尚书台正式置立后，但凡大事，要事，机密之事，都由尚书台总揽，成为了新的权力中枢；小事，琐事，无关紧要之事，才由三公负责，因此形同虚设，权势渐落。同时，光武帝为防“尚书令”成为新的“丞相”、“大司马”，只是名号换一换，其余的没啥两样，又特在制度上对其进行限制，使得如此重要的职位，品级却在九卿之下，隶属于少府。
东汉官员的品级，常与薪俸挂钩，品级高的，薪俸自然就高。按照两汉官制，品级最高的为：秩万石，如上公（太傅、太师、太保，不常置）、三公、大将军、骠骑将军等，皆属该列；其次为：秩中二千石，如九卿、车骑将军、卫将军、太子太傅、京兆尹、左冯翊、右扶风等，皆属该列；再往下去，是为：秩二千石（俸禄约为秩中二千石的三分之二），如州牧、郡守、诸侯国国相、太子太傅、司隶校尉等、属国都尉、护羌校尉等，皆属该列；再往下去，这才轮到尚书令出场，是为：秩千石。与御史中丞平级，同为少府属官。
在光武帝之前，御史中丞和尚书令分工明确，前者负责监察和弹劾，后者协助皇帝掌管奏章、诏书；到了光武帝这儿，御史中丞没太大变化，尚书令的工作量却陡然加大，除了奏章、诏书之外，其他政务也大多由他们经手，然后直接送呈皇帝批阅，作用已等同于丞相。但饶是如此，光武帝除了为他们添加些负责办事的属官之外，并无为他们升官加薪的意思，始终将尚书令的品级、薪俸压制在少府之下，以期让权力与品级、收入达成一种整体上的平衡。
——有钱的没权，有权的没钱，三公都成了摆设，政务还能照常处理。光武帝通过该举措，进一步加强了中央集权。在他执政后期，更将西汉第一实权职位，出过多位重量级人物的“大司马”一职重新恢复成太尉，以示和大司徒、大司空平级，其中用意更是明显不过了。
鉴于“尚书令”一词刚刚登上重要舞台，将来能否青出于蓝而胜于蓝，也出几位重量级人物，我们留待以后再看，先说点其他的。
西汉之亡，表面上是亡于王莽，但根本原因，还是在于土地兼并过甚，农民不堪其负。光武帝统一天下后，也意识到这个问题尚未解决，又从以下几方面入手，来解决农民问题。
简单说来，无非五句话。——能不收的赋税，不收（恢复西汉初期的休养生息政策）；能不打的仗，不打；能不关的奴隶、刑徒，不关（多次下诏释放奴隶、刑徒，并规定虐待、杀伤奴隶者获罪）；能不用的官员，不用（淘汰去大量无效官员）；能不兼并的土地，不兼并。
前四点相对容易做到，最难做到的，是最后一点。要知道，刘秀虽说已是集军、政大权于一身的大汉天子，但他的另一层身份，也不过是天下最大的地主而已。那些跟随他辛苦打下江山的功臣们，以及肯臣服于他的前朝重臣，所为的，也不过是攀龙附凤，好跟着大地主，混成一小小地主，然后逐步逐步兼并，向成为更高级别地主的目标进发。公元39年，建武十五年，光武帝下诏，责令各州、各郡官员据实清查户籍、耕地、以及耕作者的年岁，以便限制豪强大户、官宦世家趁着手中钱多，百废待兴之际，肆意扩张田地的举动，是为“度田令”。
度田令一经颁出，已从“小小地主”成为了“小地主”的豪强大户们一片哗然，都暗中将此令拿来与王莽的“井田制”作比较。比较下来的结论就是：这一令，必然是行不通。于是地主们手中的钱币又洒开了，纷纷行贿给前来度田的官员。——明明是壮丁百人，改作三百人；明明有田地一千亩，改作三百亩。又因光武帝崇尚节俭，对官员们本来就是抠抠巴巴的，那些官员见有人主动送钱上门，岂能不收？于是一手收钱一手改，直到改成了合乎朝廷规定的比例标准，才一层层再往上奏报，报到洛阳。
