可能存在的源头有两个：一是金文馆章京范文程向皇太极“进密策，纵反间”【8】，皇太极在广渠门败于袁崇焕后，退兵南海子，“获明太监二人，令副将高鸿中、参将鲍承先、宁完我、巴克什达海监守之。至是还兵，高鸿中、鲍承先遵上所授密计，坐近二太监，故作耳语云：‘今日撤兵，乃上计也。顷见上单骑向敌，敌有二人来见上，语良久乃去。意袁巡抚有密约，此事可立就矣。’时杨太监者，佯卧窃听，悉记其言。”【9】第二天，皇太极故意将杨太监放归。杨太监进宫后详细报告此事，崇祯皇帝中计而逮袁崇焕。
关于皇太极设间杀袁崇焕之事最终大白于天下的，大多都认为始自《明史•袁崇焕传》。但因为《明史》乃清朝官修，据此又有人说袁崇焕案“在崇祯朝本来是定案，但清乾隆时期却发生了变故。乾隆钦定的《明史》里突然多出了‘反间计’的记载，于是‘袁崇焕案’便又有了新的解读。”
然而，这种说法站得住脚吗？请看杨宝霖先生在《袁崇焕杂考》中的记载：
以我所知，说清人设间杀袁崇焕的第一人，是广东人屈大均（当然最早记载此事的，是修清《太宗实录》的清代史臣或作《范文程传》的张宸，但《太宗实录》或《范文程传》非一般人所能见，故不论列）。屈大均《再吊袁督师》诗说：
劳臣遭反间，蠢尔善愚人。马喋三韩血，旗扬九塞尘。丸泥难守险，集羽意摧轮。一自钃镂赐，无人更致身。（《翁山诗外》卷七《再吊袁督师》五首之一）
屈大均另有一首《吊袁督师》诗，汪宗衍先生大作《屈翁山年谱》中记载大均作于顺治十五年（公元1658）《东出榆关（略）吊袁督师废垒》之时，这组诗既称“再吊”，当作于《吊袁督师》后不久。比《明史》的成书早八十一年。
其次，是黄宗羲。黄宗羲在《大学士机山钱公神道碑铭》中详细记载范文程献反间计的详细情况。黄宗羲在这个神道碑铭里说：“辛未岁。余至新安，公（霖按：指墓主钱龙锡）之孙柏龄以碑铭见属，余不辞而为之。”辛未，即康熙三十年（公元1691年）。黄宗羲说出清人设间事，比《明史》成书早四十八年。【10】
可见，对于皇太极的“反间计”，屈大均之所知、黄宗羲之所记比《明史》成书或早八十一年、或早四十八年，而且“最早记载此事的”，还“是修清《太宗实录》的清代史臣或作《范文程传》的张宸”。仅以此说，便已知道所谓“乾隆钦定的《明史》里突然多出了‘反间计’的记载”显然是大有谬误的。
否认皇太极设间的说法并没有因此而消失：也有人言之凿凿地说“崇祯给袁大人定了许多罪，但就是没有‘通敌’‘谋叛’”，又有人说这个“反间计”纯粹是编造的、虚构的，还有人甚至提出了“后金又有什么必要搞那个‘蒋干盗书’式的反间计呢？”，以此否定皇太极设间的存在。
许多历史事件的客观存在，是不以人的意志为转移的——上述所谓明廷是否宣布袁崇焕“通敌”“谋叛”、清廷是否编造虚构“反间计”以及皇太极设间的必要与否，过去、现在、恐怕以至于将来的人们也可能继续见仁见智众说纷纭。只是因为这并不是本文要讨论的，所以在这方面就不再多费笔墨了。
但即使撇开这些有争议的话题，还要注意到的是：京城里越来越多而且是甚嚣尘上的传言，其来源也五花八门，不乏敌我双方及各色人等，这何尝又不是另外一种形式的设间呢——比如说“袁崇焕与皇太极已有‘密约’在先、故意引建州兵入犯”【11】；又比如说“投（逮）了袁崇焕，东人跑一半”【12】；再比如说袁军十七日晚抵左安门，因京师戒严而塘报无法送入，到了深夜才驰奏朝廷，报建虏薄城下，次日便有街谈巷议“争谓崇焕招敌”【13】，等等等等。它们所产生的影响非常之大，更可能是袁崇焕“通虏”的另一个源头。
