粮食问题虽然勉强解决，但是眼前的问题却也同样棘手。虽然樊崇这头巨熊已经被刘秀关进笼子里，赤眉军主力已经覆灭。但是，“好虎架不住群狼”，凶猛如豺的“豺王”延岑，如今啸聚着一大帮恶狼鬣狗，冯异固然勇猛如虎，在这种情况之下，他能够对付得了吗？
“沧海横流，方显英雄本色。”“大树将军”不是邓禹，他自然有着过人之处。为了节约粮食，他一出华阴县，就以迅雷不及掩耳之势，火速西进。
华阴至长安有三百多里的路，而且沿途还有营堡民团把守。当延岑在得到冯异西进的消息之后，他认为，就是你冯异再厉害，也得花十天半月才能打过来吧？出乎意料的是，西征军一路上势如破竹，见神斩神，见鬼杀鬼。才几天的功夫，西征军就杀进了京兆尹辖区，屯扎在长安城南的上林苑中，兵临城下。
西征军进展之神速，是驻扎于蓝田的延岑无论如何也没有料到的。他得报之后，大吃一惊，急命鄠县守将任良东进，自己则亲率主力从蓝田出发北进，与长安守将张邯一起，三路夹击冯异。
延岑的算盘打的很精，他认为，西征军只有两万多，自己三路大军总数在十万以上，而且是分路合击，胜算极大。就算他冯异再猛，我五个打他一个，他受得了吗？
这天，冯异亲率西征军出战，与延岑军大战于长安南郊。在这场众寡悬殊的大战中，冯异再次显示出了“英雄本色”，不仅临阵斩杀一千余级，而且将延岑的三路人马全军击溃，还一举拿下了长安。西征军第一战就大获全胜，威震长安。周边那些闭门自守的村寨营堡的首领们听说后，纷纷派人来与冯异接洽，表示愿意投降。至此，关中三辅中部、东部地区，完全掌握在了冯异的手中。
关中地区连续三年遭到兵燹袭击，土地荒芜，农业生产遭到严重破坏，粮食极度短缺。老百姓没有粮食吃，“人相食”（即人吃人）已经不是什么新鲜事了。物价飞涨，粮食的价格高得出奇，一斤黄金只能买到五升豆子。由于大军初行，道路不通，后勤给养跟不上，冯异的军队也断了粮。为了活命，冯异只好就地取材，让士兵们上山到树林中摘取野果充饥。刘秀听说冯异的西征军出现粮食困难，下诏委派南阳人赵匡为右扶风太守，从洛阳星夜起程，带领军队把粮食、衣服等物资护送到关中前线。当时，西征军的生活极其艰苦，几乎坚持不下去了。当赵匡的粮车开进冯异的大营时，将士们都高呼万岁。
再说延岑。长安城下的这场惨败，让延岑吃尽了苦头。不仅如此，他还面临着冯异的苦苦追杀！在率领残部逃离长安之后，延岑一路南逃到蓝田。可是，冯异的追击功夫也不含糊，他延岑前脚刚逃到蓝田，西征军的追兵后脚就跟进来了。延岑倒也乖巧，知道自己不是冯异的对手，他打定了主意：“此处不留爷，自有留爷处，我惹不起你，我还躲不起吗？撤！”于是，延岑甩开两条长腿，再次发挥了“善于逃跑”的优势。连夜翻越南山（秦岭）向东南方向流窜。
这天，他带着残兵败将，进入了析县（今河南省西峡县）境内，准备攻城。冯异得报，急调复汉将军邓晔﹑辅汉将军于匡率部直奔析县，向其发动猛攻。这一仗，延岑再次大败，他的部将苏臣等八千余人向汉军投降。延岑见大势已去，不得不率领残部取道武关逃往南阳郡。
延岑在关中西部的防御体系，随着他的南逃析县而全线崩溃。除了吕鲔、张邯﹑蒋震三人逃到秦岭以南的陈仓一带，其他军队全部被冯异剿灭。吕鲔、张邯﹑蒋震无奈，只好派出使者，向“巴蜀之王”的公孙述请降。
至此，关中三辅终于被刘秀集团基本控制在了手中。“大树将军”―――冯异，只花了不到两个月的时间，就基本上完成了他的前任邓禹整整花了两年时间都无法完成的任务。从这点来看，冯异的能力的确是超强的。
京都都尉张宗在第二次西征的战役中，依然表现出色。在冯异的指挥下，屡次击破关中各地的营寨、城堡。看到关中已经大致平定，刘秀将其调回洛阳，任命他为河南都尉。调走张宗，一方面是为了表彰张宗的战功，也是对其晋升嘉奖。
另外，由于延岑南窜，中原地区形势危急，刘秀又将复汉将军邓晔﹑辅汉将军于匡调往南线作战。至此，继续西征剿匪、治理关中三辅的重任就完全落在了冯异一人的肩上。
