建康城易主之后，桓玄逃回了荆州，但他并不甘心就此失败，遂于该年五月，再度集合了荆州军数万人，沿长江东下，准备反击刘裕。刘裕闻讯，决定针锋相对，亦派遣刘毅、何无忌、刘道规等人率水军前往阻击，两军相遇于峥嵘洲（在今武汉市新洲区）。此时，桓玄的军队在人数上仍然占据优势，然而由于之前的连战连败，其士气已一坠到底，加上桓玄实在不是个合格的统帅，这一次战斗刚刚打响，他就悄悄离开旗舰，改乘事先准备好的小船，以备随时撤走。恰值江面上刮起一阵猛烈的东风，刘毅等人乘风纵火—正是风助火势，火借风威，刘裕的水军势不可挡，一举将桓玄的船队悉数点燃。桓玄的部众被迫弃船登岸，四散溃逃，刘毅、何无忌、刘道规等人分头追击，所到之处，荆州官员望风而降。桓玄见大势已去，还想逃往汉中，投奔同姓宗室桓希，结果就在此行途中，因其部下毛修之叛变，桓玄被杀，年仅三十六岁。

桓玄死后，短命的楚朝也就此亡了。刘裕派人将流落在外的晋安帝迎接回建康，重新拥立其登上皇位，因为此等功绩，刘裕获封使持节，镇军将军，并兼任扬州、徐州、兖州、豫州、青州、冀州、幽州、并州，共计八州总督。就这样，在晋孝武帝之后，风雨飘摇的东晋王朝的实际掌权人经过几度更迭，终于换成了刘裕。

桓玄是军阀，刘裕也是军阀，其实从政治角度来分析，二人并无差异。但是，同样是军阀，二人的作为却大不相同。桓玄在位时，简述其治下的国家局势，只能用一个字来形容，那就是：乱。想想也是，桓玄只顾着自己当皇帝，又是忙着打猎，又是忙着修宫殿，老百姓没饭吃，他不管，有人造反，他想管，偏偏军事才能不够，又管不了，国家怎能不乱？而刘裕则比桓玄有远见的多，这位出身低微，看起来老实巴交的中年人，实则早已在不知不觉中领悟到了治国的真谛，那就是让万民悦服。

老百姓没饭吃？那就自己节俭，开仓济民；官员不作为？那就选贤任能，用法律、威严约束他们；市井萧条、百业废弛？那就鼓励工商，发展经济。于是，自从刘裕执政之后，京城内外风气大变，百官皆认真供职，百姓皆勤于农耕，晋朝的国力由是蒸蒸日上。公元405年，坐稳了首辅之位的刘裕派人前往后秦，向后秦皇帝姚兴索要淮北的南乡、顺阳、新野、武阴等一十二郡，姚兴迫于形势，果然将一十二郡悉数归还给晋国。

一十二郡，这可不是几亩荒田！从桓温到谢安，再到桓玄，晋朝几次发动北伐，都没太大建树，而刘裕只是让使者动动嘴皮子，就要来了十二座大郡，这件事，可以说让刘裕的威望一下子上涨到顶点，之前轻视刘裕的出身，认为他是侥幸成功的那些官员，对此也不得不咋舌称赞。而要理清刘裕要回一十二郡这事的来龙去脉，还得从当时的天下整体形势说起。

自从北魏崛起，灭掉了后燕之后，天下就已进入了三强鼎立状态。北方有两强：北魏、后秦。其中，北魏的势力主要分布在关东，后秦的势力主要分布在关中；南方有一强，便是控制着长江以南的东晋。这三大强国是当时天下纷争的主旋律，至于慕容德建立的南燕，吕光建立的后凉等小国，因其偏处一隅，国力弱小，只能勉强自保，根本无法对那三大强国的地位构成威胁。在此不得不提一下后秦的开国之君姚苌—这位恩将仇报，弑君篡位的卑鄙小人，早在公元393年就已去世。他临终之前交代给他儿子姚兴的几句话倒是很有意思。

他对姚兴说：“朕千秋之后，你就是秦国的皇帝了，你该怎么治理国家呢，朕送给你四句话。一，请用恩德来抚慰宗室骨肉，二，请用礼仪来对待大臣，三，请用信义来处理国事，四，请用仁慈来对待百姓。只要你能做到以上四点，朕就高枕无忧了。”

这四句话，说得很有水平，简直不像是姚苌这种卑鄙小人能够说得出来的。当然了，权力斗争历来残酷，怎么当上皇帝是一回事，能不能治理好国家又是另外一回事，姚苌以暴夺权，以仁治国，并精心培养太子，他可能不是一个好的大臣，却是一个不错的皇帝。除了四句话之外，姚苌还挑选了一批贤臣，用作他死之后辅佐太子，为此，他又叮嘱太子道：“这几位先生，都是德行兼备的大才，如果有人诋毁他们，你记住，一定要慎重处理，不要听信佞臣的话。”说过这些，姚苌就去世了，姚兴继位，成为后秦的第二任皇帝。