卢循、徐道覆二人眼看着自己的庞大战舰一艘艘被晋军的强弩击沉，皆是目瞪口呆，束手无策。他们并非不想拼死一搏，然而，因为晋军所用的弩机是装载在战船上，可以随着船只的移动而改变位置，相当于移动炮台，即便他们想来个鱼死网破，奋力驱动战船上前撞击对方的船只，对方凭借船只小，行动更灵活的优势，也能够一边继续发射弩箭，一边从容地躲避。
“不能打了，撤退！”二人下令道。
在混乱的战场上，能否做到“败而不溃”对一名将领而言，是个重大的考验。事实证明，徐道覆确实厉害，在这样的局面下，他依然能够指挥着自己的舰队在雷池湖面上有条不紊的陆续掉头，然后排列成长队，重新驶入了长江。战事进行到这时，叛军的水师虽然已遭到重创，但主力仍在，卢循、徐道覆索性让将士们卯足了劲，一鼓作气向下游方向冲去。
刘裕率领晋军从后一路急追，说来也巧，便在此时，江面上突然刮起一阵飓风，而且风向是来自东南。这对叛军来说可就真要命了，什么时候来东南风不行，偏偏这时候来，要知道，叛军所造的超级战船—八槽战舰不但威力强大，而且船身非常高，足足有十余丈。船身一旦高了，如果顶着逆风强行行驶，就会造成一个极其严重的后果。
—翻船。
如此一来，下游也去不成了，留给叛军的退路只剩下一条，回江州浔阳。可是，趁着大风骤起，叛军指挥陷入慌乱的当口，刘裕的水军已及时追了上来，两支船队，一南一北，并排向东行驶—其中卢循、徐道覆的船队，位于西北侧；而刘裕的船队，则位于东南侧。刘裕利用自己船只轻便、矮小，非但航速更快，而且不怕逆风行驶的特点，让将士们拉开强弩，继续不断地向敌军战船的侧翼射箭，其用意一目了然，他要配合大风和江水的流势，逼迫叛军放弃去南岸的想法，在西北岸停靠。
“那就去西北岸吧，竖起帅旗，通知全军将士，快！先集体靠岸再说！”卢循、徐道覆已彻底丧失了掌控战场形势的能力，他们的船队只得被刘裕像赶鸭子上架一样，狼狈地接近西北岸。刚抵达岸边，只听见一阵喧哗，不知道从哪里一下子冒出来上万晋军，人人手持事先浸过灯油的火把，纷纷投向叛军的船队…正是火借风势，风助火威，只见那长江西北岸，浓烟四起，处处大火弥漫。两位叛军主将这时已接近崩溃：那刘裕是什么神人，雷池之战还没打响，他已算准了他们会取胜，而我军只能撤回江面；然后，他又算准了江面上会有大风来袭；然后，他又算准了我军只能在西北岸停靠；然后，他又事先埋伏了上万士兵在这里，专心等着我军上钩，好就地放火…
经过一番困兽恶斗，卢循、徐道覆浑身伤痕，终于还是带着仅存的几艘千疮百孔的破船回到了浔阳，当然，这里也已不再属于他们了，因为檀道济、刘遵事先得刘裕将令，已趁着两军在雷池激战的当口，在浔阳城头上竖起了“晋”字旗号！
卢循、徐道覆这次败得心服口服，二人已无与刘裕对抗下去的勇气，对他们来说，如果能回到广州，重新过上他们的“土财主”生活，借给他们一百个胆子，他俩此生也不会有任何造反的念头了。可是别忘了，穷追猛打，毕其功于一役，正是刘裕的拿手绝活，他怎会心慈手软，让那两位叛军首领获得重新做人的机会？
时年十二月，便在卢循、徐道覆于雷池大败的同期，晋军将领孙处安、沈田子二人率战船百艘、士兵三千人，突然在番禺出现。二人趁着叛军之前集体北上，几乎没有留下守备的良机，不费吹灰之力，便成功收复了广州全境。
