令人哭笑不得的是，很快寇恂就因为一点小事被刘秀撤职查办。原来，河内郡有人向朝廷上书告状，寇恂把这人下狱拷问，触犯了法律。刘秀知道后很生气，下令将寇恂免职回家。寇恂正是求之不得，正好乐得轻闲。
但是，寇恂在被免职闲居了几个月后，悠闲日子没过上几天，又被刘秀拉了出来，重返政治舞台，改任为颖川太守，再次成为了一方大员。到任之后，他与破奸将军侯进击杀贾期，彻底平定了颍川全境。在建武二年二月的那次大封中，刘秀加封他为雍奴侯，食邑万户。他在任颍川太守期间，与在河内时一样，他为政有方，深得民心，深受颖川百姓的爱戴、信赖。
看到各地接踵沓至的捷报，刘秀心中大悦。虽然北线的朱浮、西线的邓禹依旧危急，情况没有丝毫改善。但是，随着南征、东征的巨大胜利，刘秀的日子好过的多了。
然而，随着军事上的节节胜利，汉军中存在的一些突出问题不断地暴露出来，终于酿成了大祸。军纪败坏，这个由来已久的痼疾，一直是令刘秀极为头疼的一个突出问题。他虽然三令五申，严禁各部骚扰百姓。还为此专门设立了刺奸大将军，专门督察风纪，可是却收效甚微。
其实，原因很简单：“上梁不正下梁歪”！大司马吴汉，身为朝廷的三公之首、全军最高将领，他的军纪却是汉军中最差的，存在的问题极为严重，军纪败坏程度令人发指。在吴汉本人的放纵甚至指使之下，他的部队各级将领，纵兵抢掠，奸淫烧杀，早已不是什么新闻了。吴汉的恶劣行为，给汉军其他各部树立了一个极坏的榜样。由于吴汉的带头违纪，汉军军纪败坏的情况日益严重。每攻克一地，就肆意抢掠老百姓的财产，奸淫烧杀，无恶不作。老百姓们怨声载道，苦不堪言。
对此，刘秀心中清楚的跟明镜一般。对于这个问题，刘秀虽然很担心，却是无可奈何。只是在形式上不断地进行语言告诫，却从来没有对诸将进行过任何惩处。这是因为，眼下是用人之际，他不得不倚仗这些人出力，只好睁一只眼闭一只眼。不过，在刘秀亲自亲征之时，吴汉等人还能稍微收敛一点，但是他们一旦独当一面，就开始胡作非为。
然而，首先出事的是刘秀的爱将―――执金吾贾复。贾复在拿下了郾城之后，入镇汝南郡的首府上蔡县附近休整，准备休息几日就班师北还。由于累获大捷，贾复也变得骄傲起来，有些目中无人。贾复所部的军纪，比吴汉强不了多少。他的一个部将作为班师的先头部队北上，在路过颖川郡境内之时，骄横跋扈，再次抢掠民财。在遭到反抗之后，他竟然在光天化日之下，无缘无故地杀人！
此事传开之后，黎民百姓纷纷叱骂：“什么大汉王师义旅，跟土匪强贼又有什么两样！呸！”百姓们义愤填膺，群情激愤，将此事告到了颖川太守寇恂的衙门里。百姓们跪下，向寇恂哭诉：“‘杀人偿命，欠债还钱’，自古以来，天经地义！请寇大人为我等小民作主！冤枉啊！”寇恂得报大怒，下令将犯法的将军收监拷问。
当时，国家尚在草创阶段，军队中人犯了法，往往互相包容，搪塞了事。寇恂却能够依法办事，维护老百姓的利益，值得尊敬。
于是，犯法者被逮捕下狱，严刑拷问。在狱中，此人在确凿的证据面前，最终低下了头，对犯罪事实供认不讳。寇恂下令：“该犯白日杀人，罪大恶极，按照国法，应明正典刑，斩首示众！”他手下的人一听，大惊失色：“君侯！使不得！万万使不得啊！”寇恂道：“却是为何？”属官道：“犯法的人是贾复将军的部下，应该交给他本人处置。”寇恂变色道：“国有国法，家有家规。犯法者，谁处置还不是一样？”属官道：“贾将军深得圣上的宠信，天下无人不知。如果为了此等小事而结怨于贾复将军，恐怕对君侯不利！还望君侯三思？”寇恂大怒：“老百姓连命都丢了，还是小事？就是贾复本人犯了法，照样要处置！” 最终，犯罪者的人头被高高悬挂在高竿之上，老百姓见了，无不拍手称快。
消息很快就传到了汝南上蔡，贾复的肺都要气炸了。他本来就脾气不好，性如烈火，人称“拼命三郎”。再加上他深得刘秀的厚爱，朝中没有人不怕他的。这次，寇恂竟敢“在太岁头上动土”，贾复怒不可遏：“寇恂！此仇不报，我跟你姓！”
