桓谦好歹也读过几本兵书，何曾见过桓玄这样用兵的，哭笑不得之余苦劝。桓玄回过一点味了，便调顿丘太守吴甫之等人出战晋军。吴甫之出师后，桓玄依然惊魂未定，他知道刘裕的本事，万一自己要是败了，人头可就没了。手下的马屁精见皇帝神色不宁，想给他吃颗定心丸：“刘裕不过是个卖草鞋的，手下无精兵，陛下怕他什么？”桓玄正窝着火没地方发，一通臭哭：“你们懂个屁！当今英雄，首推刘寄奴，他的本事我还不知道？何况他手下还有何无忌、刘毅这些亡命之徒，个个都是刺头，这伙强人聚在一起，岂是乌合可比？”（自相矛盾）
刘裕和吴甫之的会面地点在江乘（今江苏南京东北），这时是元兴三年的三月。没什么好说的，来就是干架的，本来刘裕是打算让建武参军朱龄石出马，可朱龄石却推托桓氏待朱家有恩，不忍相负为由拒绝了。刘裕倒没计较，那就自己会会吴甫之，听说吴某人也是桓玄身边数得着的猛将。
这支楚军是桓玄手下的精锐部队，战斗力非常强，刘裕也不怕他，操长刀大叫着冲入阵中。弟兄们见主将如此玩命，个个都红了眼，闯上前去恶战一场。吴甫之的武力实在不怎么样，没几招就被剁了。另外一支楚军主力皇甫敷哪里肯依，仗着人多，对攻上去。晋军稍有不利，檀凭之也战死沙场。形势立刻逆转，楚军将刘裕团团围在一棵大树下，刘裕背靠大树，横刀自卫，做最后一博，男人嘛，最不应该怕的就是一个死字，否则便对不住堂堂七尺之躯。
皇甫敷狞笑：“刘寄奴，你的末日到了。说吧，你想怎么死，爷今天成全你。”说完挺戟就刺，刘裕眼疾手快，躲了过去。来回几次，眼看刘裕身疲力竭就要坏事。算刘裕命大，来了一支援军，不知谁箭法好，一箭射中了皇甫敷的面部，倒在地上。刘裕自然不肯放过他，一刀砍死了皇甫敷。
败报传来，桓玄差点哭出来，怎么刘裕就这么难对付？为了保命，派桓谦和狗腿子卞范之带着二万精兵出屯蒋山西，他相信他的父亲大楚太祖宣武皇帝在地下会保佑他的。
七
刘裕用兵神出鬼没，人皆不测，果然不是吹出来的。刘裕虽然兵力少，但灵活机动，刘裕为求一胜，不惜背水一战，下令各部把剩下的粮食全都扔了，轻装摄至蒋山东坡。为了不让楚军看出自己的虚实，命令军中老弱士兵大张旗鼓，虚张声势以为疑兵，自己率主力埋伏起来。没想到此时桓玄又派武骑将军庾祎之来助桓谦，楚军兵势大盛。
刘裕不想再等，等到楚军到来后，站起来举刀为号，各部狂呼而出，刘裕凡战必身先士卒，这样才能让将士们为他卖命。晋军人数虽少，但战斗力强，而桓谦手下却多是刘牢之的北府兵，和晋军多是故旧，加上他们平时都很畏服刘裕，根本就不想为桓玄卖命，北府兵在桓玄手下永远都是杂牌部队，桓玄的嫡系是荆州兵。
楚军越打越没脾气，正好此时忽然刮起了东北风，晋军正处在东北位置，刘裕大喜，忙命人纵火，为自己张威。楚军彻底崩溃，乱作一团，非死即降，晋军大胜。
蒋山离建康不过数里，浓烟趁着风势，刮到了城中。加上败报再传，城中大乱，桓玄也彻底崩溃了，反正他的老家在荆州，大不了回去做个荆州牧，他想逃。平心而论，刘裕是千古少见的帅才，可他的对手桓玄却连个将才都不是，至少连点男人的气概都没有。桓玄带着几千个亲信，对外宣称是去蒋山和刘裕决战，可出城后逃到石头城，开船逆江西进，窜回荆州。
皇帝都跑了，还有哪个傻子愿意为桓玄卖命？刘裕很轻松的进入建康城。“楚朝百官”们果然都不要脸，桓玄逃了，拜倒在刘裕脚下便是，到哪不一样升官发财？刘裕做的第一件事就是烧了楚庙的神主，桓温一世枭雄，没想到死后也不得安生，桓元子地下有知，肯定会臭骂不成器的小儿子。随后刘裕重建晋庙，并遣人去江州迎还司马德宗，虽然司马德宗白痴，但毕竟是货真价实的晋朝天子，这块牌子可是价值连城。
