唐太宗也听信了那位方士的忽悠，甚至特意发动天下百姓按照印度方士开具的清单采集各种药材。公元649年，方士再次入宫，宣称神药已炼制成功，唐太宗服食后不久，即驾崩离世，享年五十二岁。
（注：关于唐太宗的真正死因，历来有两种观点：第一种观点认为，印度方士炼成的丹药含有水银等剧毒物质，是导致唐太宗去世的根本原因；第二种观点认为，印度方士炼成的丹药，虽然对健康无益，但也没太大的害处，唐太宗是因为本身有病而致死。但无论怎么推断，唐太宗确实服食了丹药，且不久后就去世是铁证事实，所以丹药哪怕真的没毒，和唐太宗之死是脱不了干系的。）
作为雄才伟略的千古一帝，唐太宗生平痛恨一切封建迷信思想，多次劝导真正的高僧—“唐僧“玄奘还俗，而且他还多次公开嘲笑秦始皇、汉武帝，斥责二人的求仙之举是愚蠢行为，结果那二位皇帝之死与求仙无关，他自己却是因服食“仙丹”而亡。这样的丑闻，唐朝史官肯定不愿多加渲染，所以，王玄策指挥那场战争只能一笔带过，知道的人越少越好。对了，那位自称两百岁的印度方士事后也安然无恙地回国了，就好像他从未来过长安一样…
公元649年六月初一，李治登基，成为唐朝第三代皇帝，是为唐高宗。时年，唐高宗二十二岁，即位之初，即尊奉先帝遗诏，任命其舅父长孙无忌和李勣为辅政大臣。
除了长孙无忌和李勣这一对文武搭档，其实还有第三位辅政大臣，名叫褚遂良。唐太宗弥留之际，李治、长孙无忌和褚遂良都在他身边，李勣反而不在，因为唐太宗把他贬到外地去了。唐太宗告诉太子李治：“李勣才能杰出，但论忠诚，远不及长孙无忌和褚遂良。所以朕把他贬官，然后等你登基再重用他，李勣自然会对你感恩戴德，尽力效忠。”随后，唐太宗又语重心长地对褚遂良道：“朕之所以召你前来，是有一个特殊任务要交托给你—长孙无忌身为首辅，又是外戚，位高权重，无人可比，一定会遭他人嫉恨。所以朕千秋之后，你负责保护好他，不能让任何人中伤他，陷害他。”说到这里，唐太宗圆睁双目，接着道：“如果真有人这么做—除掉他！”