所以，乐属令一出，三吴八郡惶惶不安、人心思乱。猫在舟山群岛的孙恩一看机会来了，就带着百人死党泛舟登陆，攻占上虞（今浙江上虞）县城，揭开了天师道叛乱的大幕。三吴地区的天师道人多势众，许多家族数代人都是虔诚信徒，在个人利益和宗教信仰的驱使下，纷纷投奔打着“讨伐司马元显”旗帜的孙恩，很快汇成十万大军围攻会稽郡城（今浙江绍兴）。有意思的是，会稽郡的长官王凝之（书圣王羲之的儿子）也是天师道教徒，只不过他认为孙恩是异端，自己才是教门正统，所以开坛做法，要请天兵天将杀贼。结果还是孙恩更厉害，直接打破城池、砍了他脑袋。

占领会稽后，孙恩声势大盛，宣称凡是参与起事者都可成为“长生人”，得到长生不老、死后成仙的福报，史载各地信徒纷纷来投，“皆烧仓廪，焚邑屋，砍木填井，虏掠财产，相率奔赴会稽”，还有女道徒为了摆脱牵挂，把自己的孩子放入竹筐投入水中，还说：“贺汝先登仙堂，我寻后就汝”！叛军对抵抗者和不参与起事的“叛教者”格杀勿论，孙恩还宣称杀人是送人上天堂的善事。如此的宗教狂热，推动着孙恩军迅猛扩张，占领三吴八郡，俨然是个再版的三国孙吴。

司马元显没征到兵，反招来了贼，只得再次向刘牢之求救。刘牢之率领北府军火速南下，兵抵钱塘江，与天师道隔江对峙。当时刘裕靠着孙无终的推荐信，主动到刘牢之的讨伐军当参谋。初来乍到的他显然未获重用，每天的工作就是侦察敌情。

侦察兵这工作可不好干，胆大、心细、命好缺一不可。刘裕确实胆大心细，但命一直不太好。有一天，他搞了出《渡江侦察记》，带着几十人的侦察小队渡过钱塘江，谁料迎头碰上了敌军上千人的大部队。敌军万箭齐发、刀砍矛刺，可怜几十号兄弟相继成了刺猬、筛子。最后只剩刘裕一人，被长矛捅下江堤，摔到烂河滩上。几个敌军还拥到江堤边上，准备给他补几刀。

天师道喜欢帮人“升天”，刘裕可不愿领这份情。

老子熬了四十年，第一次干仗就报销了？不，绝不！我要拼命一搏，以后还有很多事情要做呢！

这一刻，刘裕不是一个人在战斗。屡败屡战、终克项羽的刘邦，大战昆阳、孤军破敌的刘秀，坚忍不拔、三分天下的刘备，全在这一刻灵魂附体了！

刘裕狂呼长啸，双手挥舞长刀，仰头斩杀了江堤上的几名敌军，然后奋力攀跃，重新登岸，向着上千敌军发起了冲锋。

一个人的冲锋？

几千天师道徒都愣在那了：咱们信教的可以死后成仙，可这家伙为啥这么拼命？

他们越想越糊涂，一楞神已被刘裕冲到跟前。长刀翻腾间，血肉横飞。看到同伙人头落地的一瞬间，道徒们受不了了：这家伙是个遇魔杀魔、遇神杀神的主啊！恐怕天师神仙也镇不住他啊！

俗话说：冲的怕愣的，愣的怕横的，横的怕不要命的。其实后面还有一句：不要命的斗不过想保命的。宗教煽动下的一时狂热，终究会在直面冰冷的死亡时冷却；惟有求生的原始欲望，才能让人爆发出所有的战斗意志。向死而生，斯之谓也！

在刘裕的冲锋下，敌军慌乱退却。战争史上的奇观出现了：一个四十岁的受伤大叔，舞着把砍缺了口的刀，追着上千人打。

这幕奇观，我们只能想象了。但有一个人亲眼看到了，那就是刘牢之的儿子刘敬宣。他本是赶来援救的，却有幸目睹刘裕以一敌千的壮举，不禁与诸军感慨莫名，惊为天人。刘敬宣随即挥军渡江，大破敌军。

刘敬宣回军后，对刘裕赞不绝口，北府上下无人不知、无人不晓，刘裕从一个无名老兵一跃而为大众明星。除了名气，刘裕还收获一样更重要的东西：以刘敬宣为代表的北府军新生代的崇拜。

这些年轻一代，没有亲身经历过淝水大战，所以刘牢之等老将的威风只是个半真半假的传说；而刘裕是实实在在发生在身边的奇迹！对天师道徒来说，孙恩是一个将来会成仙的人；而对北府青年来说，刘裕更是一个活着的神。这种比孙恩更甚的狂热崇拜，将会对刘裕以后的成功起到巨大的作用。

不久后，刘牢之率大军渡江进攻，信心动摇的天师道徒无法抵挡，孙恩只好领着二十多万信徒和挟持民众撤回舟山群岛。会稽郡是天师道起事的根据地和重灾区，朝廷特派徐州刺史谢琰来此善后。谢琰是谢安的儿子，也是淝水之战的统帅之一，可谓众望所归，他自己也轻松道：“苻坚百万，尚送死淮南，况孙恩奔衄归海，何能复出！”

但孙恩很快就复出了。

公元400年五月，重振旗鼓的孙恩率众登陆浃口（今浙江镇海），连续击败地方郡县的狙击，一路直扑会稽城下。当时谢琰还没来得及吃饭，拿出“灭此朝食”的气魄领军出战，两军大战于千秋亭。谁料谢琰的卫队将领张猛也是天师道信徒，早被孙恩策反，突然砍翻谢琰的坐骑，导致谢琰落马被杀，从征的两个儿子也同时遇害。

谢琰之死，震惊朝野。至此，淝水诸雄，仅余刘牢之矣。刘牢之再次南下勤王，刘裕也首次成为统兵将领，受命镇守海口要地句章（今浙江宁波市）。当年的宁波可不是今天的大都市、大港口，只是个城小兵少的渔港罢了。公元401年二月，孙恩以为城小可欺，率军来攻。刘裕一如既往地带头狂砍，力保孤城岿然不动。孙恩无奈转移，刘裕竟然带着千把人就敢跟踪追击，再次大败孙恩。

惹不起你，我还躲不起么？

孙恩干脆来了一招海上长征，乘船北上剑指京口！这一招大出众人意料，若让孙恩得逞，不但北府根基之地有难，附近的京都建康也危在旦夕。

你想躲？遇到我你就躲不过！

刘裕不屈不挠地领军猛追，硬是靠着脚板撵上了孙恩的舰队。两军再次会战于京口郊区的丹徒，刘裕再次以少胜多，胜利保卫了京口故乡。其后整整半年，刘裕大小十数战，从南撵到北，又从北追到南，如影随形般缠着孙恩猛打，最后把孙恩又打回了海岛老家。几个月后，屡战屡败、万念俱灰的孙恩投海自尽，声势浩大的天师道叛乱终于暂告平息。刘裕则成功上位，凭借赫赫战功出任建武将军、下邳太守，完成了人生的华丽跃升。