在卢循犹豫不决的时候，刘裕已经争取到了足够的战略时间，各地援军不断到来，刘裕以最快的速度在建康城外建了三座小城，每城都驻有重兵。刘裕手下有支王牌骑兵，全由鲜卑人组成，鲜卑人体格强悍，最善长野战。刘裕命人在战马上图上虎纹，远远望去，都不分清这些鲜卑人骑的是马还是老虎。这支虎皮马军四出游弋，专门向远来的客人们展示他们美丽的图纹，卢循的弟兄们果然被震慑住了，“咸畏惮之”。
看够了虎皮马，卢循的弟兄们想会会刘裕，游来十余艘战舰，来攻石头。刘裕有办法对付他们，调来神箭手对着敌军战舰一阵狂射。卢循没得到好处，改变作战计划，派老弱军士乘舰台驶上白石，给刘裕他们准备在白石登陆的假象，卢循率精锐埋伏在了南岸。刘裕不知卢循底细，为了慎重，留参军沈林子和徐赤特固守南岸，严防死守，没他的命令不许出战，刘裕带着刘毅和诸葛长民等人去救白石。
卢循好不容易骗了一回刘裕，大喜，刘裕前脚刚走，卢循就带着弟兄们杀了出来，急攻查浦垒。徐赤特不按刘裕军令从事，贸然出击，沈林子屡劝不从，结果晋军被卢循好一顿揍，大败，徐赤特划着小舟，亡命过江。如果不是朱龄石冒死来救，沈林子就要成了卢循的下酒菜了。
当刘裕听说徐赤特违令出战大败后，卢循已经上岸了，带着喽罗们攻到了丹阳。丹阳是建康郡治所在，天子脚下，丹阳紧依建康城，如果卢循进入建康，那刘裕将大势已去。刘裕只好急返回石头城，下令将徐赤特斩首，以严肃军法。不过让刘裕安心的是，卢循虽然登了陆，来到地上发财，可卢循运气不好，沿着长江来回搜刮，也没摸到几两银子。
这时晋军差不多已经恢复了元气，徐道覆知道再打下去，没淮大家都要完蛋。只好劝卢循撤军：“我军连日奔袭，人困马乏，不能再打下去了，大丈夫能屈能伸，何必争雄于一时。不如先回撤到江州，据长江险胜之地，做长期打算。”卢循早就是这个意思，他从来就没想到和刘裕拼个鱼死网破，便撤军逆江西进。
刘裕哪能放过卢循，斩草不除根，终是大患。不过刘裕想的更为长远，一面派辅国将军王仲德等人率军狂追卢循，同时不顾众人的反对，派建威将军孙季高和振武将军沈田子走海道奔袭广州，绝了卢循的归路。刘裕知道一旦卢循再败，肯定要再次下海，对不起，我不会给你这样的机会。
刘裕随后亲自来会会卢循，两军相遇于雷池（今安徽龙感湖），中国有句著名的成语“不敢越雷池一步”，雷池就是今天的龙感湖。刘裕太了解卢循了，如果卢循战败，不能从广州下海，只会沿长江顺流东下入海，便早一步下手，让王仲德带着数百艘大舰屯于吉阳（今属安徽池州），防备卢循东下。
义熙六年（公元410年）的十二月，刘裕终于要对卢循下手了。卢循也不示弱，与徐道覆带着数万喽罗，乘舰进击晋军。刘裕知道这将是他和卢循彻底了帐的最佳机会，也掏出了自己的所有家底，以最精锐的水军迎战卢循。
晋军舰中设有万钧神弩，箭飞如雨，敌军死伤落水者众。刘裕乘大舰居于长江中流，挡住卢循的去路。卢循看样子根本就没打算和刘裕玩真的，想突出重围，顺江入海。刘裕似有天助，江上刮起了东风，晋军早就准备好了火攻，大风一起，晋军趁风势纵火，江上舰船纵横，烈焰烧天，喊杀声震耳欲聋，这个场面极震憾人心。
十四
卢循终于挺不住了，有幸没被大火烧死，逃回寻阳。卢循这几年练就了逃跑的好功夫，打仗不行，逃跑一流，率残部入鄱阳湖，准备逃向豫章，再经赣水回广州下海。想法不错，可刘裕不答应，率水师逆流直追。
晋军一直追到左里（今江西都昌县里镇），刘裕治兵极严，赏罚分明，所以晋军也多乐为刘裕效死。晋军声势极盛，进围卢循。卢循的人马虽然都是些亡命之徒，但形势已容不得他们强横，被晋军大败，死伤投水者万余人，卢循纵横江湖的本钱全都在此战赔了进去。卢循仓皇带着数千残兵逃向广州，他的姐夫徐道覆恨铁不成钢，不想赔卢循玩了，自前往始兴（今广东韶关）避难去了。
