在鄗城，刘秀派人把孟津将军冯异与天井关守将、关内侯王梁从河阳县的河内郡召来，了解四方的动静。二人闻命，立即北驰。拜见了刘秀之后，也是发表了自己对时局的看法。冯异说：“以末将看来，刘圣公必败无疑，宗庙社稷当然应该由大王您来继！末将以为，大王应该遵从众人的意见，早正大位！天予不取，反受其殃。请大王早做决断。”
听了冯异的话，刘秀下了决心：大丈夫做事，应当当机立断。顾不得许多了！登基！
于是，计议遂定。然而，登基称帝是大事，必须搞的隆重庄严，不能让人看作是儿戏。具体程序怎么搞呢？对此，刘秀也不太懂，于是就命冯异在暗中搜集历史资料，秘密操作此事。
此时，恰好有个叫做强华的儒生从长安赶来，向他及时地献上了一个谶符。这个强华，是刘秀当年在长安求学时的同班同宿舍同学。此次，他为刘秀献了一个名叫《赤伏符》的谶符。谶符上说：“刘秀发兵捕不道，卯金修德为天子。四夷云集龙斗野，四七之际火为主。”
这个谶符是什么意思呢？所谓的“卯金”，就是“劉”字。四七二十八,也就是说，自汉高祖刘邦与项羽约定共分天下（西元前二零三年），一直到刘秀平定河北（西元二十五年）,合二百二十八年,这就是四七之际的含义。也有人说，这是说刘秀是二十八岁起兵,所以说是“四七之际”。还有人说，这是说刘秀麾下的云台二十八将,正好应了四七之数。
在冯异的暗中操作之下，一切都已经准备就绪。就连祭祀天地、神祗的祝祭之文也命人写好了。
祝文中说：“皇天上帝，后土神只，眷顾降命，属秀黎元，为人父母，秀不敢当。众下百辟，不谋同辞，咸曰：‘王莽篡位，秀发愤兴兵，破王寻、王邑于昆阳，诛王郎、铜马于河北，平定天下，海内蒙恩。上当天地之心，下为元元所归。’谶记曰：‘刘秀发兵捕不道，卯金修德为天子。”
要登基做皇帝，是一件大事。必要的谦虚、辞让还是应该有的，面对诸将的盛情劝进，刘秀依旧假意推辞说：“本王德薄，不堪此位！”诸将再次下佥劝进：“古云：‘皇天大命，不可稽留，’敢不敬承。”
此时，冯异、耿纯、吴汉等人异口同声，再次提出请刘秀称帝的要求。这次，刘秀不再推辞，终于答应了大家的要求。于是，冯异命人连夜兴造祭坛，准备必要的器具。
更始三年六月二十二日，在司仪冯异的主持之下，刘秀带领诸将祝祭天地神祗，当众宣读了祝文。在祭告了天地之后，刘秀即皇帝位于鄗城南郊。他当众宣布：改元为建武元年，大赦天下。同时，刘秀下诏将鄗城改名为高邑，作为自己的龙兴之地。
即位之后，刘秀正式颁诏任命封赏诸将：
大将军、建策侯吴汉为大司马，更封舞阳侯；
前将军邓禹为大司徒，加封酇侯，食邑万户；
偏将军、野王县令王粱为大司空，加封武强侯；
改任左大将军、武成侯任光为信都太守，改封阿陵侯，食邑万户，归郡守城。
改任武义侯、后大将军邳彤为和戎太守，改封灵寿侯，归郡守城。
偏将军景丹为骠骑大将军；
虎牙大将军铫期加封安成侯，食邑五千户；
都护将军贾复为执金吾，加封冠军侯；
前将军、耿乡侯耿纯改封为高阳侯；
偏将军、建功侯盖延为虎牙大将军；
大将军耿弇为建威大将军；
偏将军朱祐为建义大将军；
中坚将军杜茂为大将军，封乐乡侯；
振威将军马武为侍中、骑都尉，封山都侯；
偏将军坚镡为扬化将军，封隐强侯。
刺奸大将军岑彭为廷尉，领归德侯如故，行大将军事；
强弩将军陈俊为列侯；
偏将军臧宫为侍中、骑都尉；
军正、王乡侯王霸为偏将军；
偏将军傅俊为侍中；
偏将军冯异、寇恂等人依旧为孟津将军、河内太守，领旧职如故。
诏书下达完毕，刘秀立即派使者西行河东，前往西征军中册封邓禹。七月五日，使者抵达邓禹军中，当众宣诏任命邓禹为大司徒，并加封酂侯，食邑万户。这一年，邓禹当时只有二十四岁。
依照汉制，大司马、大司徒、大司空为三公，刘秀如此任命封赏，原因何在呢？
刘秀令大家推选大司空的人选的依据，主要是依据儒生强华所献的那个谶符《赤伏符》。谶符中记载：“王梁主卫作玄武”。经过调查，刘秀发现野王县令王梁符合谶记。于是，他下诏任命野王县令王梁为大司空。
