几日后，一个夜黑风高的夜晚，何无忌怀揣讨伐桓玄的檄文，悄悄前往刘裕府上。待他到时，刘毅、孟昶二人已提前来到，在场的另有刘裕之弟刘道规，任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅琊人诸葛长民…等等，俱是参与此次起义的好汉。见一十二人都已到齐，刘裕没有废话，直接亮出了他亲自制定的起义方案，简单来说，是四条。
一，刘裕、何无忌、檀凭之、魏咏之四人，负责夺占京口，在建康以东建立根据地。
二，刘毅、刘道规、孟昶三人，负责夺占广陵，在建康以北建立根据地。
三，诸葛长民负责夺占历阳（在今安徽和县），在建康以西建立根据地。
四，除去以上人员，十二人中，剩下来的负责潜伏在京城建康，用作里应外合。
方案公布完后，刘裕示意，我的指示就这些，接下来兄弟们可以分头行事了。
诸葛长民是个老实人，忍不住问一句：“请问，兵马在哪里？”
“没兵马。”
“那我怎么才能完成任务？”
“见机行事。”
见刘裕不像是开玩笑，诸葛长民一头雾水的走了，走到半路，何无忌突然骑马追来，叫住他道：“方才会盟期间，刘裕担心消息走漏，不便明言。他托我告知你，你现任官职，正是历阳守将刁逵的参军，你只要设计把刁逵杀了，把他的军队夺过来，任务不就完成了？”
诸葛长民似懂非懂的点了点头，去了，到历阳后，他拿了把刀，就想行刺刁逵，结果还没接近刁逵身边，即被侍卫逮捕。经过审讯，老实人诸葛长民一五一十的将他们所密谋的计划说了出来，刁逵大感震惊，连忙派人备置囚车将诸葛长民押往建康，向桓玄通报此事。
一路人马，就这样败了；与之同时，第四路人马，也就是负责潜伏在京城作内应的那批人，也已被桓玄下令逮捕，集体斩首。原来，刘裕宣布完他的起义方案之后，他与刘毅即按照计划，各带着何无忌、刘道规等人离去，分头行事。刘毅前往广陵之前，突然想到他还有个兄长刘迈身在京城—自己涉嫌谋反，是诛灭三族的大罪，如果不将此事向兄长通报一声，确实有点不太厚道。于是，他特意派了一个信使前去见刘迈，告诉他：你兄弟刘毅即将谋反，你赶紧逃走！
谁知道刘迈比诸葛长民还老实，他犹豫了几日，竟然主动向桓玄自首。桓玄篡位称帝之后，最怕的就是有人谋反，刚好刘迈主动送上门来，于是他一不做二不休，把刘迈和那些留在京城做内应的人全杀了。
看来起义这事，还真不是老实人能做的，还算值得庆幸的是，另外两路人马的首领，刘裕、刘毅两人极不老实。刘裕一到京口，他就令何无忌换衣服，换什么衣服呢？—事先备下的钦差大臣服饰。然后刘裕、檀凭之、魏咏之等人簇拥着“钦差大臣”何无忌，骑着高头大马，手捧“圣旨”，高声宣令暂驻京口的桓修出城接旨。桓修刚出城，刘裕策马上前，手起刀落，桓修人头落地。面对着纷纷拔刀而出，将他们团团包围的卫兵，刘裕大声疾呼道：“桓玄无道，于去年强迁天子于浔阳（在今江西九江），今蒙我等迎接，天子已在归来的途中，诸位皆是晋朝之人，如今拔刀相向，所欲何为？”只一席话，说得卫兵们纷纷收刀入鞘，跪地道：“愿助天子，追讨逆臣。”刘裕遂轻易控制京口，收得精兵千人。至于刘毅那边，则做的更绝，他和刘道规、孟昶三人到广陵后，打扮作刺史桓弘亲兵的模样，大摇大摆地踏入军营，宣布说，刺史大人一早将要外出打猎，所有士兵集体跟随他前往，请大伙立即出城列阵，等待其检阅。士兵们不知究竟，全带着兵器出城列阵去了，独独留下桓弘一人，还傻傻地留在刺史府里安心享用早餐。刘毅、刘道规、孟昶三人趁机杀奔刺史府，不费吹灰之力，就将桓弘杀了，随后他们三人打出迎接司马德宗的旗号，也成功吞并了驻守广陵的军队。
就这样，刘裕设计的“兵分四路，同时起兵”，几乎等同于空手套白狼的大胆计划虽然遭遇到挫折，但终于成功实现了一半，不久，身陷囚车，正被押往建康的诸葛长民也被刘裕派人救下。二月二十七日，两支军队在京口会师，公推刘裕为讨逆盟主，共聚众达一千七百人。刘裕任命孟昶为长史，留守京口，又令人张贴何无忌前日拟就的檄文，打算亲率军队向建康进发。何无忌道：“属下才疏学浅，所拟就的檄文或有不完善之处，附近有一大儒，盟主何不征辟他前来，先交由他过目？”刘裕问何无忌：“阁下所说的大儒，莫非是刘穆之？”何无忌道：“正是！”刘裕笑道：“我也正有此意，这便致信于他，只是不知他是否愿意前来。”
当时，刘穆之家在京口，这一日，他突然听见城内人声鼎沸，都说“京口名人”刘裕（刘裕能够顺利夺占军事重地京口，他是京口本土人这一要素不容忽视）已组建军队，不日将要前往讨伐桓玄。说话间，刘裕请他出山相助的书信已经送到，刘穆之默默盯着书信看了半响，叹息一声，然后返回家中，收拾好行囊前往刘裕处报道。刘裕见刘穆之到了，故意问他：“我方举义旗，正在艰难时刻，军中缺一主薄，不知道先生可否为我推荐一位合适的人选？”刘穆之道：“是了，盟主的军队初建，所有的职务都必须由真才实学的人担任，在这种仓促的局面下，恐怕无人比我更适合该职务了。”刘裕大喜道：“据我所知，以先生的才学，堪任三公，可惜我眼下无法授予你更高的职务。你能够暂时屈居主薄之位，我又何须担心大事不能成功。”遂郑重任命刘穆之为军中主薄。