打这以后，朱鲔自知进取河北无望，洛阳城门再也没有大开过。而与之同时，洛阳以北的邓禹，洛阳以南的樊崇，却按照预定计划，一走河东，一走南阳，同时向西节节推进，分别包围了安邑（河东郡治）和弘农（函谷关）。急报传到长安时，更始帝大怒：“朕既拜王匡为比阳王，成丹为襄邑王，镇守河东；又拜刘赐为宛王，宗佻为颍阴（今河南许昌一带）王，尹尊为郾王，共守南阳、颍川。自有他们为朕退敌。区区小事，何必来报！”
却说更始帝自立赵萌之女为夫人后，凡事皆委任于赵萌，日夜只在后宫与赵夫人饮酒取乐。那赵萌，乃是一好弄权势的小人，性子又残忍好杀，凡诋毁过他的，绝无生还之理。就是这么一个人，更始帝爱屋及乌，偏偏对他极为信任。一开始时，他还管管事，比如将谢躬调往河北，将朱鲔、李轶调往洛阳；后来觉得麻烦，干脆朝都不上了，直接找了一个模样与自己相似的侍中，垂帘听政。赵萌由此得以肆无忌惮地排斥异己，擅立亲信，甚至将一些厨子、狗屠，都提拔成了官吏。这事传出去后，深为长安士人耻笑，作歌谣道：“灶下养，中郎将。烂羊胃，骑都尉。烂羊头，关内侯。”京师尚且如此，关中附近的诸侯、豪强们离心离德，也就不足为奇了。
更始三年春，因原先割据凉州的隗嚣不从军师方望之劝，执意前往长安听封，并为更始帝软禁。方望与安陵人弓林便共尊流落于凉州的汉末代皇帝：刘婴（即为王莽所废的“孺子婴”，此时年二十岁）为帝，建都于临泾，国号为“汉”；到四月时，割据益州的“辅汉将军”公孙述也于成都自立为帝，国号为“成”。可见，这时的天下豪强，思想上已不再像之前一样，执着于正统观念，不要九鼎、不要玉玺，照样可作皇帝。唯一看不开的，只有更始帝，他对咄咄逼人的赤眉军可以不闻不问，但绝不能容忍有他人僭越大位。于是他拜丞相李松为主将，率军十万，讨伐方望。方望等人毕竟根基未稳，一战即被李松率军斩杀，“汉国”也被攻灭。没等及更始帝再下一令，让李松南下蜀中，讨伐公孙述，弘农方面再有急讯来报：“今赤眉军已攻下弘农，三十万大军，以万人为一营，犹自向西来犯。”更始帝再是糊涂虫，也知道弘农失守，对长安意味着什么，终于焦急起来：“宛王刘赐等人，为何不替朕率军拦住？”
“赤眉军势大，宛王如何敢与之战。今已提所部之兵，放弃宛城，撤过淯水，往淯阳驻扎去了。”
更始帝不得已，急召李松，又令他率军去战赤眉。但此时，函谷关、武关二大天险俱已失守，论野外交战，李松的十万军队如何能与急着进入长安抢掠的三十万赤眉军抗衡？很快便大败特败而回，折损兵马三万余人，告更始帝道：赤眉军势大，实难取胜。更始帝不泄气，又差人召朱鲔来救，但因赤眉军早已抢先一步，控制了“长安—洛阳”之间的必经要道，这一举措，再告失败。时年六月时，赤眉大军畅通无阻，顺利推进至华阴。
赤眉军打到长安近郊时，更始帝前所未有的勤奋起来，酒也不喝了，女色也不近了，每日坚持批阅战报。可惜的是：好消息一点没有，坏消息却是接二连三的不断传来。先是比阳王王匡率军往救安邑，被邓禹击败，所部兵马折损殆尽，只得数百骑正往长安过来；再接着，各地诸侯全无动静，并无一人肯率军前来勤王；再接着，更始帝最不想听到的消息也到了。