有人曾经问笔者这样两个问题：崇祯皇帝为什么一定要在那样的一个非常时期逮捕袁崇焕？又是什么原因让他突然作出逮捕袁崇焕的决定呢？
这的确是两个很重要的问题，恐怕也是当时萦绕在崇祯皇帝脑海里挥之不去的问题。笔者以为：一，事发一定非常突然，而且一定有人直接向崇祯皇帝密告了袁崇焕有“通虏”或“谋叛”行为；二，崇祯皇帝在当时也已经认定袁崇焕“通虏”或“谋叛”，而且在开始也一定对此深信不疑（至于后来则另当别论了）——这也许就是对上述提问的最好的解释了。
为什么这么说呢？
分析一下崇祯皇帝逮捕袁崇焕的理由，也许就明白了。
崇祯皇帝逮捕袁崇焕的理由，就是他对袁崇焕劈头盖脸的两句问话：一是为何“杀毛文龙”？二是为何“今反逗留”？可这并不是他的真正理由。
先说其一：袁崇焕杀毛文龙已是半年前的事，离逮袁时已经有点远了，何况崇祯皇帝又有先后两道圣旨，不仅一再肯定袁崇焕的做法、而且特别强调了毛文龙的劣迹【14】【15】。这显然并不成其当时非逮袁不可的理由；即使他对袁崇焕先斩后奏心怀愤怨、极为不满，在安抚之后又想逮治其罪，那么，什么时候不行？却偏偏而且突然选在皇太极兵临城下这种非常时候？
再回顾逮袁当时的情况，辅臣成基命曾劝皇上：“敌在城下，非他时比。”但皇上并不听【16】。其他阁臣也随之力谏：“临敌易将，兵家所忌。”皇上却答：“势已至此，不得不然。”【17】对成基命和其他阁臣说的这些道理，崇祯皇帝何尝不知？但为何又“不听”呢？“势”之一字出口，便道出了他的隐忧：不马上逮袁，大难即将临头；逮袁，便化危为安——非常时候，行非常之法：于是，逮袁也就成为必然！
再说其二：至于“逗留”，其实质说起来就是不战，但却不是事实，更不能成其理由。就在袁崇焕率军十一月十七日晚抵左安门到十二月一日被逮，其间的十三天时间里，且不说前有十一月二十日的广渠门大战、后有二十八日的夜袭南海子，就在袁被逮的当日早晨，他还正在派副总兵张洪漠等前去追蹑敌军【18】呢。十三天里打了两场胜仗，而且迫使敌军一退再退，可当皇上的还要指责指挥打胜仗的带兵统帅逗留不战，这不是强辞夺理吗？
可以肯定，藏在这“非常时候”和“强辞夺理”背后的，一定有崇祯皇帝“不得不然”所表现出来的不得已的苦衷，也就是他问话“何也”的言外之意、以及回答阁臣们劝谏所说的“势”的弦外之音：还有什么比发现袁崇焕“通虏”“谋叛”更可怕的？又有什么比抓袁崇焕更急迫的？——他或者相信了杨姓太监的话，或者相信了越来越多的传言、而且有人又密告了让他产生危在旦夕之感的传言，或者二者同时都起了作用。总之，他相信、至少在下旨召见袁崇焕之前他已经相信袁崇焕“通虏”“谋叛”，而且就在“敌在城下”这种非常时候、他更相信果断决定抓这个“通虏”“谋叛”的叛臣一定是英明之举、上上之策！
可是，袁崇焕真的“通虏”？真的“谋叛”？又真的是叛臣吗？
崇祯皇帝当然也清楚：杨姓太监的一面之词和街谈巷议的传言，并不能作为袁崇焕通虏的证据。这也是他不能把它们公然摆在桌面上的苦衷，又是在抓袁之后、特别是在可能感知已经上当了的情况下，竟然不择手段地寻找袁崇焕“通虏”“谋叛”证据的原因。