几天之后，贾复率领大军北上，准备班师回洛阳。在途径颖川之时，他恨恨扬言说：“我贾君文与寇恂同朝为官，都是国家大将。如今却被他无故陷害、侮辱，情何以堪？大丈夫立于天地之间，岂可有仇不报？今日不见寇恂则已，如果让贾某遇见，我亲手宰了他！”
这话很快传到了寇恂的耳朵里，他沉默了。按照朝廷规定，大军班师回朝，地方官员是要见面慰劳的。他的外甥、偏将军谷崇忿忿不平，对舅舅壮胆：“舅父不必害怕，我谷崇也是将军。到了见面的时候，我带剑站在您身边做护卫。就是打起来，在我们的地盘上，怕什么？我就不信了，他贾君文敢动手！”
但是，在沉默片刻之后，寇恂还是决定躲开贾复，不与他相见。谷崇甚至带着有点鄙夷的神色，疑惑地说：“舅父！难道您害怕了吗？”
寇恂说：“这是哪里话！你老舅且怕过谁？！蔺相如与廉颇的故事，你忘了吗？当年，蔺相如不畏秦王而屈服于廉颇，是为了国家大局啊！区区一个赵国，尚有此等义士，我难道还不如蔺相如吗？怎么能够为了私人恩怨而坏了国家大事呢？”？
于是，寇恂命令下属各县盛陈食物、供应酒肴，准备迎接贾复大军入境。贾复部队一经入界，所部每个士兵得到了双份的供应饮食。士兵们大喜，纷纷开始吃喝。寇恂本人先到路上迎接，然后马上称病返回，找个地方躲了起来。贾复想整兵追赶寇恂，无奈将士们都喝的大醉，只好悻悻地过境而去。
（十）血沃中南
建武二年四月，东线汉军在虎牙大将军盖延、驸马都尉马武﹑骑都尉刘隆﹑护军都尉马成﹑偏将军王霸等人的率领之下，进击刘永，将他团团围困在睢阳。盖延率军日夜攻打，双方展开了艰苦的攻防战。不料。前更始政权的将领苏茂阙率军再次叛变，他杀害了淮阳太守潘蹇，占据广乐，并向刘永称臣。刘永派人任用苏茂当大司马，封淮阳王。至此，东线战场的局势发生了变化，陷入了异常复杂的局面。
五月，刘秀在命令吴汉、贾复南征，击溃了前更始政权的主力之后，洛阳南线的威胁大大缓解。但是，危险还依旧存在，警报还没有解除。洛阳周边的流民军依旧势力滔天，洛阳之西有弘农、柏华二部骚扰。此外，洛阳以北、以东的河内、河东、魏郡、清河诸地，还有五校、檀乡等部在活动。
这年的四月，随着大司马吴汉在南阳的节节胜利，前更始政权的邓王、王常前来主动归降。王常很受到刘玄的器重，在他迁都长安之后，加封王常为邓王，食八县，赐姓刘氏。并命他行南阳太守事（代理太守），全权负责南阳一切事务。此后，他与宛王刘赐一起南归宛城，确保老巢的安全。王常性情温厚，为官简朴，遵守法度，又精通兵法，抚民有方，在南阳深得民心。不过，在流民军势力的冲击之下，王常无力支撑局面。后来，他与刘赐商议，放弃了宛城，退守淯阳、新野等地。当吴汉率军入境之后，王常率部投降。
几天之后，王常带着妻子儿女来到洛阳觐见刘秀。他跪在地上，肉袒（赤裸上身）向刘秀请罪：“陛下龙飞九五，正位洛阳已经多日。小臣心怀观望，投效来迟，罪该万死！请陛下依法严惩！”
刘秀见了他，不但没有生气，反倒非常高兴。他命人将王常扶起，让他穿上衣服，温和地宽慰他：“王廷尉不比如此！你的良苦用心，朕如何不知？想当年，在宜秋城里朕与你第一次见面，你还记得吗？”王常道：“小臣当然记得！那次，陛下与大司徒刘公一起来找的小臣，还有李通！”刘秀慨然道：“当年，若不是王廷尉拔刀相助，朕与大哥那么点人马，如何对付得了甄阜、梁丘赐？”
王常听了，异常感动：“这都是过去的事了，陛下还记得！”刘秀看着王常，好像又想起了当年的峥嵘岁月，又想起了大哥刘縯，又想起了与王常联手在黄淳水击溃新莽官军的那场生死大战！他深沉地说：“王廷尉，朕每念及昔日艰难岁月，何日忘之！大司徒当年说的那番话，你还记得吗？” 王常道：“小臣记得，大司徒说过：‘如事成，岂敢独飨之哉！’”刘秀微笑着说：“这就对了！朕今日贵为天子，应该知恩图报，礼尚往来，岂敢违背昔日之言！”