造势工作做得如此充分，光武帝对拿下长安已有十足把握。但出乎他意料的是：任由他如何催促，邓禹始终按兵不动。看看春节将至，光武帝初迁都到洛阳不久，也有许多大事要忙，只得最后一次略带责怪地催邓禹道：“邓司徒何人也，尧也；赤眉亡贼何人也，桀也。今长安吏民星夜苦盼司徒，不趁此良机领兵南下，以慰关中百姓之望，更待何时？”书信拟好之后，由光武帝心腹亲自携带，送至屯兵上郡的邓禹军中。邓禹接旨过后，按下书信，依然持观望态度，不肯与赤眉军战。
使者见状大惊，旋即大怒而去。邓禹部下深为惶恐，齐劝邓禹道：“陛下用兵之能，天下皆晓。今催司徒用兵已有三次，为何大人甘愿违背圣意，也不愿坐收唾手可得之功？”
邓禹淡淡一笑，说众将道：“请随我来。”
一行将领，随邓禹出城，至上郡郡治：肤施城南郊。放眼前方，只见众多百姓牵牛拖车，母子相携，从长安方向络绎不绝而来，半日之间，北逃过来者不下万人。邓禹见众将似有领悟，终于说出了在他心中早已构思好的战略意图：“今赤眉虽得长安，但民心丧尽，安得长久？我等北遁来此，只为上郡、北地、安定三郡地广人稀，好就粮养兵。眼下我军已有数十万之众，不日即可号称百万，待赤眉大军粮尽之时，一鼓作气南下，何愁不可胜！”
他这一言说出，众将齐呼万岁，皆服邓禹智谋。随后，邓禹大军不但不南下，反而更往北上，去夺三郡之内尚未讨平的偏僻县邑。洛阳那边，光武帝尚弄不清邓禹在搞什么名堂，但他深知邓禹忠心耿耿，也就行了，此后忙着为高祖、文帝、武帝、宣帝四人营建宗庙，暂时无暇理会关中局势。
（在此插一句，汉代的宗庙制度是非常苛刻的，只有开国之君，或者非常杰出的帝王才有资格享有庙号，供后人祭祀、瞻仰。在刘秀登基之前，西汉诸位帝王之中享有庙号的本还有汉元帝、汉成帝等人，结果到了刘秀这，一律被删了。东汉也依此为惯例。）
隆冬时节，瑞雪飘洒，不知不觉间，建武二年的春节悄然来到。这时的汉光武帝，早已令人回新野取回阴夫人，更兼有了第一位皇子刘疆（郭夫人所生），正是久蒙疆场劳苦，初享天伦之时。长安那边，果不出邓禹所料，因百姓不堪赤眉军抢掠盘剥，纷纷北逃，关中一带无人耕种，无人上税，长安城中数十万赤眉军抢无可抢，已是统统饿了肚子。樊崇打探清楚，知弘农以东有光武帝重兵把守，不敢向东；上郡一带又有邓禹苦心囤积的数十万重兵，也不敢向北；只得向西北方向进兵，以寻找食物充饥。趁此良机，邓禹急率大军南下，不费一战，便轻易抢占长安！
到长安后，他傻眼了，由于赤眉军本非善类，又痛恨豪强、百姓前日私议劫取刘玄之事，临走之前，竟一把大火将长安城焚毁，并且肆意残杀老弱无辜，城中尸体堆积如山，几无活人！邓禹尚没来得及感慨，军中已是哀嚎声大起——因他军队之中，河北、河东两处的军士毕竟是少数，其余大多都是近期投奔他的关中子民，见了此等惨状，怎的不怨怪邓禹！——若他能早点率军南下，长安何至于变成一座死亡之城！邓禹也是颇有悔意，终知光武帝反复催他进兵，为的是哪般。但事已至此，后悔也晚了，他只得尽力安抚军士，勉强占住长安城，着手修复军营、防御工事；又从废墟之中寻得西汉诸位帝王牌位，令人送至洛阳，以示长安已下。
