正当刘裕踌躇满志规划他的统一大业时，建康方面又有消息送来，这次却不是为他加官进爵的喜报，而是噩耗—刘裕最信任的战友，也是最竭力反对他称公的人，刘穆之病逝了。
刘裕北伐后秦期间，他将东晋的整个大后方，也就是长江以南一线，全权交予刘穆之负责。对于这一安排，刘裕曾颇为自得：他了解刘穆之的性格，此人虽然强烈反对自己称公、加九锡，但仅仅是政见不同而已，像他这种的忠臣、义士，是绝对不会背叛自己的。而且如此一来，二人各自管理一方，少了见面的机会，也免去了许多尴尬。事实上，刘穆之在得了这一任命后，表现也确实极其出色，刘裕派人问他要粮，他早已把粮食筹措好了，刘裕派兵问他要兵，他早已把军队准备完毕，他之于刘裕，一如萧何之于刘邦，邓禹之于刘秀。但刘裕万万没想到的是，刘穆之效忠于晋王室的初衷从未改变，眼见刘裕的势力愈发壮大，改朝换代已是不可避免，刘穆之在强烈的悲愤之下，最终做出一个匪夷所思的决定。
也只有这个决定，才能做到既不背叛刘裕，又能表明他对晋王室的支持态度—自虐。
我死了，就什么也看不见了，刘裕，你爱怎么折腾怎么折腾吧。
抱着这一态度，刘穆之在刘裕北伐期间，每日废寝忘食，任劳任怨。据说，他能够一边听取属下的汇报，一边阅读公文，一边批阅材料，同时还和另一个属下讨论其余方案。一心四用，从不混淆，所有不知情的官员对此无不叹服：刘穆之真是人才哪！但也有少数人看出了端倪，密奏刘裕道：“太尉，刘穆之勤于政务已到了舍生忘死的地步，每日睡觉时间加起来还不到一两个时辰，他这样不爱惜自己，能够维持多久。一旦他有所不测，太尉将用谁来代替他？”
刘裕当时正忙着构思对魏、秦两国的作战策略，对于这一提醒，直接选择了忽略。他没想到，一语成谶，他的统一大业才初见胜利的曙光，刘穆之就永远地离开了他，享年五十八岁。
刘穆之在世时，刘裕只需负责前线战事，对于后方之事从不过问；刘穆之死后，朝廷大小事务都要拟成公文送到长安，请刘裕一一定夺。这样既不方便，也容易导致后方混乱。刘裕也曾想过，重新挑选一位可以代替刘穆之的人才，替他在后方运筹帷幄，把南方的半壁江山重新撑起来，但选来选去，重新委任的几人都不合适—能够对刘裕忠诚的，才能不如刘穆之；才能足够的，对刘裕的忠诚不如刘穆之。刘裕念及于此，不禁喟然长叹，一连多日食不甘味，最终，他权衡利弊，被迫作出了一个决定：暂停北伐计划，亲自返回建康。
这也是没有办法的事了，在当时的情形下，晋国上下，能够完美代替刘穆之的人，有是有的，但只有一个，那就是刘裕自己。
“我先回南方了，等我重新物色好一位像刘穆之这样的人才，我再回来！”临走之前，刘裕嘱咐王镇恶道。
刘裕虽然决定班师回国，但对于千辛万苦才收复，周围又列强环伺的关中沃土并不打算丢弃。所以，他留下了此次北伐期间随同自己一道出征的爱子—他最疼爱的二子刘义真，让他以总督身份留守关中。可是，刘义真才十二岁，这样艰巨的任务交给一个孩子显然是不合适的，因此刘裕又任命王镇恶为军司马，让他也留下，协助刘义真处理军务。
之所以选择王镇恶，除了军事能力的原因，刘裕还有一层考虑：晋军将领多是南方人，他们常年身居南方，对北方这片陌生的土地没有太多的感情，一听说刘裕要回国了，纷纷闹着也要回国，只有王镇恶，这位王猛嫡孙，愿意扎根在这片故土，替刘裕将这份看起来风光，实则险象环生的事业暂时维持下去。
换句话说，刘裕走后，王镇恶的意义，相当于北方的刘穆之。
王镇恶在得到刘裕的这一任命之后，感激涕零，他指天盟誓道：“太尉放心，在您回来之前，若有他国敢觊觎关中之地，兵来将挡，水来土掩，我王镇恶对太尉的忠心，可鉴日月！”
刘裕大喜，交给王镇恶一万精兵，然后正式宣布启程归国。这几个月来，由于刘裕入驻长安之后，向四方百姓广施仁德，周围军民已知其为人—之前的谣言，只是误解。这时听说刘裕要走，皆痛哭流涕地前来挽留，不少老者向刘裕哭诉道：“我等年少之时，曾见过自己的军队，那是桓温将领率领的；如今古稀之年，才再次见到同样装束的官兵，人人互相庆贺。刘将军，长安附近的皇陵，埋葬着刘氏的皇帝，长安的宫殿，是刘氏皇帝的昔日居所。您既然来了，在这里称帝我等都会拥护您，为何还要走呢？”刘裕知百姓的话是肺腑之言，听后也是极为感伤，他安抚那些老者道：“我回去只是一时权宜，待我安定好南方诸事，自会再次北上来到此地。有王镇恶将军和一万精兵在此，你等只管放心便了。”遂不顾百姓苦苦挽留，拔寨南下。还没离开长安，部下沈田子秘密进谏刘裕道：“王镇恶固然是员将才，但他是北方人，忠心不比我等南方将士。若只留他一人辅佐少主，只怕会有变故发生，这正如文皇帝（司马昭）兵分二路伐蜀，不敢独遣钟会一样，不如末将也一并留下，也好监视他的举动。”刘裕乍听此言，一时踟躇，犹豫了一阵，方才说道：“也好，你是本公的家臣，若是真心愿意留下，协助少主、王镇恶，那是再好不过。”于是补下一令，拜沈田子为参军，让他也留下；之后，刘裕的行军参谋王修也表态愿意留下，刘裕想了一想又同意了，任命王修为长安长史。