自从后勤补给线路畅通之后，冯异就没有了后顾之忧。前来投降归顺的人逐渐多了起来。冯异开始执行政治攻势，瓦解收服各路新降官吏、将军。对于严格遵照朝廷法令办事的，一律厚加赏赐。对于恶习不改、为非作歹的人，按律严惩。该杀的就杀头，该降职的就降职。冯异把大量新投降的流民士兵遣散回家，让其回家从事本来的行业。从此之后，关中逐渐安定下来。冯异在关中的威信大大提高，人人畏服。附近的土匪看到无法在关中立足，纷纷逃散。
截止建武三年夏，虽然长安三辅已经平定，然而西征战争却远远没有结束。天水还在隗嚣的手中，河西还在窦融的手中，西征的任务还是非常艰巨。对于冯异来说，这仅仅是个开始，更大的硬仗还在后头。
建武四年，公孙述派大将程焉率数万人北上秦岭，与吕鲔等人会合，联军守陈仓，觊觎关中。冯异得报，与右扶风太守赵匡一起，率军迎击。大败程焉部，程焉率领残部南逃往汉川。冯异率军在箕谷追上了程焉，再次将其击溃。程焉无奈，只得带着残余人马逃回汉川去了。此后，冯异掉转兵锋，直取陈仓，攻击吕鲔，将其驱逐出境。此后，周边各地的村寨营堡都来归降。冯异拔掉了陈仓这颗钉子之后，在关中的根基逐渐稳固。稍后，公孙述又派军入境骚扰，都被冯异击退。
冯异在关中，严格按照朝廷的指示办事。审理积案，昭雪冤屈。抚恤孤苦，抚慰百姓。收葬遗骸，修缮城郭。严惩犯罪，强化治安。因此，冯异在长安一带，牢记刘秀临行前的教诲，严格地贯彻既定政策，深得民心。
从建武三年到建武六年，仅仅三年的时间里，关中一带逐渐出现复苏的迹象，就连长安南郊的上林苑一带，在很短的时间里，出现了一个又一个的小城镇。建武三年春天，在冯异夺取关中之初，关中一直是刘秀的一个沉重的经济包袱。为了养活西征军以及当地的百姓，刘秀必须派人千里迢迢地向西给冯异输送粮食。但是，从此之后，在冯异的精心治理之下，仅仅一年时间之后，关中地区的农业生产就得到了初步恢复。到了建武四年以后，冯异就不需要刘秀给他送粮食了。冯异不但不需要刘秀养活他，他反倒能够把关中三辅地区节余下的粮食，源源不断地输送到关东各地，有力地支援了全国其他战场。
四、逐鹿中原
（一）万川归海
建武元年六月，刘秀在鄗城登基之后，立即下诏求贤，一如既往地广泛招徕四方英才、吸引新鲜血液，使之为新生的政权服务。此后，刘秀在用人方面，越来越注重对文治之才的选拔。拔擢人才的范围，不仅局限于军事方面，对于文职人才的选拔，刘秀同样给予了高度的重视。尤其是破格拔擢南阳人卓茂的举措，尤其引人注目。
求贤诏书下达之后，有人立即向他举荐卓茂，说此人久负盛名，才能卓著，是个治国干才，建议刘秀对其提拔重用。对于卓茂，刘秀早就听说过，于是立即派人以高规格礼聘卓茂出来做官。当时，卓茂已经七十多岁了。对于刘秀的礼请，卓茂欣然应征，立即前往河阳谒见刘秀。刘秀看到卓茂前来，非常高兴，当即下诏封卓茂为太傅，加封曪德侯，食邑二千户，赐几杖车马，衣一袭，棉絮五百斤。
在战火纷飞、兵荒马乱的年月，对于卓茂这样一个行将就木的七十老翁，刘秀给予如此高的礼遇，的确是有些引人注目、异乎寻常。在这一系列不寻常的举措当中，蕴藏着刘秀高度的政治智慧，也显示了他“并吞天下、总齐八荒”的决心。
刘秀之所以重视文职人才的拔擢，主要是来源于如下逻辑思路：
第一，一个新生的政权，如何才能够收取民心呢？
答：要让民众感受到它的仁政，感念它的恩惠、仁德。
第二，如何才能使得民众感受到它的仁政呢？
答：必须建立一个强大、高效的政府，向民众布恩施惠。
第三，如何才能建立这样一个政府呢？
答：必须选拔一批精通民政事务、廉洁奉公的人才，为从中央到地方建立各级官府机构做好准备工作。
第四，如何才能够吸引到人才呢？
答：必须取信于民，让天下人都知道自己求贤若渴的诚意。
第五，如何才能让天下人知道自己的诚意呢？
答：树立一个又一个不拘一格拔擢人才的榜样。
第六，谁是榜样呢？
答：卓茂。