刘牢之到临死之际都没想明白，为什么一直对他俯首帖耳的士兵们会突然集体叛变。—其实道理很简单，因为他向往的只是权力，而士兵、百姓们向往的却是和平。他死之后，因家眷、财物太多，拾掇多费了几日工夫的刘敬宣姗姗来迟。见到父亲的遗体后，刘敬宣草草将之收敛，连哭泣的时间都没有，就连夜带着家人逃往北方的南燕。桓玄得人报告此事，又惊又喜，下令将刘牢之的棺木运往建康，亲自持刀斩去了他的首级，悬挂城楼上示众。至此，司马元显、刘牢之、桓玄三大东晋权臣的争斗，以桓玄的大获全胜而告终。
接下来，就该享受获胜的战利品了。在桓玄的授意下，不久，桓玄的兄长桓伟出任荆州刺史；桓玄的堂弟桓修、桓石生分别出任徐、兖二州刺史，和江州刺史；那位设计骗取刘牢之信任的卞范之则担任丹阳尹…经过一番调动，桓氏宗族和桓玄的亲信轻易占据了内外各主要职位。与之同时，刘牢之的旧部则遭遇灭顶之灾，包括举荐刘裕的那位北府旧将孙无终在内，多位在刘牢之生前与之关系亲密的将领、太守被桓玄杀害，桓玄通过此举，进一步稳固了自己对东晋两大集团军—北府军、荆州军的掌控力。在他看来，东晋的军队从此再无北府军、荆州军之别，因为所有的军队，将只会效忠于他一个人。
到这时，所有的明眼人都已经看出来，桓玄的下一步行动是什么—称帝、改朝换代。客观的说，晋人对晋朝这个朝代还是有感情的，但由于晋朝的历代皇帝都十分昏庸，整个两晋时期又战乱不断，官员、百姓对桓玄的野心，普遍选择了容忍，而没有像东汉后期那样产生激烈反抗。在这样的形势下，公元403年十二月，已在事实上控制了全国的桓玄终于决定：效仿曹丕、司马炎，逼迫晋安帝司马德宗将皇位禅让给自己。十二月三日，桓玄在建康正式称帝，改国号为“楚国”，改元为“永始”。随后，他改封晋安帝为平固王，将之迁出建康。
就这样，桓玄做到了他父亲桓温没做到的事，建立了一个新的朝代。但与刘牢之一样，桓玄也有件事儿没想明白，那就是官员、百姓为什么会甘愿受其统治。桓玄以为，大伙儿是畏惧他的权势和军力，所以才臣服于他；但事实上，官员和百姓向往的却是温饱与和平。随着桓玄上台，曾被短暂封锁的漕运终于解禁，但江东百姓苦苦期盼的粮食却迟迟不能运来，因为桓玄说了，他父亲的志向，他才实现了一半呢，他必须要留足军粮，去实现桓温未能完成的另一个伟大志向。
—北伐。
北伐就北伐吧，江东军民出于民族大义，对此并非不愿意支持。但从桓玄篡位的过程来看，此人的军事才能其实稀疏平常，他最擅长的是卖弄诈术。于是，桓玄北伐的口号喊得虽响亮，只过了一阵子，很快就没动静了，百姓日盼夜盼，期待朝廷早日北伐结束，就开仓济民，结果直到饿殍遍野，也未见朝廷有出兵北伐的迹象。之前，孙恩领导下的“五斗米道”教信徒经过刘裕的多次讨伐，本已几乎灭绝殆尽，此时因桓玄只顾忙于争夺权势，不知体恤民情，又死灰复燃。就在桓玄称帝的同年，孙恩的妹夫卢循谎称孙恩跳海之后，已化身成“水仙”，召集散落江东各地的信徒，再度起兵作乱。桓玄起初对此不以为意，只是简单地下令各地官府出兵平叛，不想因江东军民长期食不果腹，士气严重低落，各地官兵节节败退，叛军实力渐成星火燎原之势。桓玄这才不得不慎重起来，令下属举荐一员良将，率朝廷精兵前往讨伐卢循。