——就在该月下旬，天下又诞生了两位皇帝：一是刘秀；一是刘盆子。因都属刘姓宗室，国号亦都为“汉”。这其中，刘秀就不用细说了，自他彻底扫平义军之后，称帝一事已是必然；而那位刘盆子，其祖上便是大名鼎鼎的“朱虚侯”刘章，相助周勃铲除诸吕的那位。之前因生世湮没，又兼年幼（十五岁），只得在赤眉军中做了名默默无闻的放牛娃。一日，赤眉军中有一齐地巫师，突然口出狂言对樊崇道：“景王（即朱虚侯，因平叛大功被封为王）显灵，怒告你等：当为县官，何故为贼！”一句话，点醒了正磨刀霍霍向长安的樊崇。樊崇于是效仿昔日项羽，特从军中大肆挑选景王之后，得七十余人，欲从中选择一位立作皇帝，以摆脱盗贼之名。最终，通过抓阄的方式，刘盆子顺利入选，在长安郊外接受了赤眉诸将的朝拜，做了皇帝。
这么一来，一个刘玄，一个刘盆子，两位都自称是“大汉皇帝”，都在关中，只能凭借一战决胜负了。谁胜，长安便是谁的！当然，胜负早已没有悬念。——更始众将不等赤眉军突破华阴，早就蔫了，都谏更始帝道：事已至此，再与赤眉军交战，也是绝无取胜的可能。不如趁早劫掠城中财物，早早退回南阳故地，方是上策！
更始帝大怒，他乃是九五至尊之人，从正式建立年号算起，这个皇位，满打满算才坐了两年半，哪能甘心就这么放弃，重新落草为寇？正待怒骂众将时，他转念一想，又心道：不行，自己这皇帝又不能打仗，又不能谋划，退敌之事，还是得凭这帮人去做。于是只得略微缓和神色，手握玉玺给众将观看，以示自己才是真正、唯一的天下之主。又下令王匡、陈牧、成丹、赵萌、李松等，各领一军出长安，镇守新丰，以当华阴之西，拦住赤眉军进犯的最后要道。众将见他心意已决，也没什么好说的了，各自泱泱退去。
一退朝，当日拔剑力主刘玄称帝的张昂立即与申屠建、廖湛等亲信私聚一堂，表达了自己的强烈不满。——之前刘玄之所以称帝，全凭我等功劳；但其沉迷于酒色，委任赵萌时，怎么没有想到会有今天？现在却拿个玉玺出来，吓唬谁呢！申屠建、廖湛也早已对更始帝不满，于是很快达成合谋：不日便是立秋，陛下必会亲自主持祭祀，到时管他愿不愿意，只管劫了他往南阳去！计议定后，他们唯恐失手，又召隗嚣、王匡等人商议，无一人反对。
谁料还没到动手之时，因参与此谋的人实在太多了，竟让更始帝事先知晓。更始帝当机立断，佯装患病，立召参与此谋的诸将往宫中议事。结果申屠建傻乎乎的第一个赶到，当场便被砍了；张昂、廖湛等人来的迟了一些，闻知有变，大惊失色，只得一不做二不休，回去各自召集军士，杀入未央宫去。一时间，更始君臣自相残杀，长安城中大乱。战了许久，因更始帝最为倚重的两人：李松、赵萌都在城外，渐渐不敌，只得撤出长安，前往军中投奔赵萌。至于凉州豪强隗嚣，则趁着此乱，单骑逃回凉州去了。
到了赵萌军中后，更始帝当着老丈人的面，痛哭流涕，直说张昂、廖湛犯上之事。赵萌是个心机很深的人，听了这话，细细琢磨之后，急告更始帝道：“王匡、陈牧、成丹等人，也是绿林出身，今日之事，难保他们未参与其谋！”更始帝大悟，急下旨，又召那三人议事。三人之中，唯有王匡事先知情，故而推推诿诿，再三拖延，另外两人着实无辜，刚入赵萌军帐，便被两旁的刀斧手拉下去斩了。王匡因此得以知晓更始帝的真实用意，及时带着其所部人马，奔入长安城中，与张昂、廖湛等人汇合。
又过数日，更始帝既集得了赵萌、李松两部主力军，对那帮一心要回去做绿林好汉的乱臣贼子们自然不会再惧怕，于是下令还攻长安，再争京师。此时已是该年八月，恰好立秋。而在他身后，已拿下安邑，扫平河东的邓禹大军十余万人；以及驻军华阴，已立刘盆子为帝的樊崇大军三十万人，正一由东北，一由东方，不约而同的向长安靠拢。