却说马援前脚方去，关中以西处，有细作送来急报：“隗嚣今得了羌、氐二部援兵，声势更盛，已令大将王元、行巡分头率军下山，来取关中。”光武帝冷静寻思：眼下汉军虽遭大败，但隗嚣素来对冯异颇为忌惮，虽犯关中，必不敢直取长安。——于是他下令冯异：立即将长安防务转交由大司马吴汉接管。冯异自己，则率军万余，赶赴长安以北的栒邑驻防。除此之外，光武帝同时又令耿弇率一军，往守漆县（今陕西彬县），以当长安之西；祭遵率一军，往守陈仓西北，以当长安西南，并阻塞陇、蜀相通的要道之一：陈仓道。
诸令方才下达到关中，陇西数万兵马已到，果然不往长安而来，主攻方向正在栒邑！冯异获知这事，率军日夜疾行，竟后发先至，抢在陇西兵马抵达之前，先行入城。就在他布置完栒邑防务未有多久，西方烟尘滚动，陇西大将行巡所部数万人马，也已到城下。
到城下一看，行巡乐坏了：只见栒邑城门大开，又无汉军旗号，只道守军畏惧其声势，已逃散干净，遂在全无防备的前提下草率率全军进城。结果前头部队刚入城中，只听战鼓声大起，城内四周万余汉军一齐现出身来，万箭齐发。行巡大惊之下，哪还有心思估算汉军实有多少，急令远道而来的陇西兵将一窝蜂撤出，又退回陇西。冯异凭此轻易大获全胜，追敌数十里，方折返而回。
因行巡这一路兵马，实为主力；既见其一触即溃，奉命攻打陈仓，起牵制汉军作用的王元也只得紧随班师。二路兵马既去，正往来于北地、安定一带忙着挖墙脚的马援，作用便体现了出来。——在他的游说下，北地豪强之首：耿定，以及二郡名下的各县守将、官僚，纷纷终止观望，毅然倒向了汉国一边。冯异由此不费征战，轻易又得两郡。
这，就是国力上差距的体现，也真够难为隗嚣的了。——一场大胜，他未得一郡；一场小败，却使得他连失二郡。当然，这也怪不得别人，只怪隗嚣自己辨明不清形势，且情绪化太强，易为感情左右。
——光武帝要用他时，只需喊一声“鲍叔牙”，他便不顾唇亡齿寒之理，将侵入关中的成军往死里打；一旦光武帝平定关东之后，对他待遇稍差，他却又不顾天下大局已定，意欲和汉军抗争到底。——即便这时，他与成国的实力相加起来，也不及大汉国的一半。
他的隔壁邻居，河西窦融看问题就比他透彻多了。——这位封疆大吏，何尝没动过擅权一方，自立为诸侯的念头？只是他懂得时势，明白此时的天下，已非新朝末年，或者更始乱政那会。这时即便再奋发图强，也是晚啦，与其白白花费力气，丢了性命，还不如安心做个“忠臣”。即便将来没得诸侯做，也好留名于青史不是？
于是他自从与汉国通好后，每年必遣人绕道赶赴洛阳，不敢有缺。又多曾修书给隗嚣，劝他勿作无谓抵抗。隗嚣势头盛时，对此当然不会理会，但随着冯异、马援联合起来一顿捣鼓，把他的四郡变成了两郡，就由不得他不冷静下来，好好思索一番了。
时年年末，关陇之争第一阶段落幕。隗嚣先胜后败，将好不容易挣得的一点优势赔得干干净净。为了缓解来年的压力，保住仅存的二郡，他此前已下令放回了汉使者来歙，这时又上书洛阳，称之前的陇山一战非他本意，只是吏民自发聚集抵抗，云云……言外之意，是有心与汉国和好如初了。书信送过去后，在他紧张又忐忑的期待中，没等到春节，光武帝的回复玺书已到。
“朕年近四十，用兵近十载，什么花样没见过？——若将军真心归降，可速速将你次子隗纯送至洛阳，将军的俸禄、爵位便都可保全；若无此意，今后不必再假作投诚，修书来报了！”
隗嚣只有二子，长子隗恂，次子隗纯。光武帝此书的用意，以及语气，那摆明了就是欺负人了。隗嚣阅完书后，也是被逼得没办法，为了不落得连自己将来也被搭上，他最终作出了一个艰难的决定：向公孙述称臣。
公元31年，汉建武七年（东汉前期，未按照西汉纪年方式数年一改元）春季，成都皇帝公孙述封隗嚣为朔宁王，并大集兵马于汉中，为其造势；与之相对应的是，洛阳政权方面，光武帝也已与窦融达成紧密同盟，约期夹攻隗嚣。
关陇之争进入第二阶段。
双方打到这时，能拉都拉上了，而且参战的除了汉人之外，羌人、氐人，甚至是匈奴人，也都加入了这场战斗。就在安定、北地二郡再往北去，有一地名为：五原，在秦、西汉两朝一直是西北重镇（卫青当日便凭此基地，先夺河套，建立朔方；后出高阙，大败右贤王。）
到了东汉初年时，这里冒出来一位豪强，名叫卢芳，自称是汉武帝曾孙。在此先不管这位“孙子”为何姓卢不姓刘，只说他建立起该割据势力后，完全没看出半点汉武帝的气度来；倒是常年对大单于俯首听命，恨不得再认个“匈奴爷爷”才好。
——说白了，他就是个匈奴人扶植的傀儡，算是早期的“汉奸”政权。
汉奸部队的战斗力，当然是不行的；但因他背后有匈奴撑腰，那就大不一样了。新朝时期，因王莽酷爱改革，将“匈奴大单于”改作了“降奴单于”，且放下了要将匈奴国分裂作十五部的大话，好不容易与中原地区建立起良好关系的“南匈奴”，硬生生的被他改革成了仇视中原统治者的“北匈奴”。再加上卢芳在其中拼命搅和，到关陇之战爆发时，匈奴势力已基本控制了五原、朔方、云中、定襄、雁门，整整五郡，并以“汉帝”卢芳的名义，在以上各郡中设置郡守、县令，作长期与汉朝对抗之打算。
光武帝对此岂能容忍？但陇、蜀未下，他也只能心有余而力不足。为了防止匈奴势力锲入关陇之战，形成“三打二”的局面，在第二阶段正式开打之前，他特将一纸诏书下给冯异，就请他兼领上郡、安定、北地三郡太守，并嘱咐道：“此次一战，由朕亲自领兵，一年之内，必有分晓。战事期间，凡关中以北事务，悉由爱卿自决！”安置完北方事务之后，他亲自领兵，再赴关中，召集齐吴汉、耿弇、岑彭、盖延、来歙、马武、王常、祭遵、刘歆、刘尚，共计十员战将，共同磋商此战方略。