刘裕年轻时的恩公王谧知道现在刘裕得了势，便使劲的舔刘裕的脚丫子，煽动百官给刘裕抬轿子，请刘裕做扬州刺史。刘裕不想过早的露头，也知道王谧是王导之孙，他的利用价值和司马德宗差不多，便顺水推舟让王谧做了扬州刺史，并录尚书事，也就是宰相。当然刘裕才是真正的建康城的统治者，他的身份是镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。其实都督八州诸军事最有实权，军权在心，还怕什么？
桓玄主政建康时期，建康城中一片乱象，桓玄虽然也曾下诏治理，可桓玄根本没有什么威望，没人搭理他，只是在他手下混饭吃罢了。刘裕虽然起事于京口，但建康才是真正具有战略意义的根据地，刘裕为了能在建康创业，就必须下力气进行整治。刘裕不仅是军事天才，在政治上刘裕也运用的相当纯熟，刘裕“以身范物，先以威禁内外，百官皆肃然奉职。二三日间，风俗顿改。”
朝三暮四的官老爷们这回总算领教了刘裕的厉害，加之刘裕军权自为，谁敢不听话？这帮人虽然多出身于世家大族，但在枪杆子面前，所谓的祖上荣耀什么也不是，人都是非常现实的。对于刘裕的治才，《宋书》作者沈约大加称赞：“高祖位微于朝，众无一旅，奋臂草莱之中，倡大义以复皇祚。由是王谧等诸人时众民望，莫不愧而惮焉。” 当然其中少了刘穆之的作用， 关于整治京城一事，《宋书.武帝纪》和《宋书.刘穆之传》同时有记载，至于谁起的作用更大，这并不重要，重要的是刘裕军事集团已经走上了一条正确的发展道路。
为了保持官僚队伍的纯洁性，刘裕开始清肃桓玄余党，身边留下几个定时丨炸丨弹总是不放心。最先倒霉的是荆州刺史王绥，王绥出身琅琊王氏，而且和桓氏有亲戚关系。过去王绥仗着自己身份贵重，瞧不起刘裕，没少给刘裕甩脸子。刘裕记下了这笔仇，同时刘裕还怀疑王绥的父亲尚书左仆射王愉不老实，干脆将王愉父子都给宰了。
有一个人物比较特殊，他就是王谧，王谧党附桓玄，极尽阿谀谄媚之能事。当初桓玄篡位时，王谧居然上前从傻皇帝司马德宗身上解下了玉玺，如此忘恩负义之举，深为众人所痛恨。刘裕大杀开戒后，许多人都劝刘裕杀掉王谧，以正纲纪。当初要不是王谧说情，刘裕可能当时就死在于刁逵的鞭下，现在王谧有难，刘裕必须要保，不然良心上过不去。至于刁逵，刘裕更没给好脸色，灭其族。得罪刘裕的，一个都别想活下来，这就是刘裕的性格！
刘裕初起事时，曾经宣称江州郭昶之奉帝东还，可这位郭大人却拜在了桓玄的门下。桓玄逃到江州后，郭昶之不仅没杀桓玄，反而出兵相助，也许郭昶之觉得桓玄至少可以荆州称雄，毕竟自己还要在江州混，不想得罪桓玄。
桓玄在江州略作停留，闻知刘毅、何无忌、刘道规等人率军来追，便带着白痴皇帝司马德宗回到了荆州，留下心腹何澹之、郭铨协助郭昶之守于湓口（今江西九江北郊）。桓玄其实是个有本事的人，当然指的是他嘴上功夫。明明是兵败逃跑，桓玄却敢在逃亡路上写所谓的《大楚皇帝起居注》，写自己如何征讨刘裕的英雄事迹，结果因为众将不听他的话，以致兵败，还把所谓的起居注到处宣扬，企图向外人证明失败并不是他的原因。桓玄起家于荆州，他所指的众将肯定少了荆州系人马，在刘裕后面的大队人马紧追不舍的情况下，他不是首先团结自己仅有的军事力量，而是推卸责任，自解军心，还真没见过这样打仗的。
因为正牌皇帝司马德宗被桓玄给抢走了，所以刘裕急于在司马宗室中寻找一个可以暂时替代皇帝的人物，不然刘裕的野心容易过早的暴露出来，有实权就是，至于谁坐在上面当泥菩萨，这都无所谓的。刘裕看上了武陵王司马遵，便把司马遵给抬了出来，假称有皇帝司马德宗的密诏，以司马遵为承制、侍中大将军，做起代理皇帝。万一刘裕夺不回来司马德宗，就可以就势把司马遵扶正，与桓玄操纵的司马德宗抗衡，反正都是司马家的子孙，往远了说，元皇帝司马睿本就不是司马家的正牌，谁当皇帝对百官百姓来说没有什么区别。