再说刘裕自从大胜魏军，名震天下，其西进之路，再无一人敢加以阻拦，九月，刘裕率军抵达潼关，与王镇恶会师。潼关守将姚绍自知大势已去，忧愤交加，竟然呕血而亡。王镇恶向刘裕请缨，愿将功补过，率所部兵马乘坐战船，经黄河开进渭水，然后直趋长安城，刘裕准了，同时，刘裕还令朱超石、沈田子等人，分别经蒲阪、武关等地向西推进，以策应王镇恶的攻势。
九月下旬，晋秦两国决战打响，王镇恶出战之前，激励部下道：“我等亲人、家园都留在南方，而我们脚下，是北方的土地，距离江南已达万里之遥。诸位将士，此战如不能胜，我与你们的尸骨从此将埋葬于此，唯有胜利，方能建功立业，他日衣锦还乡。成败在此一举，请诸位共勉！”言罢，王镇恶令军需官取来食物，让士兵们尽情饱食，待士兵们用餐完毕，王镇恶令人将剩余的粮食悉数投入大河，以示破釜沉舟之志。晋军受他激励，皆乘坐艨艟小船，卖力划动，如离弦的利箭一般向西疾行。不到数日工夫，便抵达渭桥。姚泓听闻战报，忙令宗室姚丕率军前往渭桥迎战，秦军方与晋军相遇，抵不住王镇恶身先士卒，勇冠三军，姚丕所部竟一触即溃。姚泓随后率军前往支援，却遭姚丕的败兵冲击践踏，也是不战自溃。姚泓仅率数骑逃入皇宫，与百官商议，觉得事已至此，不如及早投降。姚泓的有一爱子，名叫姚念佛，年仅十一岁，他劝父皇道：“王镇恶是王猛之孙，与我姚氏祖上有血海深仇，等他进入长安之后，必将血洗姚氏一族，与其投降，还不如自杀。”姚泓性格软弱，对此不作回答，姚念佛便自己登上城楼，投地而亡。九月二十四日，姚泓率妻子儿女，文武百官前往王镇恶营中投降，王镇恶禀过刘裕，果然将姚姓宗室一百余人全部杀死；除此之外，长安城中尚有汉、胡百姓六万多户，十数万人，对于这些百姓，王镇恶严戒部下道：“我军此来，只为诛灭姚氏，其余人等既往不咎。”于是向百姓们宣扬晋国的仁德，并好言加以安抚，百姓见晋军秩序井然，号令严明，方始从惊慌中解脱出来，重新安居乐业。忙完以上这些事，王镇恶就令人备马，亲自前往霸上，迎接刘裕入城。
刘裕到后，抚慰王镇恶道：“我能来到此地，全赖将军之功。”王镇恶叩拜起身过了，谦让道：“我军伐秦大获全胜，全凭主公之威，众将之力，末将王镇恶何功之有？”刘裕大笑：“将军如此谦让，堪比大树将军冯异了。”二人遂并肩策马进城。到皇宫后，有人私下密报刘裕道：“王镇恶前日进城之后，私藏了姚泓的御用辇车，又与百姓约法三章，收买人心，只怕其人有割据关中称王之志，太尉不得不防！”刘裕不信，派人暗查，原来，那王镇恶作战虽然勇猛，却生性贪财，他见姚泓的辇车上装饰了许多名贵的珠宝，便派人将那些珠宝剔除了下来，收入自己囊中；至于辇车，王镇恶倒是没敢乘坐，他得了珠宝，随即教人把辇车扔到了城外。
这一突然的插曲，使得刘裕心中很不是滋味，其实，从辇车上剔除珠宝这事，真正论起来倒是无足轻重—与王镇恶的功劳相比，私藏那一点点珠宝算什么大事呢？（而且辇车还让他给扔了）问题是，王镇恶不是一般人，他的出身太显赫了，他是王猛的孙子，方圆百里的军民但凡稍微年长一些的，谁没受过王猛的恩惠？而且王镇恶进城之后，虽然在对待姚氏和普通百姓二者身上，采取了截然不同的态度，不过，他尽除姚氏，奉的是刘裕的命令，而抚慰百姓的事儿，却是王镇恶亲自做的。于是，有一种传言悄悄扩散开来：“王镇恶的为人，好比是刘邦；刘裕的为人，好比是项羽。”
这就让人更不是滋味了。当然，凭刘裕这么多年经受的历练，和他那深不见底的城府，对此即使有些不爽，他也不会轻易地表露在脸上。毕竟，王镇恶是灭秦的首功之臣，这是得到公认的，至于说他收买人心，有称王之志，这仅仅是传言而已，凡事要讲究个证据嘛。况且，刘裕还真的不怕王镇恶有异心，因为此次灭秦之战，并不是他的最终目标，刘裕的最终目标，是统一天下！
“长安、洛阳两座晋国故都，本公皆已收复，华夏大地，尚不属我掌控的，唯有冀州、并州、幽州三地，从今往后，本公将巡行于二都之间，以便经营北方战事。”
晋军攻灭后秦之后，晋安帝曾第一时间下诏：加封刘裕为宋公，并允许他挑选十个郡作为封地。刘裕对此严辞拒绝，对他而言，这个虚名他肯定会收下，但不是现在。—他已不再年轻，懂得孰轻孰重，与其接受“宋公”之名，惹得皇帝惊恐，群臣猜疑，国内生乱，不如暂不接受，以便稳住国内，方便他集中精力筹谋对外的战事。他打算就此扎根于北方，并对部下们提出了一个重大的构想：即把都城从建康重新迁回洛阳，并把司马德宗也迎接到北方来。只要他留在这里，试问，天下有何人敢在他眼皮子底下轻举妄动！
这是刘裕一生中最辉煌的时刻，拓跋嗣、赫连勃勃等人听说他驾临长安，都争先恐后地遣使送来贺表，尤其是赫连勃勃，更是直接在贺表中尊称刘裕为“兄长”，发誓从今往后将肝脑涂地，为其效忠，供其驱策。自从永嘉南渡以来，晋人偏居江南已达百年，期间内忧外患，多次险遭亡国之祸，虽在桓温、谢安等人领导下，晋军也曾不断地兴兵北伐，却建树寥寥，只有他刘裕，真正地实现了晋人的一致夙愿。他屹立在长安高高的城楼上，用君临天下的姿态，俯视着脚下的晋国军队，自豪地向他们宣告。
“这里是我们的故土，我们回来了！”