江西粗定，侯安都开始率军返回建康，而就在这时，六月十二日，陈武帝却突然得了重病，六月二十一日就病故了，终年五十七岁，共在位一年零十个月。陈武帝虽然在位时间极短，但后人对他的评价却很高，陈吏部尚书姚察认为，陈武帝“英略大度，应变无方，盖汉高、魏武之亚矣。”将他比作是稍逊于刘邦、曹操的人物；魏征认为他“志度宏远，怀抱豁如”，与孙权、刘备相比毫不逊色；虞世南认为陈武帝比不上刘裕，但要超过萧道成；归有光认为陈武帝是南朝诸帝中最贤明的。主要集中在几个方面：一是他气度恢弘，知人善任，有容人之量。赵翼在他的《二十二史札记》“陈武帝多用敌将”条中称：“陈武帝起自寒微，数年有天下，其将帅自侯安都、黄法氍、胡颖、徐度、杜稜、吴明彻诸人外，其余功臣皆出于仇敌中者。杜僧明、周文育则起兵围广州，为帝所擒者也；欧阳頠亦事萧勃，为周文育擒送于帝者也；侯瑱、周铁虎、程灵洗则王僧辨故将也；鲁悉达、孙玚、周炅、樊毅、樊猛，则王琳故将也。或临阵擒获，或力屈来降，帝皆释而用之，委以心膂，卒得其力以成偏安之业。其度量恢廓，知人善任，固自有过人者。如侯瑱据豫章，自以本事僧辨，不肯入朝，及部众叛散，或劝其投北齐，瑱以帝有大量，必能容人，乃诣阙归罪。鲁悉达据晋熙，王琳授以镇北将军，帝亦授以征西将军，悉达两受之而皆不就，帝使沈泰潜师袭之，亦不克，后为北齐师所破，乃来归，武帝谓曰：‘来何迟也？’对曰：‘陛下授臣以官，恩至厚矣；使沉泰来袭，威亦深矣，臣所以自归者，以陛下豁达大度，同符汉祖故也。’帝曰：‘卿言得之矣！’可见帝之度量，当时早有以见信于人，故能驱策群雄，藉以集事……”赵翼例举的不少人其实并非陈武帝任用的，比如，孙玚、樊毅、樊猛等人都是在陈武帝死后陈文帝时期投降的，他们的任用问题与陈武帝无涉，但其对陈武帝的总体评价尚属中肯。二是他勤政爱民。《资治通鉴》称，他为政宽和，不是军国不得不调派的，从不轻易向百姓们征发税赋。他性格简朴，一餐饭不过几个菜，餐具也都是瓦器之类的，佐餐的水果之类也只是摆在那里，做做样子而已；后宫宫女衣着也很简朴，没有金银首饰，后宫内也没有女子乐队。三是他崛起于寒人阶层，为南朝门阀政治敲响了丧钟。
陈武帝此时驾崩，对于刚刚建立的陈朝来说不啻晴天霹雳，这时因为，在陈武帝的经营下，虽然建康周边地区暂时安定下来，但是，在不远的浙江、江西、福建等地还有不少割据势力，他们随时都会反戈一击，郢州是虎视眈眈的王琳，长江北岸还有与王琳沆瀣一气的北齐，陈朝所面临的局势仍然十分险恶，更有甚者，陈武帝并没有一个儿子在他的身边！陈武帝一共有六个儿子，前五个儿子无考，大约都已经夭亡了，第六子陈昌在侯景之乱平定后，曾被梁元帝萧绎封为长城公世子，与侄儿陈顼一起被送到江陵当人质。江陵陷落后，陈顼与陈昌又被北周军队掳掠到了北方。陈武帝即位后，屡屡向北周派出使者请求放还陈昌，北周虽然口头答应，但一直没有将陈昌放还。国无嫡嗣，周边到处都是强敌，诸将又领兵在外，朝廷之上又没有重臣，唯有中领军杜稜率领宿卫兵驻扎在建康，新建立的陈朝随时都有土崩瓦解的危险！
在万分危急之下，陈武帝的皇后章要儿召来中书侍郎蔡景历、江大权以及杜稜，决定秘不发丧，火速征召陈武帝的侄儿陈蒨入朝。蔡景历亲自与宦官、女官偷偷制作丧事用具，当时正值夏天，天气炎热，必须要尽快把尸体放入棺材，可要制作棺材又担心斧砍刀削的声音传出宫外，只好先用蜂蜡将尸体浸泡起来。而以皇帝的名义下发的诏书，照常进行。
当时，临川王陈蒨正领兵驻扎在南皖（今安徽省怀宁县西长江口），侯安都率军返还，正经过南皖，遂与陈蒨一起东下。
六月二十九日，陈蒨与侯安都一起回到了建康。显然，陈蒨在从南皖出发时应该已经知道了陈武帝驾崩的消息，一路上，应该已与侯安都达成了共识。回到建康后，陈蒨就住在了中书省内，侯安都则与群臣商量，决定共同推戴陈蒨即位，但陈蒨却故作姿态，谦让不已。章要儿征召陈蒨当然是无奈之举，让陈蒨回京时并没有册立他当皇帝的意思，因为章要儿的儿子陈昌还在北周，可能不久就会回来，章要儿等人的原意大约是让陈蒨暂时主持国政，然而，此时的陈蒨已经与手握重兵的侯安都达成了交易，章要儿岂是他们的对手？
