匈奴大军撤走之后，并未立即退回国内，而是向南涌向了柳中城（汉军己校尉驻守之地，位于车师前部境内），包围了镇守该地的己校尉关宠。耿恭这时已无能力再派三百援军相助关宠了，不过他也不急——因为朝廷援兵不日将至，到那时，莫说保住柳中城，收复已沦陷的车师之地也不过在弹指之间。
又等了数月，看着绿叶泛黄，寒风渐起，耿恭与关宠日日翘首盼望，始终未能见着本该早已抵达西域的朝廷援军。就在他二人心生狐疑时，一个惊人的消息传来，解释了朝廷为何见死不救。——早在该年八月初六，差不多就在耿恭带着士兵在城头泼水嬉戏给匈奴人看时，汉明帝驾崩于洛阳东宫。
汉明帝的去世，宣告汉朝与北匈奴的西域之争刚刚进入高『潮』，便戛然而止。继位的汉章帝刘炟和其祖父一样，对西域这片神秘的土地并不感冒，加之朝中有一些老腐儒，以刚被提拔上任的司空第五伦（司空即大司空，光武帝后期，为压制三公权势，改大司马复为太尉，并取消大司徒、大司徒之前的“大”字。第五伦为人名，复姓。）为首，激烈上书，主张全盘放弃已得的西域之地。汉章帝稍加考虑，便同意了，但同时询问群臣：“如西域都护、戊校尉、己校尉、宜禾都尉等部官兵，如今多在玉门关外尚与北匈奴交战，一时半会也无法尽数撤回国中。如有深陷北匈奴大军包围者，应当如何处之？”
第五伦是这样回答的：“按照大汉常例，如遇国丧须三月不得出兵。因此朝廷即便派兵相救，深陷重围者也未必能坚持到那时。依微臣看，不如只用诏文晓谕各处守军：可退兵者，立即退回国内；不得退兵者，任由其自生自灭便了。”
老腐儒就是老腐儒啊！轻易一句话，就为耿恭、关宠等人集体宣判了死刑。好在他话音落后，另一人掷地有声驳斥道：“若陛下果真用司空之言，哼哼，以后天下太平无事则可。一旦有事，看何人再敢为朝廷出身入死！”
说这话的，便是同属三公，时任司徒的鲍昱。
汉章帝明白，鲍昱是对的。他很快下诏给骑都尉秦彭，令他在河西一带迅速征集精骑万余人，以耿恭所派来的求援信使为向导，来年开赴西域营救各部屯守将士。——此是他在不违背“国丧期间，三月不得出兵”的大前提下，所能拟出的最佳营救方案了。可惜的是，也正为这三个月的耽误，让西域各国普遍产生了一种错觉——大汉是不会再派援兵来了。结果本为父亲之死，与汉军同仇敌忾的车师前王迅速投降于北匈奴麾下，而由此开始的一系列连锁反应，更是让耿恭等人始料未及，几乎绝望。
十一月，龟兹、焉耆二国围攻轮台，西域都护陈睦战死，全军覆没。
十二月，北匈奴在车师前王的协助下，攻陷柳中城，关宠战死，全军覆没。
班超应该庆幸，他身后的鄯善、于阗二国都有过杀害匈奴使者的“前科”——若不然，只怕这两国早已安排下杀手等着他了。在接到撤兵的诏令后，他为了不触怒刚刚登基的皇帝大人，只得带齐他的三十六位手下含泪告别疏勒国，踏上东归的行程；而宜禾校尉那边，由于和玉门关相距极近，诏书到后，也很快顺利回返。就这样，半年前还咄咄逼人的汉军五支西域小分队，二部全军覆没，二部踏上归途，宣告汉明帝生前的一切努力付诸东流。仅存一个耿恭，也正被匈奴大军团团地包围在疏勒城中。
通过前两战的教训，此次匈奴人不敢再倚多为胜，只求将耿恭困死在城中便罢。在车师向导的相助下，北匈奴大军于十一月抵达城下，旋即对这座孤城展开了全面封锁，断绝汉军的一切外来补给。对这时的耿恭来说，最绝望的并非敌众我寡，缺粮少食，而在于他根本不知道朝廷上是否还有人记得他仍在坚守阵地——如果这种坚守是毫无异议的，那他该如何向一直忠心陪伴他的士兵们交代？
关键时刻，匈奴阵中，一位女性悄悄地遣人上山，赠予耿恭书信一封。耿恭看后，遍传军中给其余将士阅览，所有人都激动得热泪盈眶。书信中道：“我乃车师后王之妻，本是中原人士，今趁大单于不备特为将军送讯。——据我打探得知，大汉用秦彭为主将，已集结兵马于酒泉，只等来年正月国丧期满，便出兵前来营救。万望珍重。”
