平定了内忧，班超养精蓄锐，等待着决战的时机。公元89年，东汉大将军窦宪率军北征，在稽落山(今蒙古国汗呼赫山)大破北匈奴单于，共斩杀首级一万三千颗，俘获牧民二十万，基本摧毁了北匈奴主力。在汉军主力北征的同时，班超不失时机地在西域发动了反攻，率汉军一千五百人，又征调于阗等军两万，与莎车、龟兹、温宿、姑墨、尉头联军五万展开决战。敌众我寡，班超使出奇计，假意声言要胆怯撤军，然后故意放跑龟兹俘虏回去报信。这一招“蒋干告密”，看来周瑜也是从班超这儿学来的。接到密报的龟兹王喜出望外，乖乖地按照班超的安排分兵狙击，班超趁机直捣敌军大营，阵斩五千余级，缴获无数。昔日霸权莎车国投降，彻底终结了迷梦；龟兹王也仓皇逃窜，从此再也不敢打班超的主意了。
公元89年，是汉军大反击的关键一年，也是班氏两兄弟并驾齐驱的腾飞之年。哥哥班固担任北征军的中护军，追随窦宪追击北匈奴单于、登顶燕然山(今蒙古杭爱山)，还写下了千古流芳的《封燕然铭》；弟弟班固率军大破莎车、龟兹诸国，威震西域南北，重建了汉朝在西域南道的优势地位。班氏双雄，一时名扬朝野、威震中外，传为佳话。
此时的班超遥望东北，仿佛看见了哥哥纵马挥毫的身影，他的心中想必会冒出这样的想法吧：哥哥，我终于赶上你的步伐了！父亲从小以你为傲，如今他的在天之灵也会对我颔首微笑吧！
平定南道诸国后，班超意气风发，决定休养生息一段时间，再横跨塔里木盆地征服北道诸国。但天有不测风云，又有人横插一脚打乱了计划。这次敌人来头更大，是大月氏人建立的贵霜帝国。
自从西汉初年西迁中亚后，大月氏人已经奋斗了上百年，南下一路攻占了阿富汗、巴基斯坦大部和印度西北部。到了东汉初年，大月氏贵族丘就却统一各部落，建立贵霜帝国。到了迦腻色伽一世的时代（公元78—102年）达到鼎盛，成为与东汉、罗马、安息并列的四大强国之一：他向西击败安息帝国，占领伊朗的锡斯坦省；向南侵入印度，控制了富庶的印度河平原；向北跨过阿姆河，降服了河中地区诸国。迦腻色伽一世因而傲慢地自称“众王之王”。
在东方事务上，迦腻色伽一世也野心勃勃，妄图跨越帕米尔高原、染指西域南道。两年前疏勒王叛乱的时候，迦腻色伽一世曾说服康居撤兵，帮了班超一个大忙。公元87年，他遣使向班超索要报酬来了，而且一来就狮子大张口：我要娶汉朝公主！
要说和亲之事并不稀奇，乌孙就娶过汉朝公主嘛。但具体问题要具体分析，汉朝和乌孙和亲，是大国控制小国的政治手段；而贵霜已经是一大强国，如果再与汉朝联姻，其在西域的影响力必然大大提升，必然东进新疆，让班超面临“前门驱狼，后门进虎”的窘境。因此，班超断然拒绝了迦腻色伽一世的和亲要求。
阴谋失败，那就强夺。迦腻色伽一世不愧是贵霜历史上最强大的君王，眼光极其老辣，他打起了“鹬蚌相争，渔翁得利”的如意算盘，耐心地等到公元89年汉军和五国联军大决战后，认为班超和反汉势力两败俱伤了，才于公元90年夏天派副王谢率领七万大军，东越帕米尔高原进攻疏勒国。
迦腻色伽一世看得很准，班超确实兵寡师疲，西域诸国都惶惶不安，甚至还有暗中遣派人质、向贵霜递投名状的。但班超以三十勇士征服西域大地，从来就不是依仗兵多将广，靠的就是以一敌百的勇气和四两拨千斤的智慧。面对来势汹汹的贵霜大军，班超一眼就看出了命门：“月氏数万大军，远行数千里而来，根本保障不了后勤军需。我们只要坚壁清野，敌军就会陷入绝境，数十日内必然投降！”
当然，正如孙子兵法所云“以正合，以奇胜”，勇气是智慧得以施展的基础，硬战是计谋得以实现的前提。“坚壁清野”要想奏效，必须先顶住贵霜大军的猛烈围攻。班超激励汉军向死而生之志，又晓谕诸国共渡时艰之义，在疏勒王城展开了艰苦卓绝的保卫战。激战数十日后，贵霜军难以越雷池一步，最后粮尽，于是派使者去找班超的老对头龟兹王求救。但班超早有预料，派数百伏兵斩杀了使者，把人头扔到贵霜帅营，又另谴奇兵控制了贵霜撤退的山口险路。副王谢终于绝望了：攻城不下，外援无踪，后退无门！他只好向班超谢罪，祈求放一条生路。
得饶人处且饶人，不播仇怨卖人情。班超是有大智慧的人，慷慨地放贵霜残军退出南疆， 从此贵霜向大汉按时朝贡，再不敢造次了。
贵霜帝国一低头降服，龟兹、焉耆、姑墨、温宿、危须、尉犁等反汉势力就失去了最后的靠山，只好向班超投降，天山南北两道终于再次统一到大汉的版图内。公元92年，朝廷正式任命班超为西域都护。
班超终于站到了荣誉的巅峰，成为西域百年第一人！就在此时，他接到了一个噩耗：大将军窦宪政争失败自杀，作为窦党中坚的班固也受牵连死于狱中！
男儿有泪不轻弹，只是未到伤心处。无论面临刀光剑影，还是处于必死绝境，班超都未曾软弱过。但听得哥哥的死讯，他不禁潸然泪下。回想起少年时为哥哥上书申冤的往事，班超深深叹息，只能于心中默念祈祷道：
哥哥，请在天国看着我；
你的未竟之志，我会完成的。
此后，班超担任西域都护长达十年，在内绥和诸国，对外沟通极西，还曾派甘英出使东罗马帝国，直到西海而还。他因功受封为定远侯，实现了预言中的命运奇迹。公元102年，七十高龄的班超终于退休，在满城的英雄赞歌中回到京都洛阳，随后去世，结束了传奇的一生。
班超离开后，西域形势一度紧张。正所谓虎父无犬子，班超的幼子班勇慷慨请缨，率三百人重返西域，重走父亲的冒险之路。他经营数年，北破匈奴呼延王，南平车师叛乱，重新稳固了西域都护的权威。西域都护的稳定统治一直延续到公元168年，百年羌战进入最后的高丨潮丨，东汉朝廷集全力与西羌叛军决战，对遥远西域的事务再也无心去管了。