人选很快有了，邪教组织的头号克星：刘裕。作为一名仅带着几千军队，追着几十万叛军南北奔走的超级悍将，若说刘裕不行，谁敢说行？然而桓玄一听这名字，就连连摇头道：“不行，不行，旁人皆可用，唯独刘裕此人不能用。”桓玄一众亲信不解，皆问为何，桓玄道：“难道你等忘了吗，刘裕是刘牢之一手栽培的，二人曾并肩作战，情同父子。刘牢之与朕又是仇敌，朕再不智，岂能重用刘牢之的人？”
话是不错，但桓玄入朝之后，出于稳固自身统治的需要，刚刚清洗了文武百官，凡事不顺服于他的，或被杀，或被贬，剩下的多是些趋炎附势之徒，这些人，溜须拍马倒是强项，但要他们横刀立马征战沙场，却是难为了他们。于是桓玄的一众亲信们为了不让这个吃力不讨好的差事落在自己头上，拼了命的说刘裕的好处，完了还振振有词道：“陛下称刘裕是刘牢之一手栽培的，那是事实；但说二人情同父子，那大不见得。众所周知，刘牢之谋反前夕，曾邀请刘裕一道举事，结果刘裕一口回绝，不惜辞官回归故里—如今他就在家乡种地呢。对于这样的人，陛下又有什么好担心的？”
“嗯，这倒也是…好罢，立即宣召刘裕入京！”经过左右权衡，最终，桓玄还是被官员们说动，将弃官回到家乡京口已达半年的刘裕召入京城，重新授其一军，令他南下浙江平叛。这一年，刘裕四十岁。
（注：按照历史记载，刘裕二度出山讨伐卢循，是在桓玄称帝之前，也就是说，桓玄重新召刘裕入京，并授他官职的时候，身份还只是丞相，不是皇帝。不过为了方便读者了解，免得把称谓改来改去引起前后冲突，笔者在此处权且让桓玄以皇帝自居。）
刘裕得了桓玄的征召，既不欢喜，也无忐忑之色，舍弃田耕，随使者从容入京。不日，他奉桓玄之命，率旧部二千人抵达浙江东阳（在今浙江金华），首战即打了叛军一个措手不及，旗开得胜；卢循和他的信徒们谁不知道刘裕的厉害，眼见朝廷重新使出了这件大杀器，遂果断放弃东阳，逃往永嘉，同时主动向朝廷求和，以期拖延时间重新构筑阵地。他们却是忘了：刘裕的战法之中有一精髓，名叫“猛追穷寇”，顾名思义，与《孙子兵法》中提倡的“莫追穷寇”不同，刘裕一旦与孙恩、卢循所率领的叛军相遇，从第一次交锋起始，刘裕便会率领自己的军队对敌军进行猛追猛打，即便敌军千里溃逃，他也紧追不放。该战法充分考虑到了官兵人少、战力强，叛军人多、战力弱的特点，因此其目的不在于一场大决战中重创敌人，而是通过一系列不断发生的小规模战役，让叛军心生连连受挫，处处碰壁之感。等到叛军连战连败，士气趋于崩溃，那时，刘裕才会发动全力一击，孙恩的几十万信徒就是这么让刘裕给打没的。
卢循也是一样，从他决定放弃东阳，逃往永嘉的那一刻开始，他的噩梦降临了。数万叛军刚逃到永嘉，刘裕的追兵也到了，两军再战，刘裕胜；数万叛军被迫又舍弃永嘉，逃往晋安，等及他们到了，刘裕又到了，两军再战，刘裕胜…就这样，一个逃，一个追，刘裕很快把讨伐卢循的战争，变成了又一场“猫捉老鼠”的游戏。唯一和上次不同的是，这次的叛军首领不是孙恩，而是卢循，卢循的求生欲望特别强烈，他不想“成仙”。顶住了刘裕的多番穷追猛打，他最终坐着船漂洋过海，成功来到了位于大陆南端的番禺，也就是今天的广州。在当时，番禺属广州刺史部（孙权在位时期，从交州的辖区之中划出南海、苍梧、郁林、高凉四个郡，另设广州刺史部，此即“广州”作为地名用词的由来。不过要说明的是，当时的广州刺史部，面积相当于一个省，辖区比今天的广州市要大得多），仍然是人烟稀少，属于蛮荒之地。卢循到番禺后，轻松击败当地的守将，自称平南将军、广州刺史，从此向建康称臣，按时进贡。