没有任何礼物，能比这封书信更为珍贵了。耿恭等人刹那间恢复了坚守的勇气，决心与匈奴大军对峙到底。很快，他们夏季时置备下的粮食终被消耗殆尽，天气又转冷，大雪连月不停。耿恭与将士们四处寻找蛇鼠雀兽充饥，但由于天气原因，多难以寻觅，只得改以身上穿的皮甲、手上持的弓弩为食，将所有皮质的、筋状、絮状的物体全煮了吃了，才算熬到了年终。年终过后便是正月了，希望在向他们走来！耿恭看着一个个早已形销骨立的士兵，不断地鼓励他们：“援军将到了！我等就要回中原了！”尽管如此，每日都陆陆续续的有军士倒下，初时的五百人，渐渐仅剩一二百人。
到了二月，援军依然没到，汉军又有数十人因饥饿去世。山下的大单于似乎也从古怪的气氛中嗅出一丝异常，复令一使者上山劝降，向耿恭许诺道：“将军勇气可嘉，更胜于苏武，本单于深为钦佩。若肯归降我大匈奴，非但可保你全军将士不死，更可拜耿将军为王侯，赏赐佳丽为妻。”耿恭见使者在城外如此说话，强忍饥饿，笑而回答道：“口说无凭，愿请使者入城，以文书为信物。”那使者请示过大单于后，欣然入城。大单于也道汉军已无能为力，为示隆重受降之意，率一干匈奴王侯在城外等候。等了半响，不见城门大开，不见使者回报，不见汉军出降。正怪异时，却见城头上耿恭终于现出身来，身后有数位面黄肌瘦的汉军士兵跟着，将那使者绑作一团，拥上城头来。耿恭见大单于正在城下目瞪口呆地看着，哈哈一笑，手起一刀将那使者杀了，复取过火把来，将其外衣扒得干干净净，当众对着尸身在城头上细细炙烤。匈奴贵族们相视对望后，神情惨不忍言，皆哭爹喊娘而去（虏官属望见，号哭而去）。
在这之后，莫说攻城了，匈奴人一想到那“细细炙烤”的场景，便集体腿脚打颤。耿恭等人也顺利再熬过半月，已是二月末，竟仍不见援兵踪迹。一种不详的预感在仅存的数十位将士心头蔓延开来，但是谁都不敢主动点破，只得每日安静地蜷缩在一起，等待着最终命运地降临。而与之同时，山下的匈奴大军围困日久，也皆都乏了，心知不用半月，山上的那座孤城将不攻自破，因此守备日疏，大单于也不作责怪。——据南方匈奴将士来报，汉援军主将秦彭于该月上旬时便已抵达车师前部，大破匈奴与车师守军，斩首数千级，车师复又投降大汉。但在这之后，汉军因见关宠已全军覆没，又知陈睦也已全军覆没，故而揣度整个西域境内理当再无幸存者，便匆匆东返，退回玉门关内。在大单于眼里，车师降了便降了，再打回来就是；很明显，那座孤城中屈指可数的守卫者远比车师国数千甲士更为可怕，因此他并不急着解围南下再战车师，静等不战自胜拿下疏勒城那一刻的到来。
当夜，大雪纷飞，累积起来早已高过一人。那些负责看守下山途径的匈奴哨兵们见天气恶劣，此时早已缩回帐篷中饮酒去了。在漫天的银白中，此时却有二千余人挣扎着在雪地中艰难地相搀着步行而来，悄悄接近疏勒城下；见匈奴人守备疏忽，他们人人暗喜，又屏声息气地往山头上去。到城外时，城内耿恭正卧倒在城门口附近的雪地中值哨，听得有异响，忙竭力叫道：“匈奴大军到了！准备作战！”
城内士兵们听见将军叫声，数十人身穿残缺多处的皮甲，忙手持木棒齐冲出来。登上城头一看，城下有一人早跪拜在地，喜极而泣地叫出声来道：“耿将军，范羌前日奉你之命赶往朝廷求援。今主将秦彭虽料定你早已死了，未肯亲自来救，但经不住我反复恳求，终肯授于我二千人，特来保你杀出重围！”
“你等随身可带有干粮？赶紧拿些过来。”耿恭开了城门后，这是他的第一句话。
半月后，经过上千里的长途奔波，沿途累死者十余，遭匈奴追兵杀害者十余，含耿恭在内，仅得一十三人成功撤入玉门关中。