邓禹又说：“这些盗贼们蜂聚蚁集，必然没有长远的打算。他们抢掠的粮食、金钱虽然很多，终究有消耗完的时候。再加上情况复杂，变化万端，他们怎么能够守住长安呢？上郡﹑北地﹑安定三郡，土广人稀，饶谷多畜，我们应该北上，到那里去修整士兵，以观其弊，才可以考虑攻击长安。”
邓禹的这段分析，貌似深刻、全面，其实大错特错。兵法上说：“知己知彼，百战不殆。”邓禹只看到了自己的困难，却没有想到敌人也存在同样的问题。
他只考虑到赤眉的粮食有消耗尽的时候，却没有想到，自己手下的接近百万大军难道就不消耗粮食？坐拥如此庞大的军队，却不敢和敌人作战，每天消耗的粮食之多，实在是不可估量。再者，上郡﹑北地﹑安定三郡，能有多少粮食可供筹集？在此前，赤眉军以及到这些地方抢劫过多次了。老百姓的粮食都被匪徒们抢光，财产被洗劫一空，都要快饿死了，哪里还有什么粮食提供给邓禹的军队吃？邓禹到了这些地方，再去征集粮食，跟土匪抢劫又有什么区别？赤眉军的人数虽然多，战斗力却并不强。在河北，刘秀曾经以几万人出击，把四十多万土匪流民军杀的大败，并且全部消灭。可见，关中的赤眉军没有多强的战斗力，并不可怕。
此时，邓禹手下有接近百万人马，不但在人数上与赤眉军旗鼓相当，而且深得民心。如果邓禹挥师西进，以正义之师讨伐残暴之旅，打败樊崇的百万流民匪军，可以说是易如反掌，犹如摧枯拉朽、秋风扫落叶一样容易。但是，诸将的正确建议被邓禹这个庸将无理地拒绝，平定关中的大好时机就这样给错过了。
邓禹自从更始二年（西元二十四年）十二月奉命出师，到此时已经是十一个月了。在西征之初，平定河东郡时，虽然耽误了几个月，战役的结果刘秀还是比较满意的。等邓禹渡过黄河之后，攻占左冯翊，关中父老夹道欢迎，邓禹的军队发展到接近百万之时，刘秀确实也有些吃惊了。曾经多次下诏褒美。由于关西还有这样一支大军在外，刘秀的底气十足，对邓禹十分放心。因此，刘秀一心一意地征讨河北土匪，全力以赴地在中原作战，对西线很少考虑。对于刘秀这样一个曾经带领着一万多人马就踏平王莽四十三万大军的统帅来说，有了一百万军队，拿下任何对手都不成问题。此时的刘秀，一直在等待着邓禹攻破长安，生擒刘玄，扫平赤眉的捷报。
然而，从建武元年（西元二十五年）六月以后，关中地区的形势却急转直下。这年七八月之间，先是长安城中刘玄政权爆发内战。
此后，又传来了邓禹不但不西进长安，反倒引兵北征上郡﹑北地、安定三郡的消息。这个消息让刘秀也大吃一惊，他实在无法理解邓禹为什么要这么做。
起初，刘秀以为前线的情况比较复杂，邓禹或许有难言之隐。于是，他急忙专程派人西去，实地询问西线军情。
等到邓禹的奏报一上，刘秀立即明白了真实原因。此后，屡次派人催促邓禹。严令其立即放弃北进计划，火速南下收取长安。可是，邓禹竟然公然抗旨，迟迟按兵不动，对于刘秀的多次催促，依旧是固执己见、一意孤行。因此，赤眉军在长安城里为非作歹，肆意横行，老百姓深受其害。
由于邓禹畏惧樊崇的百万大军，迟迟不动，进展缓慢。始终不敢攻击长安，一直在渭河以北的地区逡巡徘徊。
此后，固执的邓禹率领西征军继续北上，进至栒邑（今陕西省旬邑县）。西征军进了栒邑，总算是找到了一个安身之处。
此时，赤眉大军的铁蹄已经踏破长安，又分兵北上抢掠。邓禹对于日益逼近的赤眉军非常恐惧。他认为，栒邑根本无法固守，必须撤离。他准备率军北上，寻找城高池深、粮草充足的坚城以立足。计议已定，剩下的就是谁来负责断后，掩护全军北上的问题。由于对赤眉军屡战屡败，众将对其心怀畏惧，一时之间，无人敢主动请缨率部为全军断后。邓禹没办法，只好把全军诸将的姓名写在竹笥之上，又用竹片写以前后次序。然后将其揉乱，放入笥中。
随后，邓禹将诸将叫来开会，说明规则，让大家以抽签的形式决定撤退的先后顺序。诸将纷纷前去抓阄，只有张宗不肯参加，坚持不肯到笥中抓阄。他对邓禹慨然说：“死生有命，张宗岂辞难就逸乎！”邓禹面露惊讶之色，也许是感动，也许是无奈，他叹息着对张宗说：“将军的满门家眷以及老弱亲属，都在营中随行。将军纵然不考虑自己的安危，为什么不替家人想想呢？”