有两件事足以作此佐证。
一件是关于袁崇焕“通虏”罪，此事写在时任兵科给事中钱家修的《白冤疏》中【19】：
江西道御史曹永祚捉获奸细刘文瑞等七人，面语口称焕附书与伊通敌，原抱奇、姚宗文即宣于朝，谓：“焕构通为祸，志在不小。”次日，皇上命诸大臣会鞠明白。臣待罪本科，得随班末，不谓就日辰刻，文瑞等七人走矣。
刘文瑞等七人原本辽东难民，辗转流落京师。于生计困顿之中，不想又飞来横祸，被堂堂御史诬栽为奸细：为袁崇焕送信“通敌”。此事兹大，已在朝堂掀起了一场轩然大波。看起来袁崇焕“通虏”已经是板上钉钉的事了，却不料已被移到锦衣卫的刘文瑞等七名奸细竟然在会审之前，从锦衣卫眼皮子底下一“走”了之！
钱家修在疏文中对此提出质疑，文字甚为尖锐犀利：
嗟嗟！锦衣何地？奸细何人？竟袖手而七人走耶？抑七人俱有翼而能上飞耶？总欲杀一崇焕，故不惜互为陷阱。即此一事，已见宗文力可偷天者也……
并为袁崇焕鸣冤道：
方天启年间，诸阳失卫，山海孤寒，当此时谁能生死忘心、身家不顾？独崇焕以八闽小吏，报效而东，履历风霜，备尝险阻，上无父母，下乏妻孥，夜静胡笳，征人落泪。崇焕独何心，亦堪此哉？毋亦君父之难有不得不然者耳。今奇等谓崇焕果有异心，则何不起于当年而在今日也？……
众所周知，明代之锦衣卫乃皇帝之心腹、之耳目，而且直接置于其严格的掌控之下，守备之严之密，自不必言。然而，非常奇怪的是，刘文瑞等七名对指证袁崇焕“通虏”至关重要的奸细，竟然从守备森严的锦衣卫“走”了；不仅如此，而且对锦衣卫这种严重失职的行为，崇祯皇帝也竟然无动于衷、不予治罪。这不能不引起人们例如钱家修对刘文瑞等这一“奸细”案本身以及定案者动机的怀疑，
面对钱家修义正辞严的质疑问难和有理有据的慷慨陈述，崇祯皇帝在无以应对之际，也只有敷衍其事：
览卿奏，具见忠爱，袁崇焕鞠问明白，即著前去边塞立功，另议擢用。
一出以构陷为目的且手段极其拙劣的丑剧落幕了，剧中几位角色的表演都很充分：曹永祚很想立功、崇祯皇帝很想拿到袁崇焕“通虏”的证据、而原抱奇与姚宗文则急欲落井下石，但他们又有共同的一点：做贼心虚——于是乎，在兵科给事中钱家修的笔下，这些人捕风捉影要给袁崇焕扣以“通虏”罪名的各种丑态便在世人面前暴露无遗了。
第二件事说“谋叛”罪，也牵涉到了锦衣卫。这件事载于孙承泽（崇祯四年进士、明末清初著名学者）所撰述《畿辅人物志》之《李若琏传》【20】：
李若琏，字成甫。上林苑番育署人，祖籍新城。……於崇祯元年中武进士，官锦衣卫……长安士民畏厂卫如虎，见公执公秉正，颂声载道。
一日，巡捕营获一木工，谓为督师崇焕奸细。奉旨打问。
君问原缉员役，曰：“袁督师现在辽东，即有异志，渠之提塘、承差俱在京，何必用一木匠为奸细？”众坚以为真。及讯，犯人随口直认云：“袁督师修盖衙门，戴方巾，穿白绫袍。知我常在京中，遂差打听京中有多少人马。欲起手反叛。”君再四诱问，始痛哭曰：“捕营苦刑，叫如此说，不然驳回，当时夹死。我是山西人，在京作木匠，何曾到辽东？”
君据实上报。上令锦衣卫刘侨再审，乃以为真，立付重辟。君失出降二级，回卫。君笑曰：“吾不以人命博一官也。”