三个月之后，更始元年十二月，刘玄经不住刘赐、李松的劝说，晋升大司徒刘赐为丞相，李松为丞相司直，命令刘赐先行入关，修缮宗庙、宫室，专门负责迁都的准备工作。但是，到了次年的春天，刘赐、李松已经做好准备工作，万事具备，只欠东风，就等着刘玄一声令下，更始朝廷就要西迁了。
然而，朱鲔、陈牧、李轶等人对此不以为然，他们坚持认为：西迁长安，是自取灭亡之道。洛阳位于天下之中，四通八达，对于山东、河北、荆襄的控制力要比长安强的多。特别是对于日渐西进的赤眉军来说，只要以洛阳为首都，对其“剿”还是“抚”，都比较方便。而一旦西迁长安，则不利于对中原的控制。在朱鲔、陈牧、李轶等人的竭力反对之下，刘玄的思想再次动摇，犹豫逡巡起来。眼看着，迁都长安的计划就要泡汤。就在朱鲔等人暗自额手称庆之时，不料，风云突变，事情转瞬之间却发生了逆转。几天之后，一向优柔寡断的刘玄却发了威，他乾纲独断，他当众宣布：迁都长安！
刘玄之所以能够下定迁都长安的决心，主要是因为刘赐、李松二人继续努力的结果。他们知道自己的话打动不了刘玄，就派丞相府长史郑兴去向刘玄再次劝谏。
郑兴字少赣，是河南郡开封县人。郑兴少年的时候，学过《公羊春秋》。后来，他却改换门庭，转拜博士金子严为师，改学《左氏传》。郑兴对于《左氏传》的研究精深，在当时可谓是出类拔萃。甚至连他的同学们都纷纷改拜其为师，向他求教。从此，郑兴出了师，成了学术名流。随着时间的推移，郑兴于名气日隆，学术声望如日中天，逐渐成为名噪一时的大学者
王莽天凤年间，郑兴率领门下弟子与大国师刘歆一起在太学中讲授《左氏传》大义。对于郑兴的才华，刘歆非常欣赏。他令郑兴撰写《左氏传》条例﹑章句﹑传诂，并且负责校勘夏﹑殷﹑周三朝流传下来的历法―――《三统历》。
更始元年冬，刘玄委任丞相司直李松为行丞相事（即代理丞相职务），作为先行者进入长安，负责迁都事宜。更始二年二月，李松在长安准备停当，任命郑兴为长史，作为恭迎皇帝迁都的代表，回到洛阳劝刘玄西行。
当时，朱鲔等人都不愿意迁都长安，劝说刘玄应以洛阳为首都，位居天下之中，号令四方，谋求全国重新统一。此时，郑兴却在刘玄面前，摇动三寸不烂之舌，极力劝谏刘玄迁都长安
郑兴对刘玄说：“陛下！众所周知，您是从荆楚一带起家的。现如今，陛下虽然有了天子之名号，却没有实际上对天下各地进行过有效的统治。陛下甫一建号登基，崤山以西的豪杰争先恐后地起兵诛杀王莽，打开城门，来到郊外的道路上等着，准备迎接陛下入长安。关中父老这样做，究竟是为什么呢？这是因为天下人苦王莽之暴政已久矣！他们被压迫的实在无法忍受，转而思念大汉高祖皇帝的旧恩，才日夜盼望陛下西行入关啊！陛下攻取洛阳已经快半年了，迟迟不西向入关，臣只恐百姓与陛下离心，各地的盗贼重新起事。《春秋》中说：‘齐小白入齐’。为什么不称他为侯而只呼其名呢？就是因为他没有去参拜祖先宗庙的缘故啊！现如今，朝廷的大臣们纷纷建议，等到平定了赤眉军再入关，真是本末倒置啊！假如关中三辅发生叛乱，陛下只能派兵到函谷关一带防守。到了那个时候，陛下就是想安卧于洛阳，晚上还能够睡得着觉吗？”刘玄听了郑兴的话，下了决心：“朕意已决，西迁长安！”
刘玄听了郑兴的话，终于下定了决心。他当即下诏，决定迁都长安。同时，他任命郑兴为谏议大夫，派他负责函谷关以西及并﹑凉、益三州军政事务。
本来，司隶校尉刘秀已经于更始元年的九月到十月，遵照刘玄的旨意，带人把洛阳的宫室、官署衙门修缮一新，完全可以使用了。洛阳位处中原，便于控制四方， 是东周时期的首都。做帝都不仅有传统，而且也有可行性。就当时的条件来看，洛阳做首都，也是不错的选择。那么，刘玄究竟为什么要舍弃洛阳，而一定要迁都长安呢？除了郑兴的一番说辞之外，还有什么原因呢？
刘玄迁都，主要出于以下几点因素考虑：
一是为了保持政治上的感召力。长安二百多年来一直作为汉朝的首都。刘玄自诩是王室正统，当然要追随西汉诸帝，以长安为首都，借以保持正统优势，增强政治上的感召力。定都长安，可以发挥其政治上的影响力，号令天下群雄。
