孙泰有个侄子，名叫孙恩，也是“五斗米道”教的信徒。孙泰死后，孙恩逃到了东边的一座海岛上（看来两晋时期，我国的航海技术已十分发达，动辄有人逃往海岛藏身）。也许是孙泰生前的宣传工作做的太好，许多信徒虽听说孙泰死了，却坚持认定他还没死—只是“羽化登仙”了，为此还特地乘着船去东海寻找孙恩，想通过他与已经“成仙”的孙泰取得联系。孙恩顺着这些信徒的心思，趁机散播谣言，说孙泰是只金蝉，之前被杀只是褪去一层外壳，其真身确实已上天庭，留下自己继续呆在人间普度众生。那些愚昧的信徒被骗得高兴了，回去以后大力替孙恩宣传这事，于是，一时之间，受够了战乱、征兵之苦的江东百姓家中纷纷挂上了孙泰、孙恩叔侄的画像。公元399年冬季，已在海岛上聚得数百兵马的孙恩于江东沿海地区登陆，进攻上虞县（在今浙江绍兴），首战即旗开得胜，并杀死了上虞县令。

上虞属会稽郡，会稽守将王凝之，便是著名书法家，号称“书圣”的王羲之的次子。与父亲王羲之、弟弟王献之沉迷于书法不同，这位王凝之和孙恩一样，也非常信奉道教，而且他一直认为自己的道法十分了得。因此当他听说叛军打着道教的旗号，马上要来攻打他的消息时，非但不畏惧，反而非常高兴—切磋道法的机会来咯！他的夫人谢道韫（谢安的侄女），是当时著名的才女，日夜劝他加紧练兵，做好作战准备，王凝之不屑道：“夫人有所不知，我已请来了得道大仙和十万天兵相助，只要那些盗贼敢来，我念一念咒语，就教他们片甲不留！”几日后，孙恩的叛军真的来了，王凝之手持桃木剑念完咒语，发现叛军非但一个没死，还集体冲进了城池，这才惊慌起来，下令守军开始抵抗。会稽守军战心全无，迅速被叛军击溃，王凝之狼狈地扔了桃木剑，带着几个儿子爬墙逃出城外，结果几人刚双脚落地，就被叛军发现，一刀一个给杀了。王凝之夫人谢道韫在城楼上亲眼目睹了这一惨状，大怒之下，一手怀抱婴儿（她的外孙，当时三岁），一手持刀冲将出来，与叛军交战在一起。她到底是将门之后，虽是女流，但胆略、见识比他那不成器的丈夫要强得多，竟然连斩数人，险些把叛军吓退。之后，孙恩率叛军主力大举反扑，谢道韫寡不敌众，被孙恩俘虏，却仍然气度不改，毫无惧色。孙恩敬仰谢道韫的才华和勇气，下令将她和外孙一并释放，并专门派人护送她出城。

见孙恩果然“道法了得”，一战就攻陷了会稽郡，临近各郡的信徒们大为振奋，于是十日之后，江东八郡全部有人造反，一时响应孙恩的百姓竟达几十万人。孙恩鸟枪换炮之后，攻城略地起来更是得心应手，遂又连下吴兴、永嘉、嘉兴等地，各地官员见到他来，无不闻风丧胆、弃城逃窜。东晋朝中，主政的司马元显根本没想到自己的征兵计划竟会惹出这么大的风波，连忙组织军队平叛。可是前面说过，经过王恭之乱，他所领导的朝廷，其实只剩了一个空架子，晋国的两大主力军，北府军归刘牢之统领，驻扎在京口；荆州军归桓玄统领，驻扎在荆州，都不直属于朝廷。没法子，司马元显只得向刘牢之求助。

刘牢之打仗虽然厉害，但是个粗人，在他看来：孙恩之乱之所以爆发，并且愈演愈烈，根本原因是司马元显想在短时间内迅速扩充朝廷军力，用来对付他和桓玄。—那么好了，既然这事儿是司马元显自己惹出来的，我为什么要帮他，于是刘牢之打算袖手旁观。有人提醒他道：“如果将军再不出兵，朝廷不是孙恩的对手，必然灭亡。晋国一旦亡了，那么将军失去了晋国重臣的光环，您用什么去号令士兵呢？”刘牢之一想，这话也对，这才勉强同意接受朝廷的安排，率军南下平叛。

十二月，刘牢之带领北府军，抵达会稽郡；与之同时，徐州刺史，谢安之子谢琰也率军一支南下，与其会师。此时，孙恩已在江东横行达两个多月，由于时间长了，他以传道为名管理军队的弊端也日益显现出来。说到底，他这个半人半仙是假的，而且由于他一味的夸大“五斗米道”教的威力，其领导的军民举止癫狂，异于常人，已经等同于“邪教组织”。比如说，孙恩在传道过程中，对于不肯信服他的人，一律残忍地杀掉，并且连死者的儿女都不放过；有的教徒虽然信了，也想加入，但他的妻子刚生了孩子，不方便跟随他去，孙恩碰到这样的情况，就下令把这些无辜的婴儿丢入河中，并托言“孩子已经先一步成仙，你们做父母的只要虔诚入教，他日一定可以与孩子在天上相见”…诸如此类荒唐的事不胜枚举，民众的意识渐渐觉醒，也不再像之前那样信服孙恩了。于是，随着东晋朝廷的正规军来到，叛军的形势随即急转直下，刘牢之、谢琰大军所到之处，攻必胜，战必克，之前气焰嚣张的叛军被打得一败涂地。司马元显大喜，上表晋安帝，加拜刘牢之为都督吴郡诸军事，加拜谢琰为都督吴兴、义兴二郡军事。