张宗奋然而起，昂然说：“我听说一卒奋力，百夫不挡。万夫拼死，可以横行天下。我张宗今日拥兵数千，身负朝廷正义之威，谁敢说我军一定会脆败呢！”说到激愤处，张宗说：“张宗不愿入笥中探札，自请为大军断后！”邓禹为其勇气所感动，于是命他率部为全军断后。张宗领命之后，立即回营，厉兵秣马，修缮堡垒，准备与赤眉军决一死战。在张宗所部加紧备战的过程中，西征军其他诸营立即撤退，从营边经过。张宗对此连看都不看，亲自到所部各处巡视，出言勉励部下的将士，激励他们为国家尽忠效死力。邓禹率领主力北上，走到前面一个县。他一路上边走边想，越想越不是滋味。他把诸将又召集起来议事，邓禹说：“就凭张将军那点人马，去狙击赤眉军的百万之师，真好比是以小雪投入沸水之中，纵然是再努力死战，最终恐怕是要全军覆没，一个都活不了。”于是，邓禹派出骑兵、步兵两千人回来接应张宗。援兵到了张宗营中，告知其大军安全北撤。于是，张宗就准备率军出营撤走。不料，此刻赤眉军的追兵杀到了营前。张宗率军死战，将其击退。然后迅速率军北上，遂与主力大队回合。张宗凭借惊人的胆略和必死的决心，置之死地而后生，以极微小的代价，换取了主力的安全转移。此时之后，全军诸将无不钦佩张宗之勇，引以为神。
经过这一仗，邓禹稍稍改变了决定，他重新做了一个部属。他下令分兵，派遣各路将军分别攻击上郡诸县，又引军穿越山谷，进入北地郡大要县，命令积弩将军冯愔、车骑将军宗歆共同镇守栒邑。
不过，邓禹还是顽强地继续贯彻他的战略：不到万不得已，绝不与赤眉决战！绝不！
在北上的路上，邓禹没有遇到樊崇的主力部队，只遇到了一些四处抢掠的小股流民土匪。邓禹击败了这些散股土匪，并且打破了赤眉军的一些营地，附近的郡邑都开门归附。
关中赤眉匪患愈演愈烈，生灵涂炭，远在洛阳的刘秀是忧急如焚，心如刀搅，但是却毫无办法。
十月，面对西线战场日益严峻的局面，他再也忍不住了。再次派使者到邓禹军中，下诏痛责邓禹。他在诏书中说：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏人，遑遑无所依归。宜以时进讨，镇慰西京，系百姓之心。”
对于这道措辞严厉的诏书，邓禹好像是吃了秤砣，依然我行我素，坚持己见，他上奏刘秀说：“臣以为，目前还是谨慎为妥，应以寻求机会再进取。眼下时机未到，恕臣不能奉诏！”
“将在外，君令有所不受”，面对邓禹的抗旨违命，远在洛阳的刘秀对此也是鞭长莫及，毫无办法，只能任由着邓禹按照自己的意图去办。
邓禹把冯愔与宗歆放在一起镇守栒邑，本来是为了加强防御力量，为自己建立一个稳固的基地，伺机南下关中腹地，攻取长安。但是，结果却大大出乎邓禹的意料，适得其反。
很快，留守栒邑的两位将军搞出了大乱子，使得西征军的形势逐渐变得危急起来。
由于冯愔与宗歆一向不合，两只老虎放在一个笼子里，很快就发生了摩擦。
十二月，积弩将军冯愔设计杀害了车骑将军宗歆，割据栒邑城叛变，并且派兵反攻邓禹。邓禹对于冯愔的叛乱毫无办法，一筹莫展。冯愔率军西进，竟然势如破竹，杀进了安定郡，一路挺进七、八百里，直抵高平城下。隗嚣大惊，急忙遣军迎战。在隗嚣主力的攻击之下，陇西军大破冯愔于城下，并且缴获了他的全部辎重。冯愔只好狼狈东逃，返回栒邑。
隗嚣讨伐冯愔，完全是出于自卫，并没有其他想法。此时，而邓禹却趁势做起了“统战”工作。他得到消息之后，立即派出使者，持节到隗嚣军中，按照朝廷官制任命其为西州大将军，专制凉州、朔方军事。隗嚣犹豫了半天，最终还是接受了这个任命。
当时，刘秀也得到了冯愔反叛的消息。面对邓禹这个“扶不上树的死猫”，刘秀真是无话可说。当时，几个月前邓禹派来的护送西河太守宗育之子做人质的信使还留在洛阳，没有来得及返回。无奈之下，就召问邓禹派来的信使：“冯愔此人，平常和谁的关系最好？”信使说：“护军黄防。”刘秀怃然叹道：“日后生擒冯愔者，必黄防也！”刘秀的洞察力的确有过人之处，远在千里之外，他就准确地判断出冯愔与黄防迟早会相互攻击，迟早会发生内乱。