两次海盐保卫战，刘裕把叛军打出了心理阴影，当孙恩再次下令，准备第三次进攻海盐时，他的那些部下说什么也不肯去了。孙恩想想自己有十几万人，对方才一两千士兵，心中那个火大。他给了叛军两个选择：本教主反正是不会回岛上了，你们要么听我的，继续攻打海盐；要么随我北上，去攻打京城。

叛军听了，连忙异口同声道：“去攻打京城，我等倒是不怕。”

那就去建康吧！

接下来，历史上罕见的一幕出现了：一群“以百敌一”都打不赢的懦夫，忽然爆发出高昂的斗志，乘着千余艘战船向晋国的都城建康进发，途中，各镇官兵节节败退，被叛军斩杀者达四千余人。半个月后，十几万叛军在丹徒（在今江苏镇江）登陆，东晋举国震骇。司马元显见贼势甚大，忙下令朝廷内外戒严，并召集各地藩镇入京勤王。

当时，挨着叛军最近的，就是刘牢之了，他的大本营在京口，恨不得随便射支箭都能射到丹徒。但不知道什么原因，他接到司马元显的勤王命令后，虽然表示愿意从命，也已经在努力地追赶叛军了，却怎么追赶都追不上；反倒是远在浙江的刘裕，又带着他的几百士兵第一时间及时赶到。

和孙恩乘船而来不同，刘裕这次北上，是靠一双腿硬生生跑过来的，没办法，他又没当过海盗，哪有战船？因此到了丹徒之后，刘裕所部几百人已全部精疲力尽，几乎丧失了战斗能力。虽然如此，多亏他来的及时，要知道，孙恩的十几万信徒天不怕、地不怕，连京城都敢打，但唯独怕一个人：刘裕。在亲眼目睹了刘裕的旗号之后，之前还信誓旦旦准备直捣黄龙的十几万叛军全部都蔫了，竟然选择弃攻为守，主动退至附近的一座山上。

这座山，古称蒜山，即今天的云台山，就在镇江境内，是当地著名的风景区。孙教主和十几万叛军来到这里，当然不是贪婪蒜山景色宜人，而是准备在此地扎营，从而稳扎稳打，徐图征进。但是孙教主显然忘了，他的身份是叛军，要想直捣黄龙，偷袭京城，就必须争分夺秒。于是不久之后，刘牢之带着北府军主力不知从哪里兜了一个大圈，终于还是到了；另外，晋国的豫州刺史司马尚之，也率军一支从豫州远道赶来。两位晋国的重臣在山下会师之后，隐隐听见山上有打斗声，过不多时，只见叛军如潮水一般从山上逃窜下来，却是刘裕已成功夺取了蒜山。这太不可思议了，如果说刘裕之前两次守住海盐已是军事上的奇迹，那这次他在兵力、地利、士兵体力皆极度不利的情况下又取得胜利，简直是军事上的神话。刘牢之、司马尚之都是久经沙场的人，他们实在想不明白刘裕是如何做到的，出于好奇，二人顾不得追击败兵，连忙上山一探究竟。到了山上之后，谜底解开了：参加此战的，不仅仅是刘裕和他的部下；另有数万京口、丹徒一带的百姓，他们或手持扁担、或手持锄头，自发前来助战，此时仍在咬牙切齿的与未来得及逃走的叛军作一处厮杀。刘牢之对此深感触动，抚须叹道：“桓温曾经说过：京口酒可饮，北府兵可用。我常年居住京口，对此也深有体会，却从未想到此地的民风竟会彪悍至斯！”

蒜山之战，孙恩又败在刘裕手下，损失了好几万人，不过这对信徒众多的孙教主来说，也没什么大不了的。趁着刘裕、刘牢之等人还在蒜山一带休整，他很快重新组织好军队，继续乘船向建康城进发。

这次他吸取教训，途中不再停船靠岸，作无谓的打斗了。目标只有一个：必须抢在刘裕赶到之前，夺占京城！

除却此人，天下谁人堪作我敌手！

可惜天公不作美，孙恩的船队这次刚启程不久，就遇上了大风—而且是逆风；再加上孙恩之前为了方便抢劫，其所下令建造的战船体积都非常大—清一色是楼船，因此在江面上行驶得十分缓慢。从丹徒到建康，走水路本来也就是一两日的工夫，结果他们整整走了五日，才来到建康郊外。

这时，刘牢之、司马尚之两支勤王主力因为走陆路，已经提前一步赶到，刘牢之驻军在新洲，司马尚之驻军建康城外。孙恩崩溃了，连刘牢之这种打仗最不积极的老油条都到了，积极分子刘裕到没到，还用得着去想吗？

