制霸天山之甘棠西行（382）
对于新疆在收复之后的管理问题，军机处早就命左宗棠规划运筹。
左宗棠给出了新疆仿照内地建省的药方，但是军机处仔细权衡后认为“郡县之制，以民为本。现由嘉峪关、乌鲁木齐至库尔喀喇乌苏迤西，商户、回户各存若干？由吐鲁番至南八城，缠头回共存若干？除旧有各厅、州、县外，其余各城改设行省，究竟合宜与否？倘置郡县，有无可治之民，不设行省，此外有无良策？”
1878年11月16日，左宗棠在《复陈新疆情形折》里对此做出了答疑。
在这份新疆历史上里程碑意义的奏折里左宗棠说：“新疆之变，起于北路。迪化失守，所属相继沦陷，户口伤亡最多，汉民被祸尤酷，以逆回仇视汉民故也。比大军进剿，连拔坚城，而昌吉、呼图壁、绥来回民又因畏剿逃奔南路，烟户顿减。克复以来，还定安集，招徕开垦，户口渐增。迪化州各属尤成效可睹，旧额民户共四千二百有奇，现报承垦者已三千六百余户。昌吉县民户旧共三千九百有奇，现报承垦者仅四百数十户。阜康县民户旧有三千九十余，现报承垦者仅二百一十余户。绥来县民户旧有三千七百余，现报承垦者八百五十余户。奇台县旧有民户四千三百六十有奇，现报承垦者五百七十余户。济木萨县丞所属旧有民户二千八百有奇，现报承垦者三百五十余户。呼图壁巡检所属旧有民户一千七百三十有奇，现报承垦者二百八十余户。库尔喀喇乌苏旧有民户仅八十有奇，现报承垦者尚数十户。精河旧有民户四十有奇，现报承垦者一百余户。镇西厅户口无考，旧种地六万亩，现报民垦三万六千余亩、兵垦四千余亩，土客渐增。此北路民户现存实数也。久罹兵燹，户口凋耗，无怪其然。镇迪一道所属，虽孑黎仅存，频年散给耕牛、种籽，酌发赈粮，广示招徕，自木垒河抵精河，除戈壁外，又均是腴区，土客民人及遣散勇丁领地耕垦，逐渐增加。署镇迪道周崇傅勤慎廉干，事必躬亲，渐有明效。需之时日，百堵皆兴。即以目前论之，亦非无可治之民也。吐鲁番旧隶镇迪道，荒地尚少，现委道员雷声远、署同知奎绂妥为抚辑，粮石租税已逾旧额之半。南八城，除英吉沙尔壤地褊小，乌什土性瘠薄，余均较吐鲁番为饶；而喀什噶尔、和阗、叶尔羌、阿克苏庶而兼富，物产丰盈，又较各城为盛。刘锦棠、张曜悉心经理，现委员开河引渠，清丈地亩，修筑城堡、塘站，铸钱征厘，百废肇兴，具有端绪，较之北路，尤易为功。是南北开设行省，天时、人事均有可乘之机。失今不图，未免可惜。此新疆之应改省者，一也。北路得之准部，南路得之回部，皆因俗施治，未能与内地一道同风，久已概为边地。伊犁设将军，又设参赞大臣一员；乌鲁木齐设都统；塔尔巴哈台、叶尔羌均设（办事）〔参赞〕大臣；〔喀什噶尔、阿克苏、库车、和阗、喀喇沙尔均设办事大臣〕伊犁等处设领队大臣五员；塔尔巴哈台、乌鲁木齐、库尔喀喇乌苏、古城子、巴里坤、吐鲁番、乌什、英吉沙尔，均设领队大臣；哈密设办事大臣一员，协办大臣一员；叶尔羌设兼管和阗事务协办大臣一员；乌什设帮办大臣一员；喀什噶尔设换防总兵一员。是边地、腹地，皆一律视之，无甚区别，与经野驭边之义不符。将军、都统与参赞、办事大臣，协办与领队大臣，职分等夷，或皆出自禁闼，或久握兵符，民隐未能周知，吏事素少历练，一旦持节临边，各不相下，稽察督责，有所难行，地周二万里，治兵之官多，治民之官少，而望政教旁敷、远民被泽，不亦难哉！北路粮员但管征收，而承催则责之头目。南路征收，均由回目阿奇木伯克等交官，官民隔绝，民之畏官，不如其畏所管头目。官之不肖者狎玩其民，辄以犬羊视之。凡有征索，头目人等辄以官意传取，倚势作威，民知怨官，不知怨所管头目也。内地征收常制，地丁合而为一，按亩出赋，故无无赋之地，亦无无地之赋。新疆则按丁索赋，富户丁少，赋役或轻，贫户丁多，则赋役反重，事理失平，莫甚于此。货币之制，子母不能相权；争讼之事，曲直不能径达。官与民语言不通，文字不晓，全恃通事居间传达，颠倒混淆，时所不免。此非官与民亲，渐通其情实，去其壅蔽，广置义塾，先教以汉文，俾其略识字义。征收所用券票，其户民数目，汉文居中，旁行兼注回字，令户民易晓。遇有舛误，即予随时更正，责成各厅州县，而道府察之，则纲目具而事易举，头目人等之权杀，官司之令行，民之情伪易知，政事之修废易见，长治久安之效，实基于此。此新疆之应改行省者，二也。”
左宗棠在这封奏折里表达的第一层意思是，现在天山南北两路人口和生产均在恢复中，而且人口数量已接近战前，现在又是原来的管理体系崩塌之后，正好可以重建新的体系，与内地郡县制接轨，这是天时、地利、人和都满足的极佳机会，稍纵即逝。
第二层意思，是从可行性的紧迫性方面展开说的。其中重点分析了此前的伯克制间接统治，造成了维族老百姓与清朝官府之间的对立。因为在南疆，凡事都是通过伯克和通事来传达和贯彻，清朝在新疆的最高统治者伊犁将军不管民政，地方上很多欺压百姓的事都是那些伯克干出来的，但是百姓的怨恨却都集中在清朝官员身上。与内地税收征管的地丁合一不同，在新疆征的是人头税。富户贵族因为人数少而赋役很轻，穷苦百姓则因为人数众多，每户纳税义务反而很重。
建省以后，实现直接统治，务必要广设义塾，普及维吾尔百姓的汉语教学，征收税赋的字据也得用汉文书写，旁边可以注维文。以后所有的政令下达、公告让维族百姓都知道，税赋上也采取内地相同的地丁合一政策，这样才是长治久安的基础。
最后一部分确实是真知灼见，精神阵地不抓到手，永远不能消弥动乱的源泉。左宗棠的想法是让那些回、维族小孩子从小就学三字经、百家姓来开蒙，而不是上来就念古兰经。可惜的是因为中原地区的局势变化，左氏的战略思想并没有得到持久的贯彻。
左宗棠前后两次上书，建议新疆设行省与内地一体管理，并且从必要性和可行性两方面进行了论证。最终打动了清中央政府，慈禧太后表示等待伊犁收复后再拿出具体的建省办法来。
左宗棠在伊犁收回后已奉诏回京，虽然新疆建省的总体规划是由左氏设计的，但是他本人与新疆之缘却基本上到此为止了。