这本该是“君明臣贤”的一段历史佳话，没想到，却被一件意外的插曲给打破了。公元436年正月，距离檀道济略施小计，逼退魏军之时，已过去有五年。宋文帝不知道是因为天气寒冷受了风寒，还是饮食上出了什么问题，突然生病了，而且病得很重，一连几十日不能够上朝。皇帝久病不愈，国家大事还得有人来掌管，于是，经宋文帝本人同意，他的皇弟刘义康便以宰相的身份暂掌朝政。
当时宋文帝才年仅三十，他的几位皇子都年纪还小，不能理事，因此用刘义康代替皇帝治国之举，符合宋国的国情。而刘义康临时当上了这个“代理皇帝”之后，表现得也十分出色，对外，他把国事治理得井井有条，对内，他每次忙完公事之后，都亲自入宫尽心服侍兄长，端汤送药，任劳任怨。宋文帝对自己弟弟的表现很满意，于是就有了一个念头：自己病了这么久，丝毫不见好转，只怕时日不多了，既然刘义康能力、品德俱佳，不如及早任命他为辅政大臣，一旦自己驾鹤西去，就让他全心全意地辅政太子刘劭（刘义隆长子，时年十三岁）。
按照惯例，要设立辅政大臣，一个人是不够的，至少得几个人同时担任，而且最好是文武搭配，文的主管政事，武的主管军事。文的辅政大臣有了，刘义康，那么武的辅政大臣该选择由谁来担任呢？宋文帝在患病期间想了又想，发现没有人比檀道济更适合了。
“宋国之栋梁”“兵法集大成者”“魏军畏之如虎”，这些都是檀道济通过战无不胜的表现赢得的声誉。加上他已有过辅政大臣的资历（刘裕临终前任命的四位辅政大臣之一），在辅佐少主方面经验丰富，不用他为辅政大臣，怎么着也说不过去啊。
二月，宋文帝下诏，让檀道济立刻入朝觐见。
檀道济一得诏书，就辞别家人，从江州赶往京城建康。他的妻子为他送行，面有忧色地说道：“唉，老身担心的事儿终于还是来了，将军此去京师，定是有去无回；不日，将檀氏一族满门抄斩的诏书也将会送到。”檀道济不信，安抚妻子道：“我担任江州刺史多年，克勤克俭，从无过失，陛下一直对我推心置腹。此次召我入京，是陛下身体抱恙，他担心或有不测，想提前拜我为辅政大臣罢了。”檀道济妻子不复多言，二人别过。檀道济到建康之后，如他所料，皇帝虽然卧病在榻，不能起身理事，但在召见檀道济时，仍然挣扎着起身与之答话，言语十分敬重，并且还表达了想任命檀道济与刘义康一起担任辅政大臣的心意。檀道济谢过宋文帝，自此留在京师等候消息。
不知不觉等了一个月，期间宋文帝的身子骨一会儿好，一会儿坏，就跟六月的天气一样，一会儿放晴，一会儿下雨。到了三月份的时候，宋文帝的病情突然好转，又可以亲自治理国事了。他的病情既然好转，那么暂时也就犯不着再任命什么辅政大臣了，宋文帝遂再次召见檀道济，当面对他这些年担任江州刺史，以及其他职务的功绩予以高度肯定，同时，宋文帝令左右为檀道济准备车驾，让他带着朝廷的赏赐之物返回驻地。
见皇帝转危为安，檀道济也很高兴，加上了他此来颇受朝廷礼遇，又得了一车赏赐之物，便风风光光的踏上了归途。走出建康城门时，檀道济想到自己离开江州之前夫人说的那一番话，忍不住笑道：“夫人啊，你的预言终究是错的，看我回去之后，你怎么好意思见我？”
