番禺相距建康，达三千里之遥，卢循之患虽未从根本上消除，但已不成气候，刘裕安抚浙江军民已毕，率军班师回朝，上缴军队、兵符。桓玄有心考验刘裕，问他道：“朕以楚代晋，不知爱卿以为如何？”刘裕不假思索地道：“陛下父子，勋德盖世。晋室微弱已久，早该有人取而代之，故陛下接受禅让之举，正合时运。”

桓玄大喜，下诏晋升刘裕为彭城内史，随其堂弟桓修北上，镇守徐、兖二州，刘裕拜谢而去。桓玄的皇后名叫刘氏，颇有识人之明，刘裕走后，刘氏警示桓玄道：“臣妾听说那刘裕，在战场上有如龙虎，而且眼界不凡，又善于韬光养晦，只怕此人终究不会屈居人下，陛下若能杀之，则尽早杀之！”桓玄道：“朕如何不知此事，但如今的北方，东有魏国，西有秦国，实力皆不在我大楚之下，国中又刚刚发生叛乱，仍有民变隐患，以上这些，朕除了刘裕，无人可以倚重。俟天下平定，河北、关中一统，再从长计议。”

此后，但凡有战事发生，桓玄必用刘裕挂帅，而刘裕也不辱使命，每次皆全胜而归。转眼间，数月已过，公元404年正月，楚国徐、兖二州刺史桓修入朝觐见桓玄，携刘裕一起入朝。桓玄已将刘裕视作国之栋梁，肱骨之臣，加上刘裕这人一向只知道打仗，看起来没什么权力野心，故桓玄对刘裕此次入朝非常重视，非但多次在百官面前称颂他的才干，而且动辄召他入宫赴宴，或者赏赐钱财。刘裕有一好友，名叫何无忌，正是刘牢之的外甥—何无忌之母，是刘牢之之姐。当日，刘牢之因桓玄突然剥夺自己兵权，企图举兵反叛，刘裕第一个表示反对，并且主动弃官返回故里，刘裕离开时，何无忌作为刘牢之的外甥，不知该不该对舅舅这种飞蛾扑火的行为表示支持，曾私下问刘裕自己该怎么做。刘裕道：“你舅舅自取其败，已无人救得了他，你可以和我一样早日放弃官位回到故里，以免杀身之祸。如果桓玄将来能守晋臣之节，你我可以一起辅佐他，如果他将来倒行逆施，谋朝篡位，你留着性命，才能够替你舅舅报仇！”何无忌深以为然，于是紧随刘裕从刘牢之军中逃离。之后随着刘牢之败亡，北府军诸将惨遭桓玄清洗，一时被杀者极多，而何无忌作为刘牢之的亲属，却因为提前一步离开，竟毫发未损。

经过这事，何无忌对刘裕愈发钦佩，将他视作唯一能够替自己舅舅报仇的那个人。可是，何无忌也注意到，随着桓玄对刘裕的器重与日俱增，又是官位又是钱财的砸将下来，刘裕似乎渐渐被酒色钱财所迷，沦为了桓玄的爪牙。终于，何无忌忍耐不住了，当刘裕又一次从桓玄处醉醺醺的归来时，他主动上门拜见，质问刘裕：“我舅舅的大仇，将军还记得吗？”

刘裕笑道：“如今天下大事已定，桓玄登基称尊，而我为辅佐之臣。为了一个前朝的乱臣贼子，你我又何须耿耿于怀，明日我便在陛下面前为你进言，替你也谋取个一官半职。”

何无忌大怒，转身就要离去，刘裕忙拉住他道：“刚才只是戏言，刘裕唯恐阁下虽有除去桓玄之心，不能做到心坚如铁。小将军放心，我刘裕受刘将军之恩不可谓不重，既然你仍然牢记你舅舅的冤情，只待时机一到，刘裕一定会助你完成心愿。”

何无忌这才转怒为喜，同时疑惑道：“众所周知，桓玄已将你视作心腹，你此时若不愿背叛他，也在情理之中。你该不会是故意搪塞在下吧—时机成熟？那要等到什么时候？”

“用不了多久，请给我三个月时间，不知道小将军能等得吗？”

“莫说三个月，便是三年，只要兄长实有此心，小弟一定竭力助你成事。”

于是，二人就在刘裕家中秘密商讨除去桓玄的计划。一番商讨下来，何无忌悲哀的发现：刘裕说三个月就能除去桓玄，这话说出来只怕也就他自己会信，至少何无忌是绝对不信的。除去桓玄这件事，说好听点，那叫起义，说难听点，那就叫谋反。而要想谋反，首先就必须要有兵—桓玄之前之所以能够谋反成功，除掉司马元显，那是因为他掌控着十多万荆州军；可是刘裕、何无忌有兵吗，一个子儿也没有。

非但没有兵，而且也没有盟友，没有分管军中各种事务的官员。对，刘裕的军事才能是不错，何无忌豁出去了要替舅舅报仇，也能在军队中凑个数，但打仗的事儿，不是一两个人就能搞定的。一个成熟的军队，上要有主帅，下还要有司马、主薄、参军、先锋等相关人员，以各司其职。举个最简单的例子，一场战争打下来，消耗了多少粮食，军中还有多少存粮，这个需要人点算吧？损失了多少士兵，还剩下多少可战之士，这个需要人点算吧？已经攻占了多少城邑，距离最终目标还有多远，走陆路进攻，车马是否足够，走水陆进攻，战船是否足够，这些也需要有人计算吧？以上这些事如果全交给刘裕一个人去做，他累都累死了，哪里还有精力指挥作战？