建康是不能去了，回岛上孙教主又不甘心，于是叛军只好调转船头，改向北方驶去。司马元显得知叛军动向，第一时间颁令下去：启用刘裕为建武将军、下邳太守，向北追击孙恩！

刘牢之明白，孙恩完了，他这位精到骨子里的精明人，终于决定停止隔岸观火，主动向朝廷请缨，参加追击叛军。与之同时，荆州总督桓玄派人送了奏表过来，也是请求出战，讨伐孙恩。司马元显冷冷一笑，回复二人道：之前孙恩气焰嚣张，不可一世时，你二人在哪里？如今孙恩连遭重创，已是穷途末路，我看就不必劳烦二位了。

事实证明，司马元显的骄傲，有他的资本。之后半年，孙恩每到一地抢掠，刘裕必率官兵及时追到，就跟猫抓老鼠一样。经过多次激战，孙恩的兵力越打越少，最后仅剩下了数千人。孙恩不堪屈辱，投海自尽，司马元显引发的江东八郡之乱至此基本平定。可是，让司马元显没想到的是，也正是因为他的骄傲，他自己的末日也临近了。

就在朝廷凭借刘裕的个人能力，满世界追着孙教主穷追猛打的期间，荆州的桓玄一直在不紧不慢地扩充着自己的实力。到公元402年，也就是孙恩投海自尽的这一年，驻军长江上、中游的桓玄已完全控制了荆州、江州、雍州三个大州，其所辖的土地面积已占了全国一半；这还不算，朝廷所任命的广州、交州二州刺史，也被桓玄挟持，这两州在事实上也被桓玄接管。桓玄实力急剧膨胀，他的野心也随之膨胀，恰好，司马元显之前刚拒绝了他讨伐孙恩的“好意”，桓玄便借着这个由头，洋洋洒洒写了一篇檄文，公布于众。

在檄文中，桓玄痛斥司马元显有三大罪：第一，穷兵黩武，引发孙恩之乱；第二，王恭是忠臣，却被司马元显所害；第三，司马元显父子常年身居高位，却只知享乐，不知体恤百姓，使得天下民不聊生。

应该说，这篇檄文虽然有夸大事实之嫌，但也不完全是胡编乱造。王恭是不是忠臣暂且不论，孙恩之乱爆发，从而导致江东八郡百姓流离失所，确实是司马元显引起的。司马元显见过檄文之后当然惊怒，不过他倒也不急，毕竟他军队虽然少、实力虽然弱，代表是朝廷；桓玄的实力再强，地盘再大，只是一个地方官—你除了骂骂我，又能奈我何？

他没想到的是，桓玄发布檄文只是第一步，第二步，就是在长江上、中游和长江下游之间设置关卡。设置关卡做什么呢？—封锁长江漕运，让长江上、中游各郡各县的船只、商队无法通往朝廷。我们知道，江东八郡相对于整个晋国来说，只是弹丸之地，粮食生产能力也有限，但这个地区因为是中央政府所在地，所以人口稠密，富户极多。桓玄这一封锁不打紧，江东八郡纷纷断粮，很多富户家中金银如山，想出门买点粮食，结果发现那些贩卖米面的商贩因长期无粮食运过来，都已经饿死了，哪还有粮食卖给他们？于是，竟出现大量富户怀抱金银，饿死在家中的奇景。

这一招实在太缺德了，司马元显明白这样下去，用不了多久又要爆发农民起义，而解除漕运封锁唯一的办法，就是打败桓玄。因此，公元402年正月，刚从孙恩之乱中解脱出来的司马元显在未做好战争准备的前提下，仓促对桓玄宣战，并让有司起草檄文，历数荆州刺史桓玄的罪状—这也是古代打仗时必走的程序之一吧。骂完桓玄，接下来就是调兵遣将了，“将”这方面很容易，司马元显自己就是，朝廷任命他为骠骑大将军、征讨大都督、都督天下诸军事，反正他自己任命自己，想封啥官都行；但是“兵”的方面呢，这个…司马元显又想起来了，他自己没兵啊。

经过孙恩之乱，这时给他一百个胆子，他也不敢再征兵了，可是没军队，拿什么去讨伐桓玄？不知不觉，司马元显发现他已骑上了虎背，上去容易，要想下来可就难了。荆州的桓玄对这一点当然也很清楚，他敢冒天下之大不违，公然封锁漕运，就是笃定了司马元显拿他没办法。所以当他听说司马元显即将率军西进前来讨伐他的消息之后，桓玄的心中不但没有一丝惶恐，反而十分得意。

—司马元显，你小子还嫩着呢！

他才得意了没几日，东方突然送来军报：“启禀大人，司马元显亲率军队两支，已集体登船向荆州驶来。前锋都督为镇北将军刘牢之，后军大将为豫州刺史司马尚之。”