建康通往江州之间，有水路可行，檀道济带着随从、车马等物刚等登上渡船，还没出发，建康方面突然又有朝廷特使前来，对船上的檀道济道：“大人且慢行，卑职们奉陛下之命，特带来美酒一坛，为您饯行！”檀道济大喜，吩咐从人道：“快上岸，随我一道答谢陛下大恩！”众人刚来到岸上，特使一声唿哨，一旁突然闪出百余名宫廷侍卫，手持刀剑将檀道济等人团团围住，檀道济急了，忙问特使道：“诸位是什么意思？”特使不跟他答话，直接令人将檀道济押下，用囚车带回京城。
现罪名确凿，可斩立决！另外，其子女，以及亲信薛彤、高进之等一十二人，也皆受朝廷厚恩，却与檀道济私下勾结，狼狈为奸，依照诏令一并处斩！”
檀道济妻子的预言实现了，但檀道济并不明白为什么会这样。他只明白一点：没有了我檀道济，以后谁来帮助大宋守护万里江山，谁来帮助大宋抵挡魏国铁骑的侵略！见过宋文帝的诏书之后，檀道济怒不可遏，两道目光犹如燃烧的火炬，他摘下了头上的头巾，狠狠地砸在地上，冲天咆哮道：“混蛋，哪有人像你们这样愚蠢，竟然亲手毁掉自己的万里长城！”（成语“自毁长城”的出处。）
三月初八，檀道济与儿子、亲信等十余人皆被斩首，举国上下闻知此事，无不惊悸；而魏人听说竟然有这等奇事，则纷纷弹冠相庆，魏太武帝在朝会之时，也兴奋与大臣们说道：“檀道济死了，南方剩下的那些竖子还有什么值得朕忧虑的呢？”
从事后来看，檀道济被杀一案确实很奇怪，就在几日前，宋文帝还隆重地欢送他返回驻地，欣赏之情溢于言表；怎么才几日工夫，就把他判定为“反贼”，将他满门抄斩了呢？对此，笔者为免得读者朋友们产生疑惑，从自己的观点出发，稍作一下解释：就在檀道济离开建康城不久，宋文帝的病情突然又再次加重了，而且从发病的迹象来看，这一次神仙也救不回来了。宋文帝于是急忙派人召见刘义康、檀道济二人，要将身后事嘱托给他们，当时，檀道济已离开了京城，而刘义康却常年在宫中行使“代理皇帝”的职权，自然是刘义康先到。刘义康听过宋文帝召他前来的用意，想了一会儿，问宋文帝道：“皇兄，你觉得臣弟的才能比之檀道济如何？”
宋文帝虽病重，脑袋没糊涂，不假思索地回道：“朕任命你为辅政大臣，是因为你是我的亲弟弟，是最值得信任的人；单论才能，当然是檀道济的才能更高。”
“当年曹睿临终之前，让曹爽和司马懿共同辅政少主的时候，只怕也是这么想的吧？”
就是这么轻描淡写的一句话，足以判定檀道济的死刑。—宋文帝任凭流言蜚语的诋毁，一直对檀道济信任有加，那是因为他对自己用人的手段很自信，觉得可以驾驭住檀道济；但他万一真的去世了，仅凭刘义康和他几个未成年的儿子，有人可以撼动檀道济在朝中的地位吗？而且，更加细思极恐的是：当年司马懿篡权曹魏，其子孙司马昭、司马炎等人好歹还保留了曹魏宗室一族的荣华富贵；可是他的父亲已作出了一个极坏的示范，一旦让檀道济成为又一个司马懿，那么刘宋王朝的那些王子王孙们，可能会被篡权者灭族的！
在被别人灭族，和灭别人的族之间，宋文帝毫不犹豫地选择了后者，所以他肯定了刘义康的担忧，颁布了那条诏书，杀了檀道济和他的儿子。
檀道济冤不冤？自然是冤的，而且冤得不能再冤了！但宋文帝杀他符不符合逻辑，同样也符合逻辑。这一点，檀道济的妻子早在几年前就看出来了，自古以来，伴君如伴虎啊，除非是刘秀、曹操这种“军神级别”的君主，否则一个不懂军事的君王，很难做到对“军神级别”的部下保持百分之百的信任。很可惜，檀道济没有看出来。他的心中只有国家和大义，没有勾心斗角的宫廷政治。
也是命运弄人，苍天无眼吧，檀道济被杀后不久，宋文帝的病就好了，这次是真的好了。