除掉刘毅之后，当初参加“讨伐桓玄联盟”的十二位首领或是战死，或是病死，或是与刘裕作对被杀，仅剩下刘裕本人和诸葛长民。仅过一年，诸葛长民因自己曾公开支持过孟昶、刘毅，反对刘裕的若干策略，他对自己的处境心生不安，便写信给北府军少帅刘敬宣，劝他和自己一起造反，起兵讨伐刘裕。孰料刘敬宣出于恐惧，随即将此事报告刘裕，刘裕一不做二不休，将诸葛长民也杀了，从此当起了孤家寡人。
曹操曾在自己所著的《让县自明本志令》中说过这样一番话：“假若天下没有我，不知当几人称帝，几人称王…我如今大权在握，再要我放弃所统帅的军队，将兵权交还朝廷，自己回到封地颐养天年，那是绝对不行的！为何？只因我一旦放弃兵权，嫉恨我的权势，想要杀我的人实在太多了！”刘裕在铲除刘毅、诸葛长民的过程中，其心境也是大抵如此吧。对于一名政治家来说，那些明眼可见的刀光剑影，远不及暗地里的各种勾心斗角，尔虞我诈来得凶险，所以到了这个地步，他仅仅做一名英雄已不够了，还必须做一名“奸雄”，从而保护自己。在此，我无意替刘裕美言，事实上，论及军事才能，刘裕确实算得上是鲜有敌手（这一点我觉得比曹操更强），但论及政治眼光，刘裕之后的表现只能算是一般（这一点我觉得不如曹操）。
在除掉那些能够对自己权力地位造成威胁的“反刘集团成员”的同时，刘裕也在重点培养那些对自己忠心耿耿，形不成威胁的“刘氏集团成员”。他的智囊刘穆之是其中最重要的一人（刘裕和刘穆之的关系，基本等同于刘邦和萧何的关系。）此外，刘敬宣、檀道济、王镇恶、朱龄石等人，也都在这份名单之中。刘敬宣、檀道济、王镇恶的事迹前文都已提到过，下面简单介绍一下朱龄石。
公元413年，也就是刘裕铲除诸葛长民的同一年，朱龄石被任命为益州刺史、都督益州诸军事，率军两万从江陵出发，前往攻打蜀地。当时，割据蜀地之人名叫谯纵—公元405年，谯纵趁着刘裕、桓玄于长江中下游大战方休，自称成都王，建立了西蜀政权。之后这么多年过去了，晋军多次进攻蜀地都以失败而告终，长江上游一直处于脱离东晋政府状态。刘裕在平定卢循之乱的过程中，发现一位名叫朱龄石的小将作战极其勇猛，而且非常善于以寡击众，事后，待他成功除去刘毅、诸葛长民两大政敌，稳住中下游形势，便大胆启用朱龄石，让其担任统帅，独率一军伐蜀。
和之前一样，这个作战方案一经提出，又遭到了许多官员的反对—以往官员反对刘裕，是因为他在朝中有政敌，大伙想通过这个方式来遏制其权力；但这一次政敌没了，其他官员也都已被刘裕制得服服帖帖，依然还有许多人提出反对，这就让人有点难以理解了。
说起来，还是怪刘裕太猛，不管是在战场上，还是在政坛上，只要是和他作对的，无一例外全死了。于是大伙学聪明了，既然和您作对是行不通的，那我们为您歌功颂德，想尽办法讨您欢心，这总可以了吧。恰好此次出征蜀地的，除了朱龄石之外，还有一位将领名叫臧熹，这臧熹非但资历比朱龄石高，而且身份很不简单，他是刘裕的妻弟。官员们为了讨好刘裕，纷纷抢着进谏，说此次伐蜀，应该用臧熹担任主帅，而朱龄石依照资历，至多只能作为副将。
刘裕听过众人的进谏，随即补了一道命令：“将臧熹所辖的军队之中，所有年富力强的精兵统一调拨归朱龄石指挥；臧熹身为副将，如果在前线胆敢擅自行动，不听从指挥，朱龄石作为最高统帅，有权先斩后奏！”这道命令一颁布下去，群臣屏声息气，再也没人敢说一句“该由臧熹担任主帅”这事了，朱龄石也因此乐得无人掣肘，到蜀地之后得以尽情施展其军事才华，只花了几个月时间，朱龄石就带着成都王谯纵的首级奏凯而归。晋国则通过此役，重新恢复了在整个长江以南的统治地位。
历史是一面镜子，我们之所以去研究它，并不仅仅是为了知道其间发生的那些有趣的故事，最关键的是，我们通过这些故事，可以总结出其中的规律，寻找出过往各个朝代，各个国家兴衰、荣辱的真相。
