君臣之间捱过短暂的沉默后，终于有一人上前主动请缨道：“臣马援，愿率一军，总领南征之事。”
光武帝见马援站出，大喜道：“朕每遇疑难之事，爱卿必有独到见解。不知此次平叛，爱卿计将安出？”
“恕微臣斗胆，敢问陛下借三样物事。”
“但说不妨。”
“其一，当日来歙将军为取陇西，特操练擅用大斧者千余人，如今与其闲置，不如借微臣一用。”
“这有何难，其二呢？”
“当日岑彭为伐蜀中，曾打造各色战船数千艘，望陛下能从中拨出一半，交由微臣使用。”
光武帝一想，蜀中既然已经平定，这也不算什么大事，便点点头，再让马援接着再往下说。
“其三，请陛下再下一诏：岭南若定，可由微臣自行修改当地律法，公布于交州属下各郡之中。后世镇抚官吏，亦不可违背此诏，强以汉法加诸其身。”
光武帝听后，欣然叹道：“爱卿所议之事，甚合朕心。朕非不知蛮夷之辈，仅凭律法难以约束，只因中原犹自多事，未有空暇顾及于此。对了，爱卿所议三事之中，并无一言提及兵马，不知此一行，带多少军士前去为宜？”
“荆州、交州现有驻军各不下万人，因此臣无须朝廷更拨兵马，只用这两州之兵，平叛足矣。”
“那军需、辎重，交由何人押运？”
“臣既熟知天下水路，又有陛下所借之楼船，押运区区万人之资，又有何难？”
光武帝眼前一亮，心中暗道一声：妙极！便如马援所奏，授他兵符，以总揽荆、交二州战事。至于将军名号，因当年西汉名将路博德在平定南越，远涉琼州岛时，是以“伏波将军”之名出征；光武帝便依照此例，授马援“伏波将军”印信，也期望他能降服波涛，威震海外。
公元41年，汉建武十七年，荆州一地楼船千艘，人头攒动。南征军队万余人，在伏波将军马援，副将刘隆（因之前涉及度田作弊，为将功赎罪而来），以及楼船将军段志三人的率领，悉数往长沙汇集。长沙再往南去六百里，是为桂阳，二地之间经湘江南北相通，不适合船队行驶之处，皆由军士，以及当地役夫疏通过了。时年冬季时，南征所需一应要务，皆已置办妥当，马援立于船首，看一眼各就各位，分布于各艘战船两侧的桡手们，举旗下令道：出发！
船队顶着寒风往南驶去，过了桂阳时，天气已然转暖。再折转向西，便是桂林。然后船队在此地稍作停留，重新向南行驶，先后通过漓江、桂江，由尚属大汉掌控的交州三郡之一：苍梧郡（今广西梧州市）的腹地停船靠岸。苍梧、郁林（辖今广西省西北部）、南海（辖今广东省东部）三郡太守早得了朝廷公文，日夜苦盼马援，一听说他已率军来到，不日便各率一军赶来相会。这么一来，马援之前的荆州兵，再加上三郡之兵，终有两万之数。
兵贵在精，不在多。在汉军的南面，征氏姐妹虽有城六十五座，士兵号称十万，但因主要成分都是拿着原始武器的土著，战斗力不足挂齿。真正对汉军有致命威胁的是，经苍梧郡再往南去，便是合浦郡了，那三样“特产”，即将展现出他们可怕的威力。
果不其然，汉军主力方入合浦境内，未来得及与叛军交战，楼船将军段志便感染了重疾，一病不起。段志去世后，马援接手水、陆两军，继续南下，寻找叛军踪迹，结果发现，合浦境内的叛军因知朝廷官兵已到，大多作鸟兽散，前往交趾郡依附“征女王”去了。马援本不欲再作停留，一条水路直杀到交趾，但因前方水路多有堵塞，不得不用军士前往疏通。又因该地瘟疫、疟疾横行，毒蛇四处出没，军士一旦下了船只，左小心，右当心，仍是无用。中毒、病死或者被迫遣返者与日俱增。马援见状，知强制行军不得，空留在船上更非上策，便在合浦腹地暂时驻下军来，自领一队精兵，跋山涉水，前往四处村落、山林。
汉军每到一处，但逢当地越人抵抗，马援都只下令弓弩手逐走便罢，从不深入追击。又令军士随身各带有许多小旗，见了越人房舍，便在其显眼位置插上小旗一个。越人见汉军此举古怪，不识其意，许多胆大的便来问马援。马援和蔼回道：“本将有令在先，擅入越人房舍者，斩！唯恐军士不识好人、歹人，因此特在未参与作乱的越人房舍上插上此旗，以示甄别。”有土著通晓汉语的，将马将军这话一说，当地越人仇视汉军之心，渐渐消散。又有越人见汉军中许多人中了瘴毒、蛇毒，性命垂危，模样甚是可怜，竟以德报德，陆陆续续地献出蛇毒药、薏米。那“薏米”，又称“薏苡”，常在山地种植，形状与水稻相似，但其所结的果实远较稻米为大，如同一个个小珍珠一般，食用后，可在一定程度上免疫当地的瘴毒。马援再三感谢，常用金帛回赠，而汉军得了这些解药，此后伤亡、中毒的情况便发生得少了。
时年三月，马援在合浦郡内施展过攻心之策，便继续率水、陆之师，向西南的交趾进发。却说在合浦郡西南，有一地，名叫钦州；钦州再向南百里处，有一港，直通大海，名叫乾体港。汉军在当地越人的指引下，两支部队，就于乾体港处分道扬镳。——水军继续走水路，沿着大陆边缘的海岸线南行，以护送军需、辎重、伤兵、降卒，并不时根据飓风的动向，在内海之中停留、休整、补充淡水；步兵则用千余斧头兵打头，沿着近海的陆路，伐林取道而行，数千弓弩手紧紧跟随，以防潜藏在丛林中的“土著游击队”的袭扰。到该月月底时，数千步兵翻越了许多山头，抢先抵达浪泊（地名，位于今越南国河内省境内），距征侧的驻军之地：麊泠，已仅剩百余里。