大司徒一职，当然是非邓禹莫属。此时，由于邓禹在外领兵作战，大司徒一职实际上虚悬。于是，刘秀启用平原太守伏湛为大司徒府司直，行大司徒事（也就是代理大司徒）。由于天下大乱，刘秀经常要亲自出征。刘秀走后，行政事务则全部交给伏湛料理。伏湛素有清名，世有美誉。他本来是刘玄委派的平原太守。刘玄朝廷腐败不堪，群雄割据，战乱不断，由于有伏湛在平原郡，平原郡各地老百姓才免于兵燹洗劫。因此，伏湛在民间的声望很高。后来，刘秀平定河北，伏湛率领平原军民归顺了刘秀。伏湛是个能臣，把内务整饬的井井有条，一如在平原郡做太守之时。
大司徒、大司空的人选都确定了。然而，对于大司马一职，却有着不同意见。大司马是最高军事长官，汉武帝以来，大司马一直是三公之首，位在大司徒、大司空之上。
按照谶符中的记载：平狄将军孙咸的名字符合谶记。于是，刘秀下诏：任命孙咸为行大司马事。本来，刘秀明明知道孙咸的才器不堪此位，但是为了符合谶符，只好先这么“过渡”一下，以后再调整。
可是，他的这一任命马上在诸将中引起了争议。吴汉等大将们认为：孙咸战功微薄，诸将对此都很不满。孙咸做大司马，怎么能够服众呢？刘秀知道了大家的意思，于是下令诸将推荐大司马的人选。
诸将有的推举景丹，有的推举吴汉。最终，刘秀经过反复权衡，选择让吴汉做了大司马。对于这一任命，同为北州大将、时任偏将军的景丹当时对此颇有微词。刘秀知其意，亲自出面安慰景丹：“景将军是北州大将，确实是个人才。但是吴将军有建大策之勋，又带兵杀了苗曾﹑谢躬，功劳很大。按照朝廷的旧制，骠骑大将军这个官制一般是由大司马兼任。现在朕把它们分开吧！”于是，刘秀下诏任命吴汉为大司马，而以景丹为骠骑大将军。不过，即便如此，景丹都觉得刘秀亏待了他。堂堂北州大将，竟然屈居在前安乐令吴汉之下，真是丢了身份，还是有些忿忿不平。
至于“执金吾”一职，位置极为尊崇，很多将军都想得到这一位置。“执金吾”本名中尉，是秦汉时期率领禁兵保卫京城和宫城的官员。它的全称是“军中候司隶校尉执金吾”，《后汉书》中说它的品秩“中二千石”， 汉官秩则说其是“比二千石”。然而，无论是相当于今天的首都卫戍司令，是最重要的军事官员之一。当年刘秀曾感叹“仕宦当作执金吾”，他还是封给了贾复。
值得注意的是，为刘秀登基耗尽心力、忙里忙外的冯异，什么也没有得到，还是继续做他的孟津将军，连个列侯都没混上。不过，他对此看上去一点也不在意。
不管怎么说，有矛盾也好，有意见也罢，总算是把各个重要位置的官员人选确定了下来。
三、喋血关中
（一）更始迁都
早在一年前的初春，也就是更始二年的二月，刘玄就已经把首都从洛阳迁到了长安。
在更始元年九月打下洛阳之后，关于以什么地方做首都，成了更始朝廷中大臣们之间争论不休的问题。
本来，刘玄对于将首都定在洛阳还是长安，一直犹豫不决。当时，刘玄手下的朝臣们分为两派，一派是以朱鲔、陈牧、李轶等人为首洛阳派，主张改以洛阳为京师。一派则是以刘赐、李松等人为首的长安派，主张还都长安。
最初，当然是朱鲔、李轶一派占据了上风。他们的主张很有力，洛阳虽是四战之地，无险可守。但是它位于交通要冲，天下通衢。进则可北控河北、山东、关中，一旦有变，也可退回南阳自保。而且这里的周边地区如河内、河东、河南等郡国都是天下粮仓，物产丰饶，向洛阳运输粮食、给养非常方便。
但是，这一理由只是表面的。由于大司马朱鲔、大司空陈牧等人都是山东（崤山以东）人，不愿意远离家乡，建议应以洛阳为都城。他们建议，要迁都也应该等平定了赤眉军之后再说。
与之相对立的是大司徒刘赐、大司徒府司直李松二人，他们极力建议迁都长安。长安的物产之丰不亚于中原，而且有险可守。刘赐、李松等人是从政治感召力的高度考虑问题：主要理由是：长安是大汉开国二百多年的旧都，如果不以此为都，何以号令天下？
更始帝刘玄本来就是一个优柔寡断的人，看到双方各执一词，互不相让，一时也没了主意。因此，到底是以洛阳为首都，还是西迁长安，一直没有定下来。