卢循逃到广州，准备收兵下海，可广州此时已经被孙季高拿下了，岭南大部都归了刘裕。卢循这个晦气，如果不夺回广州，后面追兵一到，卢循只能被人包了饺子。不过孙季高也不是白痴，卢循攻城不克，万般无奈之下，卢循只好西走合浦，去取交州。交州汉夷混杂，是晋朝统治的薄弱地带，在交州发展也不错。没想到在龙编（今越南河内）被交州刺史杜慧度迎头摆了一刀，部下死伤殆尽，卢循彻底没了活路。
卢循知道他该去见海龙王了，如果被杜慧度活捉，送入建康，依然难免一死。与其效慕容超受辱而死，不如自己做个了断，也还有些面子。卢循自己死就得了，死前还毒死了十几个老婆，又问他的小老婆们谁愿陪老公一起下海。
不知道卢循平时是怎么待这些小老婆们的，娘儿们没一个愿意为卢循殉葬：“麻雀老鼠都知道爱惜性命，何况我等，老公就不要为难我们了。”卢循在众人面前丢了面子，大怒，下令将这些不听话的娘儿们全都毒死。
晋义熙七年（公元411年）四月，江洋大盗卢循投水自杀。杜慧度捞住卢循的尸体，斩首传入建康，自此，扰乱晋朝数年的大祸终于被扑灭了。而卢循的姐夫，自诩“天下不足定也”的徐道覆也被晋军攻杀，转首入京。
被刘裕视为腹心大患的卢循死了，刘裕终于睡上几天安稳觉了，刘裕在京师的统治还算比较稳固，所以刘裕也敢放心的出京作战。晋安帝司马德宗不知道刘裕势力的坐大对他们司马家意味着什么，其实即使他如弟弟司马德文那样聪明，在司马家大势已去的形式下，什么也做不了，就象汉献帝刘协和唐昭宗李晔一样。
刘裕是建康城中的太上皇，虽然刘裕对司马家的依然恭敬如初，但这不过是做做官场文章，给别人看看而已。在卢循被杀之前，刘裕就已经进封太尉了，太尉在秦汉时的最高军事职务，魏晋以降，位列三公，此时太尉的实际职务已经被淡化，属有其人任则贵，无其人任则虚的那种。刘裕本就控制着东晋朝政，但名位不高，现在做了太尉，就可以名正言顺的控制军权。
刘裕灭掉卢循，吃到一块大肥肉，头一个吐酸水的便是刘毅。刘毅本来是有机会吃掉这块肥肉的，可惜肉中有骨头，刘毅一不留心，把牙给硌掉了，心中老大不服气。被卢循败后，刘毅灰头土脸的逃回建康，刘裕暂时还没对他下手，“深慰勉之”，因刘毅所请，表毅为江州都督，打发到鄱阳湖边看风景。
刘毅上任时，按惯例放了一把火，烧向了江州刺史庾悦。刘毅和庾悦有私仇，刘毅便想着法儿挤兑庾悦，不过到底刘毅是读过书的，玩起人来都文皱皱的。刘毅上表朝廷，请废掉江州的军府建制，话说的非常漂亮：“江州在腹心之内，凭接扬豫，籓屏所倚，实为重复。昔胡寇纵逸。朔马临江，抗御之宜，盖权尔耳。今江左区区，户不盈数十万，地不逾数千里，而统旅鳞次，未获减息，大而言之，足为国耻。况乃地在无虞，而犹置军府文武将佐，资费非要，岂所谓经国大情，扬汤去火者哉！”兜完圈子后，刘毅最后还是捅了庾悦一刀，说庾悦临州以来，纲纪不张，请罢免庾悦。
刘裕当然知道刘毅的真实意图，想挤掉庾悦，然后在江州积蓄力量，以图不轨。但刘裕还是同意了刘毅的请求，调庾悦还京，撤军府，改刺史治所于豫章，而庾悦留在江州的家底全都被刘毅接收了。
刘毅满心欢喜的准备在江州大干一场，他从来就没服过刘裕。刘毅在江州前后呆的差不多一年，从义熙七年的四月到义熙八年（公元412年）的四月。这时刘裕的弟弟荆州刺史刘道规因积劳成疾，上表朝廷请去职，刘裕改任弟弟为豫州刺史，并出人意料的让刘毅代刘道规去守荆州。刘道规抱病离开荆州，仅仅两个月后，“神谟独运”的刘道规病死建康，年仅四十三岁。