但此时的光武帝，已无能力派遣大军协同他作战了。就在该年正月，郭皇后舅父，曾在光武帝平定河北期间出了大力的真定王刘扬突然脖子上长了一个肉瘿。与这个肉瘿一同生出的，还有一道谶语：“赤九之后，瘿扬为主！”（自酷爱求神问佛的王莽篡政之后，谶语作为一种“信则有、不信则无”的迷信思想，当时颇为流行，就连刘秀也是其追随者。东汉政权初建立时，许多庸碌之辈都因和谶语吻合，而被拜为重臣。）刘扬为此突生邪念，竟与河北残余的流寇暗通，意欲谋反。
未过一月，真定国再往北去，渔阳郡也出事了。渔阳太守彭宠自刘秀称帝之后，左托人说情，右托人暗示，试图摆脱小小的郡守一职，好出将入相，官居高位。但光武帝这时，羽翼已丰，再无需他这个小小的“北道主人”相助，故而对此只作没看见，却将彭宠昔日的两位能干的手下：吴汉、王梁，一拜作大司马，一拜作大司空，皆拔擢于三公之列。彭宠得知这事，本就一肚子气窝囊气无处发泄，再恰逢光武帝察觉到他有不满之意，特下诏征他入京，又恼又怕，干脆一不做二不休，直接起兵反了！
光武帝碰上以上两件事，当然得将已逃向长安西北的赤眉流寇放一放，先除内乱要紧。——该年正月，因耿纯奉命巡行冀、幽二州，刘扬做贼心虚，自恃与耿纯祖上沾到点亲戚关系，前往馆驿拜见，想来个投石问路，结果为耿纯当场斩杀，真定国之乱尚未乱的起来，便宣告平定。刘秀为示不忘刘扬前日相助之恩，在诛杀刘扬之后，仍册封刘扬之子为真定王，继承其父王位。
彭宠那边就没这么好对付了。“上谷、渔阳突骑”，名扬天下，彭宠虽只有一郡之地，兵也不多（初期只有数万人），但因他造反的心意坚决，又准备充分，起兵之后，很快便连获大捷，围困幽州牧朱浮于蓟县城中。朱浮数战不利，只得凭借坚城与之对峙，幽州北部的许多郡县，因此孤立无援，渐渐沦为彭宠掌控。
这还得了！反了他了！在一片喊打喊杀声中，光武帝出奇的冷静。——彭宠的实力他是知道的，翻不出什么惊涛骇浪来。值得担忧的是，一旦刘永、张步、更始余党暗中与之联合，趁自己率大军北上平叛之时，袭取颍川、洛阳，却是极难应对。因此他在探得上谷太守耿况已斩杀彭宠使者，拒绝与之联合的消息后，急令吴汉南击宛王刘赐；贾复进讨郾王尹尊；盖延率马武、苏茂等四将东击梁帝（更始帝败亡后，刘永旋即于睢阳称帝，国号也为汉。在此为示区别，简称该政权为“梁汉”）刘永；又令人北上并州，查探前日持节前去招抚并州大将军鲍永的使者下落。而对彭宠谋反一事，却几乎不闻不问。
时年二月，并州大将军鲍永知更始帝败亡一事属实，又获悉刘秀已令邓禹光复长安。封上印绶，悉数罢兵，投降光武帝。光武帝得并州。
时年三月，贾复击破郾城、淮阳，尹尊与淮阳太守投降。光武帝得豫西。
时年四月，宛王刘赐、邓王王常本就与刘秀兄弟关系不错，又听说吴汉这人实在惹不得，皆亲至洛阳，归降光武帝。而在他们之前，长期留守荆州的西平王李通更是早已被召入了洛阳，作了洛阳卫尉。光武帝再得荆州。
好吧，到这里时，汉光武帝的战略思想已跃然纸上了。——以位居天下正中的洛阳为中心，先易而后难，先近而后远（先关东，后陇蜀），在确保核心部位不动摇的同时，始终将主要火力集中于一个方向。再加上众多将领执行得当，其势力范围一下子扩张到五州之多——分别为幽州（半个）、冀州、并州、司州（长安、洛阳）、荆州、豫州（半个），占了天下之半，且都是富庶之地。与之相对应的是：西线战场（邓禹），和北线战场（朱浮）上，只守不攻，全无进展。
——此时为公元26年四月，汉军在取得以上大捷的同时，以盖延为主将，讨伐粱帝刘永的数万精兵也已抵达睢阳，关东之争进入**阶段。