侯安都等人提出要拥立陈蒨为帝后，章要儿想到不日就将回到江南的儿子陈昌，迟迟不肯下令，见皇后这个态度，群臣也都畏首畏尾起来了。侯安都说：“如今四方还没有平定，哪能等候远方的皇子？临川王立下大功，我们应当一齐拥立他为帝！今天的决定，谁胆敢迟一步响应，定斩不饶！”说完，他手提宝剑，就冲上大殿，要求章皇后交出玉玺，在侯安都的威逼之下，章皇后只得就范。而后，侯安都又解开陈蒨的头发，把他推到嫡长子哭丧的位置，将陈武帝的灵柩移到太极殿的西厢房。这样，章皇后这才下令，由陈蒨继承皇位。当天，陈蒨正式即位，大赦，陈蒨就是历史上的陈文帝。
七月一日，尊章皇后为皇太后，六日，任命侯瑱为太尉，侯安都为司空。八月七日，立皇子陈伯宗为皇太子，二十一日，立陈伯宗的母亲沈妙容为皇后。
陈文帝即位后，对半割据势力进行安抚，进广州刺史欧阳頠军号为征南将军，周迪进号为镇南将军，黄法氍为安南将军，淳于量为征南大将军，留异为安南将军；又加封了功臣，以侍中、车骑将军、司空侯瑱为太尉，镇西将军、开府仪同三司、南豫州刺史侯安都为司空，侍中、中权将军、开府仪同三司王冲为特进、左光禄大夫，镇北将军、南徐州刺史徐度为侍中、中抚军将军、开府仪同三司。
88、击败王琳
当北齐文宣帝驾崩之时，身在郢州的王琳也听到了陈武帝驾崩、陈文帝即位的消息。
听到这一消息后，王琳就任命少府卿孙玚为郢州刺史，负责后方事务，十一月二日，王琳带上永嘉王萧庄率军一路东下，进攻大雷（今安徽省望江县）。陈文帝下诏命令太尉侯瑱、司空侯安都、仪同三司徐度率军前去抵御。安州刺史吴明彻率军夜袭王琳的湓城（今江西省九江市西北），王琳派遣巴陵太守任忠迎战，大破吴明彻部，吴明彻仅仅逃出一命，王琳遂率军东下。此时，北齐废帝高殷已经即位，他命令北齐扬州道行台慕容俨率领齐军兵临长江，声援王琳。
陈文帝天嘉元年（北齐废帝乾明元年、孝昭帝皇建元年，公元560年）年初，王琳大军进抵栅口（也就是濡须口，今安徽省含山县西南），南陈太尉侯瑱都督各军驻扎在芜湖（今安徽省芜湖市），两军在此相持了数十天。到了这一年的二月，春季到来，濡须口涨水，王琳的大型战舰得以通过，王琳遂率领合肥、巢湖方向的部队倾巢而出，战舰鳞次栉比，军威甚盛。侯瑱率领陈军进军虎槛洲（今安徽省芜湖市西南长江江心岛），王琳也把战舰排列在长江西岸，两军战舰隔着虎槛洲停泊。
第二天，双方交手，王琳军稍稍失利，退守西岸。当晚，天上突然刮起了东北风，一时间狂风大作，王琳的战舰相互碰撞，在沙滩上搁浅，江面上风浪很大，无法进入港口，一直等到第二天一早，大风才停了下来，王琳率军进入港口修理船只，侯瑱等人也率领陈军退回芜湖。
北周听说王琳率领大军东下后，遂派遣都督荆州、襄州等五十二州诸军事、荆州刺史史宁率领数万周军偷袭王琳的老巢郢城（今湖北省武汉市），王琳留后孙瑒闭城固守。王琳听到这个消息后，担心部众溃散，决定不顾当前之敌，率军迅速东下，占领建康，于是，他率军向东挺进，在距离芜湖十里的江面停泊下来，军中士兵们敲击木棒的声音，陈军能听得一清二楚。北齐仪同三司刘伯球率领一万多齐军协助王琳，行台慕容俨的儿子慕容子会也率领两千铁骑驻扎在芜湖西岸，声援王琳。
二月十四日，侯瑱命令陈军一清早就饱餐战饭，严阵以待。当时，天上刮起了西南风，王琳自以为得到了上天的帮助，率领舰队扬帆鼓浪，直至建康。侯瑱等人率领陈军紧随其后，王琳下来军中向陈军投掷火炬，企图烧毁陈军战舰，可是，此时紧随其后的陈军反而占据了上风口，火炬反而烧毁了王琳军自己的战舰。侯瑱下令用投掷器向王琳军发起攻击，又用机动小艇猛撞王琳战舰，把铁溶成铁汁，顺风泼向敌人。王琳军大败，被江水淹死的有十分之一二，剩余的残兵败将均弃船登岸，狼狈逃窜，被陈军几乎斩杀殆尽。在西岸的北齐步兵和骑兵也相互践踏，一起陷于泥沼之中，骑兵都丢下马匹仓皇而逃，侥幸逃出一命仅十分之一二。