远征军从5个港口出发，这五个港口是：土伦、马赛、阿雅克肖、热那亚、契维塔韦基亚。约定在拿破仑故乡附近海域会合。这一支远征大军由54000人组成，除了39000名陆军外，还有负责护航的部分海军，由布吕埃斯海军中将统率。除了士兵外，还有不少学者。这一点，法国人是向伟大的亚历山大大帝学的，想当年，亚历山大大帝扬鞭埃及，就是这么干的。
化学家贝托莱和他的同事装了成百箱的天文学、化学、物理学、地质勘察、外科手术和医学方面的仪器以及成千上万卷科学、哲学、历史和地理文选组成的图书馆，以及久已过时的埃及地图。虽然马嘉隆向督政府建议征服埃及，可是由于埃及特殊的地理情况（除了沙就是沙），他不可能做出那么详细的地理调查，那可是要有生命危险的！
所以，拿破仑就只能在埃及摸索着前进了。
在热那亚的会合完成后，布吕埃斯调头朝东南偏南方向驶向科西嘉海角。远征军人们仍然不知此行的终极目的地。绕过科西嘉海角最北端后，他们沿海岛东岸朝南行驶，5月27日，与沃比翁率领的科西嘉师的22艘运输船会合。
现在，身负重任的海军中将布吕埃斯小心翼翼地指挥着地中海上今后数十年都不会再见到的壮观的舰队，他孤注一掷的事业可以说是如履薄冰，丝毫不敢懈怠。这支庞大的舰队还有一个任务：次日与德塞从契维塔韦基亚姗姗来迟的56艘运输船会合。完成这最后的会合之后，拿破仑终于可以向督政府报告：“我们已经全部会合，向我们的目标挺进。”
运输船上除了士兵、学者之外，当然，还有一些厨师、工匠和马夫，他们都是必须的。
要想人不知除非己莫为，这么大的动静，英国人要是发现不了，那英国人就可以全体吃翔去了。不过，就算他们发现了法军舰队的踪迹，也不能确定他们究竟要去哪里。因为，这一点，连普通的法国远征军士兵也不知道。
收到法国派出了一支庞大舰队的消息后，英国海军中将文森特觉得，法军的目的地可能有那不勒斯、西西里、葡萄牙、西班牙和爱尔兰这几处（他就是没想到埃及），于是，他给一位39岁的海军将领下达了这样的命令：出海搜寻法国舰队的踪迹，并打垮之！
当然，英国人也有不少聪明的和有远见的，比如说这一位，他是英国的陆军大臣邓肯，他就对海军大臣斯宾塞说：“文森特的作战指示中是否提到拿破仑远征的目的可能是埃及呢？或许是我的想法过于奇怪，但我却无法不让自己在这个问题上产生这样的想像。”
难道说陆军的部长竟然比海军的中将更加具有远见吗？历史，就是这么地有意思。
前文中说的那个39岁的海军将领，可谓是大名鼎鼎，他可以说是帆船时代最最牛叉的海军将领了。如果一个海军士兵（他那个时代以后的）不知道他的大名的话，那他就不是一个好的海军士兵！
这个牛叉的男人，就是纳尔逊。
这个牛叉的男人，就是纳尔逊。
纳尔逊的全名叫做霍雷肖.纳尔逊,他1758年9月29日出生于英国诺福克郡伯纳姆索埔镇。他的舅舅是一名海军的舰长，而年少的纳尔逊也是对大海充满了向往。在他舅舅的帮助下，在他自己的努力下，他如饥似渴地学习海上知识和技能，在年仅12岁的时候就下了海，在他舅舅的军舰上当了一名见习水兵。通过奋斗，21岁的时候，他晋升为海军上校，也当了一名舰长。
1794年，纳尔逊所属舰队封锁科西嘉，结果不小心被法军的弹片打瞎了。本来，英国人就和法国人不对付，而法国人又让将军成了一级伤残，纳尔逊对法国人的心理可想而知。
1797年2月14日的圣文森特角海战让纳尔逊一举成名。那天，英国海军地中海舰队的15艘战舰同西班牙舰队（1796年，法国与西班牙结成反英同盟）的27艘战舰在大西洋圣文森特角遭遇，展开激战。战斗中，作为分队指挥官的纳尔逊违抗了舰队司令的命令，脱离队形冲向西班牙舰队，拦住其去路。在炮击西班牙战舰后，他亲自率水手登上敌舰展开肉搏。纳尔逊的行动对英国舰队取得圣文森特角海战的胜利起到了关键作用，他因此被晋升为海军少将，并荣获勋爵封号。
同年7月，在英国海军进攻西班牙属加那利群岛的战斗中，纳尔逊再度率舰与敌舰进行接舷战，他和部下们用刀剑与敌人展开了搏斗。第一天战斗中，多亏纳尔逊的副官用自己的身体为他挡了两剑，才使他安然无恙。但他在第二天的战斗中被一发流弹击中了右肘，导致右臂被截肢，成了特级伤残。
特级伤残，在现在的年代，是不允许指挥一支部队的，别说是舰队了。那时候没有这些讲究，这也是纳尔逊和英国的大幸吧。
独臂独眼将军纳尔逊在接到命令后，立即在茫茫大海上展开对法军主力舰队的搜寻。他在地中海上，在亚德里亚海上，在摩里亚群岛附近甚至在快要进入黑海的海域展开大力搜寻。
而拿破仑和他的近四万将士，则在布吕埃斯中将小心翼翼地护送下，悠哉游哉地在地中海海面上航行。
舰队中有5万4千个带把的，没有一个不带把的。长日漫漫，法国大兵们除了有时呕吐之外，普遍觉得无聊。他们整日挤在甲板上萎靡不振，丝毫没有精力为自己的未来担忧。
而将军本人并不觉得无聊。拿破仑是那种有志向的人，每天晚睡早起。可是，一到了船上，他的生物钟就调了。他可以在自己的房间中大肆地睡懒觉了。
拿破仑可谓雄心勃勃，英姿勃发。他早在出发前就透露道：“如果一切顺利的话，我将打到印度去。”虽然印度已经是英国的殖民地，可是也不排除拿破仑想向亚历山大大帝看齐的因素。
作为知名学者，蒙日也参加了此次远征。