叛军的老巢丢了，这不是巧合！《孙子兵法》有云：多算胜,少算不胜,而况于无算乎!还是拿下棋作比喻，如果说徐道覆身为一名高手，可以提前算准接下来双方下的五步棋，那刘裕的计算能力，足以算准接下来双方下的十步棋，甚至更多。这时再回过头来看一下刘裕造好战船的时间，是在该年的八月份，这时候他已经具备反击叛军的实力，却一直按兵不动，直到十二月份，才来到雷池，与叛军决战。为什么？原因就在孙处安、沈田子二人身上，因为当时的造船技术虽然已经很先进，但船在海上航行，还需要紧贴着沿海陆地行驶，以便躲避随时可能来袭的海啸、飓风，并方便补给淡水和粮食。受制于这个原因，刘裕判断孙处安、沈田子二人要到该年十二月才能抵达广州，所以他才选择了于同一时间与叛军决战，结果正如他所料，叛军首尾不得兼顾，非但主力伤亡殆尽，而且一举丧失了其大本营。
卢循、徐道覆之乱彻底失败了，不久，二人的首级被追兵割下，先后送呈京城。公元411年，刘裕凯旋而归，鉴于其力排众议，成功保卫京城的功劳，在之前的官衔基础上，又加受太尉、中书监等职。
刘裕所拥有的官衔已太多了，只怕拿张斗大的纸都写不下，不过这个世界上，永远不会有人嫌自己的钱多，也不会嫌自己的官太大。刘裕升官发财，本是喜事，偏偏此时荆州地区传来了噩耗：荆州刺史刘道规去世了。
刘道规是刘裕之弟，也是他在长江中游布下的一颗重要棋子，但如今这颗棋子没了，刘裕伤心之余，还必须选择一颗新的棋子将此地的空白及时填上。刘裕考虑到荆州、江州二地刚经历过战火，各郡百姓背井离乡，寥落无几，需要用一位资历显赫的人前往安抚，便询问群臣，谁可担当此任。许多大臣都推荐刘毅。刘裕这人很大度，他表示，刘毅此人不久前刚刚犯过大错，我还准备惩罚他呢，不过既然民意如此，那我就遵从民意好了，遂任命刘毅为荆州、江州二地刺史，前往上任。
刘裕的心腹刘穆之对此很不能理解，他问刘裕：“孟昶死后，朝廷之中唯一可以与您抗衡，又不能顺从于您的，便只剩下刘毅了，趁着您刚建立了盖世大功，群臣无不心服，正是铲除政敌的大好机会，您为何不罢免刘毅，反而还让他总督一方，培养其势力？”
刘裕笑了一笑，说道：“此事你不必过问，他日自会知晓其中道理。”
仅过一年，刘毅在荆州、江州等地招兵买马，募集得上万精兵，又不经朝廷批准，私自任用属下官吏，荆、江二州的各郡军民对此不满，纷纷上表，称刘毅有反叛之心。刘裕这才对刘穆之解释道：“这就对了，那刘毅虽是我的政敌，但他有参加讨伐桓玄，拥护天子之功，之前我若是草率将之罢免，只怕群臣会说我依仗权势，不能容纳贤才。今日是众人说他要造反，我遵从民望，派兵前往征讨，何患不能取胜？”
刘裕遂派遣王弘、王镇恶、蒯恩等人率军前往江州，征讨刘毅。其中那王镇恶，即是前秦名相王猛的孙子，自幼好读兵书，擅长谋略，前秦灭亡之后，王镇恶跟随叔父王曜南下东晋，获得刘裕赏识，担任军中参谋。此次讨伐刘毅之战，刘裕启用王镇恶担任先锋之职，拜之为振武将军。王镇恶不负重托，自领命即日，便率领战船百艘昼夜疾行，直驱刘毅所在的江陵城，刘毅见朝廷军队前来讨伐自己，率刚刚招募的一万士兵与之交战，王镇恶身先士卒，身上连中五箭，甚至连手中所执的长矛也被敌军射断了，犹然麾军冲锋，死战不退，终于打败刘毅。刘毅无路可走，只得自缢而死。王镇恶夺占江陵之后，过了整整二十日，主力军队才前来与之会合。王镇恶将刘毅首级送至京城，刘裕大喜，加封王镇恶为子爵，享有食邑五百户。