不知不觉，刘裕从军已有十四年了，这十四年，是他不断奋斗的十四年，成绩单如下：对内平定了三次五斗米道教叛乱，并打败桓玄、刘毅两大政敌；对外，则征讨南燕、谯蜀取胜，且利用外交手段收回了淮北十二郡，参考其出身贫寒，奋斗起点很低这一客观因素，可以说他对东晋作出的功绩已经是非常之高了。于是，随着朱龄石归来，刘裕怀揣着一颗已是按捺不住的政治野心，终于向他的心腹刘穆之询问了一个问题：“我的功绩即使不如曹操，也相差不多了吧，那么我刘裕什么时候能够进位为公，并获得加九锡的殊荣呢？”
刘穆之想了许久，没有直接回答这个问题，只是叹道：“如果将军自比曹公，那么我呢，难道是荀彧？”
这个顾左右而言他的答案对刘裕而言，无异是晴天霹雳：有那么多人可以作为你刘穆之自比的对象，萧何也行，邓禹也行，为什么你偏偏要选择自比荀彧！—众所周知，曹操在进位为魏公，获加九锡的殊荣之前，也曾询问荀彧对此事的看法，荀彧道：“曹公组建义军，征战四方，天下人都认为您是为了匡扶汉室，所以才效忠于您。如果您不想从此失去人心和道义，最好不要如此。”事后，曹操见荀彧公然反对自己称公，逐渐对其冷落，荀彧忧愤而死（《三国演义》上说荀彧是被曹操赐死的，这一说法疑似有误）。
所以说历史是面镜子，刘裕从镜子中看自己，怎么看怎么像曹操；而刘穆之一心效忠于晋室，他从镜子里看到了刘裕的未来，也看到了自己的结局。
这番对话结束后没过多久，刘穆之就病了。刘裕当然清楚刘穆之病从何来，不过这时的他，如果一定要从“让刘穆之病好”“称公、加九锡”两者之间作出选择的话，他只会选择后者。
—是的，我出身低，连品级都没有，完全靠砍人头，攒军功，才获得今日的地位。那有怎么样？有无数人曾嫉妒我，排斥我，想要害我，但现在，他们全死了，只有我还活着。
—若没有我，晋国早就亡了多少次了，我劳苦功高这么多年，凭什么只能压抑自己的欲望，凭什么让那些只会享乐的晋国公子哥们坐享其成？
—如今举朝上下，从文官到武将，全部都是我的人，檀道济、王镇恶、朱龄石、沈林子等人，皆是可独当一面的上将之才，他们全部为我所用，相当于我的家臣，只要我一声令下，即便当今的皇帝，也得乖乖听从号令。刘穆之，我不可能为了你一个老腐儒的愚昧之见，就彻底放弃我唾手可及的光辉前程…
刘穆之病了之后，刘裕想了许多，但从始至终，他从未对自己选择走上了“奸雄”这条路而感到后悔。其后过了一段时间，刘穆之的病情稍有好转，开始照常上朝，照常处理事务，但刘裕和刘穆之之间，再也无话可谈。
二人似乎达成了一种默契：我清楚你的内心想法，但我无法改变你；你也清楚我的内心想法，同样无法改变我。就这样吧，未来的事儿谁能说得定呢。
公元416年一月，自从收复蜀地以来，江南无事。一直在寻找合适的机会进位为公，并获得加九锡殊荣的刘裕，收到了一位远方陌生人的来信。信很长，简单概括，内容大致如下：
“将军姓刘，我也姓刘；将军是当世英雄，我也是当世英雄；将军的敌人难道不是魏、秦两大北方强国么？那么巧了，我也是！”
“所以我冒昧的向刘将军提议，从今往后，我二人达成军事同盟，一齐出兵进攻秦、魏二国，他日事成之后，秦、魏之地归你我共有！”
信的署名是：夏国国主，刘勃勃。
刘勃勃这人，刘裕虽未与之谋面，但大致听说过其所作所为。岳父收留他，杀岳父，姚兴重用他，叛姚兴，每次征战必杀人无数，即便手无寸铁的百姓也不放过，以上这些差不多就是刘勃勃留给刘裕的印象。因此在内心底，刘裕对对方请求结盟的提议是拒绝的—他也杀人，但只杀军事和政治上的敌人；他也不念旧情，但像刘穆之这样公然反对他的人，他不但忍了，而且依然让刘穆之担任尚书左仆射，总摄朝政；至于荼毒百姓，滥杀成性这种事，更是和刘裕没半分钱关系，刘裕对待百姓，一向是爱民如子。
然而，内心虽然拒绝，终究胜不过对至高无上权力的渴望。正恨没有新的立功机会，无法称公、加九锡的刘裕思量再三，还是回了一封信给对方，语气平和地问道：“说说看，让我怎么相信你？”