自隆庆和议之后，蒙古俺答汗及其后裔向大明称臣，从陕西到河北的华北边防一时缓和。但察哈尔部落（明史称“插汉部”）一向自诩为成吉思汗嫡系后裔，不满俺答汗一系独霸汗庭，于是东迁到呼伦贝尔草原。从呼伦贝尔草原出发，沿着西辽河河谷穿越大兴安岭就是比邻辽东的科尔沁草原，这里的科尔沁部落（明史称“喀喇哈部”）一向不服明朝管束。两部从此联手侵掠辽东各地，几乎年年内犯，少则一两万骑，多则十万余骑，成为明朝后期主要的蒙古边患。特别是李成梁退居二线后，东蒙两部更显猖獗，到了公元1594年四月，科尔沁部首领巴图尔甚至率五万铁骑围困了辽东首府辽阳，兵锋直指山海关附近的锦州，随后又招引察哈尔部八万骑兵助战。万历帝紧急启用宿将董一元，用空营诱敌、伏兵突击之策打败科尔沁军，方才解了大急。但此后一直到后金称霸东北，察哈尔和科尔沁部一直牵制了辽东明军主力。
如果说蒙古是近忧，女真则是大患。自从努尔哈赤被明朝任命为建州卫指挥使后，就心怀异志、扩军谋叛。早在1592年9月，努尔哈赤听说日军侵朝，就遣使朝鲜扬言道：“建州卫有马军三、四万，步军四、五万人，皆精勇惯战……愿意出兵征杀倭奴，报效皇朝”。当然，他为明朝效劳是假，想趁机来朝鲜捞一票是真，自然被拒绝了。但努尔哈赤也没闲着，趁辽东明军主力入朝作战之机，他大肆兼并女真诸部，到1593年九月爆发了著名的“九部联军之役”，努尔哈赤在古勒山（今辽宁新宾县）一举击败其他九个女真部落的联军，走出了统一女真诸部的关键一步。
明朝后院起火，救火队辽东军自然急着回老家救急。不得不暂缓对朝鲜的投入。3月10日，特派负责朝鲜事务的经略大臣宋应星报告兵部：“王京敌众城坚，道路艰难，我军急切不可下。闻倭人欲求和封贡而去，不若派得力使者与之斡旋，因势导以复王京”。3月18日，万历帝召集朝议，拍板道：“若假此退贼，可不复血刃，免我***将士劳苦，倭如恭顺，赦不穷追。”
于是，在兵部尚书石星的委派下，和平使者沈惟敬再次上阵，抵达王京。这次有李如松的大军撑腰，他的腰杆更硬了，直接要求日军退出朝鲜并交回俘虏的两位朝鲜王子。石田三成一听：这一来等于竹篮打水一场空，几万将士的性命就白扔了，丰臣秀吉的面子往哪放啊！他赶紧表白，说没有丰臣秀吉的命令，日军不敢撤回日本。于是双方讨价还价，商定日军先送还两位王子及所有被俘朝鲜官员，并且撤离王京。同时明朝使者到日本会见丰臣秀吉，以敲定最后的版本。
4月18日，还没等到丰臣秀吉发话，日军就慌里慌张地撤出了王京，因为逃得匆忙，连剩下的八万多石粮草也留给了明军将士。李如松率明朝联军步步紧逼，19日就进城接收，随后又分道进兵。日军又在忠州的鸟岭布置重兵。这鸟岭号称朝鲜第一天险，海拔高达1017米，崇山峻岭间只通一条羊肠山道。当年朝鲜名将申砬因为放弃鸟岭不守，才让日军长驱直入攻陷王京，自己也兵败自杀。日军当然不会重复对手的错误，决心死守鸟岭，阻止明军进入王京以外的地盘。
此时恰好四川副总兵刘铤率军赶到朝鲜。他老爹刘显本是江西南昌人，年轻时逃荒到四川安家，后来成为东南抗倭名将。刘铤子承父业，长期领兵镇守巴蜀，手下一支川军骁勇善战，曾打得不可一世的缅甸人溃不成军。朝鲜战争爆发后，他率五千名四川步兵兼程北上，硬是靠两条腿走了万里路。就像抗美援朝时的四川籍战斗英雄黄继光、邱少云一样，刘铤和他的川军绝不拉稀摆带，一到朝鲜就要求主攻鸟岭。川军虽然只有五千人，但一直在巴蜀、云贵、缅甸的山区作战，个个是山地战老手。他们攀越山岭如履平地，把日军吓得目瞪口呆，一番恶战下来大破敌阵。正面激战之时，辽东军的查大受、祖承训也趁机迂回到鸟岭侧翼。日军两面受敌，慌忙弃关南逃。川军和辽东军就此展开进军竞赛，分别攻占了南部四道的绝大部分地区。真是一夜回到解放前，一年前日军从釜山登陆，如今近十万日军又只能龟缩在以釜山为核心的几个沿海据点了。
在战场上获得胜利后，谈判进程就快多了。沈惟敬一路监督日军南撤，然后于5月8日前往九州名护屋城面见丰臣秀吉。石田三成、增田长盛、大谷吉隆三位奉行和小西行长也一同回国参与谈判。老来昏聩的丰臣秀吉一直被前线日军的“捷报”蒙骗，还以为是明朝求和来了，于是大大咧咧地提出“和平条件七条”：
一、迎明帝公主为日本天皇后；二、发展勘合贸易；三、明日两国武官永誓盟好；四、京城及四道归还朝鲜，另外四道割让于日本；五、朝鲜送一王子至日作为人质；六、交还所俘虏的朝鲜国二王子及其他朝鲜官吏；七、朝鲜大臣永誓不叛日本。罗罗嗦嗦一大堆，说白了最关键就是三点：第一条是要明朝和亲，第四条是要朝鲜割地，第五条和第七条是要朝鲜称臣。
开什么国际玩笑！他还以为坐了时光穿梭机，来到清朝末年了啊！纵然万历年间也算明朝晚期，但大明王朝可是铁骨铮铮，终其一朝276年，不和亲、不赔款、不割地，天子守国门、君王死社稷！
这样的条件，也亏丰臣秀吉想得出来！石田三成和小西行长一看和议要泡汤，赶紧私下找到沈惟敬商量。对沈惟敬来说，最重要的责任是为恩公石星分忧，先设法把朝鲜战事缓下来再说，至于丰臣秀吉的屁话就当屁一样放了就行。于是，两边的谈判人员达成了外交史上空前绝后的合谋：小西行长向丰臣秀吉报告说明朝使者同意七条建议；沈惟敬向明朝回报丰臣秀吉愿意称臣、请求册封，甚至伪造了日本降表。随后，小西行长又代表日本遣使北京，提出明朝正式册封后，就撤离朝鲜全境，甚至可以献出对马岛。
对这样的条件，大明和朝鲜都挺满意。接下来就是冗长繁杂的外交事务和礼仪安排了。1593年十二月，李如松凯旋班师，加爵太子太保，升任中军都督府左都督。只留明军五千人留守朝鲜、监督停战。到1595年九月，日军也大部撤退回国，只待受封之后就全数回军。