二是为了有险可守，借以躲避赤眉流民军的正面攻击。洛阳四周，全部是一马平川的平原，几乎没有任何险关要隘可守。当时的赤眉军总数有几百万之多，纵横天下，几乎无人能捋其锋。关中三辅，西有大散关，东有函谷关，北有崤关，南有武关。自古号称为“四塞之国”，故称关中。在秦汉之时，只要把守好这四关，真可谓是”一夫当关，万夫莫开“。背靠秦岭、东依黄河，若论防守，可以说是固若金汤。为了躲避赤眉军的侵袭，迁都长安是最好的选择。
三是因为当时关中富甲天下，经济发达程度是全国任何地方无法比拟的。西汉名士司马相如《上林赋》中说：“终始灞、浐，出入泾、渭、酆、镐、潦、潏，纡余委蛇，经营其内，荡荡乎八川分流，相背异态。” 灞、浐、泾、渭、沣、滈、涝、潏，八水绕长安。气候温暖湿润，八百里秦川，土地肥美，膏腴千里，经济发达，人烟稠密，城郭繁盛。对于当时的人来说，能够生活在长安三辅地区，简直跟住在天堂里一样。
应该说，刘玄走的是汉高祖刘邦的老路。刘邦当年也是先取洛阳，开始打算建都于此。后来，刘邦听从了张良的劝说而迁都关中。从表面上看，迁都长安，可攻可守，而且能够在政治上处于有利的地位，似乎是一个不错的选择。
然而，不幸的是，刘玄的这个决定是错误的。“失之毫厘，谬之千里”，刘玄迁都长安，犯下了一个巨大的战略性错误。迁都长安，使得更始政权在战略上处于被动地位。主要原因如下：
第一，以长安为首都，对于中原地区的控制力远不如洛阳。
在当时的形势之下，天下大乱，四海沸腾。王莽虽死，疮痍未平。当时的当务之急之必须加强对占领区的控制。
长安“四塞之地“的地形，有利于战略防守，而不利于战略进攻。尤其是对于河北、河东地区，以及山东、南阳等战略要地的控制力减弱，鞭长莫及，根本无法控制。
正是由于刘玄迁都长安，才给了王郎、刘秀等人在河北发展的机会。如果刘玄定都洛阳，王郎根本不可能在短短两个月之内就几乎完全占据河北全境。同样地，刘秀也绝不会得到现在这样任意驰骋、发展的机会。
如果刘玄定都洛阳，刘秀在河北的活动会受到严密的监视、限制。他在河北的一举一动都逃不过刘玄的耳目控制。比如，如果刘玄在洛阳，刘秀早就投奔他来了。另外，没有刘玄的批准，他刘秀根本无权征调“奔命兵”，也没有资格征调北边十郡的突骑剿匪。
正是由于刘玄的远在千里之外，鞭长莫及，刘秀才有机会打着“行大司马事、征虏将军”的旗号在河北为自己招兵买马，扩充实力。很显然，刘秀能够在不到两年的时间里就成了事，与刘玄的控制不力有着极大的关系。
按照当时的情况来看，如果刘秀非要在河北自立为王，如果刘玄在洛阳，只需一道诏书，刘秀马上就得乖乖投降。按照儒家大义，刘玄是君，刘秀是臣。不管刘玄是怎么登基的，只要他成了皇帝，这就叫做“名分已定”，对于刘玄的诏书，刘秀是不能违抗的，收拾他是很容易的事。可是，刘玄在长安，等到他接到刘秀有异谋的奏报，刘秀的发展壮大已经既成事实了，来不及及时制止了。无奈之下，只能是利用加封“萧王”这样的虚衔笼络。
退一万步讲，只要刘玄在洛阳，就算刘秀有野心，一心想要与他作对，刘秀还得掂量掂量。
以洛阳为首都，对于以宛城为中心的南阳地区的控制力大大增强，不仅进可攻，退可守，而且可以将所有将领的家属完全掌控在自己手中。谁要是敢不听招呼：先宰了他全家再说！如此一来，谁敢不听他刘玄的话？
要知道，刘秀的家眷老小全部在南阳！刘玄只要还在洛阳，刘秀要是胆敢“犯上作乱”，他就要付出血的代价。
刘玄一旦去了长安，情状大步不一样。从长安到洛阳，只有弘农郡的一条官道可通。一旦这条交通要道被掐断，刘玄所在的关中地区就彻底与洛阳方面失去了联系。如此一来，刘玄不要说对关东各地想达到“如臂使指”的效果，简直和瘫痪了差不多。
第二，迁都长安，粮食供应问题无法解决。从而将战略上的主动权拱手让出，使得更始政权在战略上陷入了极大的被动。
洛阳与河北、河东等地，只有一河之隔。这些地方盛产粮食，如果牢牢地控制住这些地方，就抓住了问题的根本，可以立于战略上的不败之地。