光武帝一看，很高兴啊，看来天下的地主大户们皆知朕的良苦用心嘛！此后一段时间内，朝廷与地主之间平安无事，该度的田还在度，该改的奏折也在改。直到有一日，他在翻看新送上来的度田明细时，“啪”的一声，一支小木片从奏折里掉落出来，光武帝捡起一看，见上面有些小字，写道：“颍川、弘农，可问；河南、南阳，不可问。”
他想了半天，不知其意，便召上送来该奏折的官员，拿这支木片上的小字问他。那人吞吞吐吐，只说从洛阳街头随手捡到的，不小心夹在奏折里忘了取出。光武帝又不是傻子，对此岂能相信，再要盘问时，他身后一人已大笑起来：“父皇难道尚未看出来，这是他人在教此人为官之道呢！”
光武帝回头一看，见是阴贵人之子，深得自己宠幸的东海王刘阳，便顺手牵他过来，问道：“莫非我儿知道其中内情？”
“父皇试想，河南是天子脚下，南阳是天子故乡，自是达官贵人居多，小吏焉敢轻动。此人初涉度田一事未久，别人叮嘱，他怕忘了，所以才记于木牍上随身携带。不想送呈给陛下时，却忘了事先取出来。”
光武帝一想，有道理，当即召侍卫前来。侍卫到后，光武帝令他将那官员押下，威严恐吓也好，严刑逼供也罢，必须问出木片的来由！不多时，侍卫回报，那官员招了，情况与刘阳的揣测完全一致。
光武帝大怒，立择亲信对度田一事展开复查，结果发现，之前奏折上所报的数据，十有八九都是假的。光武帝确认此事后，干脆利落，立即将涉嫌造价的官员缉拿，一律重责，并于当年秋季，斩杀地方郡守十数人，以示将度田令严格贯穿到底的重大决心。
——“朕非王莽，焉敢欺朕！”
杀完官员，接下来还得向地主大户们追缴田地，凡不合规定的，都得照着规定来。试想，那些地主们买地时，要花钱；行贿官员时，又要花钱，如今钱都花完了，怎肯甘心白白退地。于是纷纷伙同，一齐对抗前来追缴田地的官员；对抗不了，那就只得造反。就在光武帝斩杀十数位郡守之后，隔月，天下各州、各郡大震，多有起兵造反者，尤以青、徐、幽、冀四州最甚。——新一代的地主起义军：“张縯”、“李秀”、“王鲔”、“赵通”等，粉墨登场。地方官府全然不是这帮豪强子弟的对手，连战连败，只得上奏朝廷，请光武帝另行派遣良将、精兵，前往平叛。
光武帝接到急报，便差人去请那些“老战友”来，商议这事。能受他邀请的，自然是“云台二十八将”中的人物，非但个个是列侯，且都有数个县的封邑，自不屑与普通的小地主同流合污。当下见了奏报，众将皆义愤填膺，不管是白发的，还是黑发的，都是胸脯拍得梆梆响，愿为皇帝解忧。光武帝只用其中几位最善战的，各授于他们节仗一个，诏书一封，便令他们自行分工，向四州进发。
众将空持着节仗，眼看皇帝已无下文，只得再追问道：“敢问陛下，兵符何在？”
“你等既有节仗，便是代朕出使，要兵符何用？”
“无兵符，便是无兵马，试问微臣等人如何平乱？”
光武帝大笑，说道：“朕邀请你等前来，非是要你等作战，只是要你等前往观战。具体如何施行，朕诏书中已然写明，你等看过之后，自然无此顾虑。”说罢，竟飘然而去。众将只得再看诏书，只见除去开头处一些惯用的官文之外，其中写道：“反贼之中，若有合五人之力，击杀一人者，可免五人之罪；若有合数族之力，击破他族者，可免全族之罪；州、郡大小官吏，与贼战，数战不利者，不罚；知境内有贼而不逮捕者，不罚；因畏惧贼势强大而弃城逃亡者，不罚。但他日叛乱定后，论功行赏之时，功绩高低，亦不视官职大小，唯以各州、各郡、各县捕获反贼实数为准。……”