汉灵帝召集群臣商议对策，北地太守皇甫嵩认为，朝廷应当解除党禁，拿出皇帝的私人存款、私人御马，赏赐给从军将士们。汉灵帝从光和元年（公元179年）开始下令在西园（御花园）设立西园官邸，明码标价，公开卖官鬻爵，规定：二千石二千万钱，四百石四百万钱；因名望或者资历轮到的，也要交纳官价的一半，或者三分之一；有人曾经亲自在皇宫外上书要求买某县的县令，汉灵帝根据每个县的贫富程度规定了不同的价钱；能够提前交钱的更好，不能提前交钱的，可以在上任以后双倍给付；汉灵帝还经常撺掇身边的亲信们购买公卿之类的高官，三公一级的定价一千万，卿定价五百万。当时，段颎、张温、樊陵等人虽然有能力，有资历，又有名望，但他们担任三公也都无一例外，要给灵帝送钱，冀州名士崔烈，曾担任九卿、郡守，通过灵帝的保姆程夫人送上了五百万钱买来司徒一职，等到拜官之日，灵帝又有点后悔了，对身边的亲信们说：“后悔当初没有稍稍吝惜一点了，要不能换来一千万。”程夫人在身边说：“崔烈是冀州名士，岂肯买官？还是不因为我从中说和，现在反而不知足了？”《后汉书·宦者列传》也称，曹操的生父曹嵩，桓帝时就担任司隶校尉（比二千石），灵帝即位后晋升其为大司农（国家财政部、粮食部部长，中二千石）、鸿胪卿（国家礼宾部长，中二千石），由于曹嵩的养父曹腾曾任大长秋（皇后后宫宦官首领、二千石）、特进（《后汉书·百官志》称，位次在车骑将军之下；胡广《汉制度》特意说明，位次在三公之下，不在车骑将军之下），在朝中有着错综复杂的关系，曹嵩通过贿赂宦官、交纳西园钱共计出了一亿万钱，买来了太尉一职。汉灵帝正是通过这种手段囤积了巨额的私房钱。

汉灵帝征求中常侍吕强的意见，吕强回答：“党禁很久了，闹得民怨沸腾，如果赦免党人，一旦他们与黄巾军同流合污，后果不堪设想，届时后悔都来不及了。如今，请求先诛杀了陛下身边那些贪污腐败分子，赦免党人，然后，再重新考察州刺史、二千石（指省级、地区级的干部）的能力，那么，民变自然就会平息下来。”汉灵帝同意了。三月七日，东汉朝廷下令大赦全国的党人，将流放到边地的放回家乡，唯独张角不在赦免之列。然后，又调发全国精兵，大规模选拔文武双全的领兵将帅，以卢植为北中郎将担任主帅、与护乌桓中郎将宗员为副将，率领北军五校尉之军前往讨伐张角；又以皇甫嵩为左中郎将、朱俊为右中郎将率领五校尉之军、三河（河东郡、河内郡、河南尹）骑兵部队以及临时招募的壮丁共计四万人前去讨伐颍川的黄巾军。

卢植，字子干，涿郡涿（今河北省涿县）人，身高八尺二寸（汉代1尺=0.23cm,近1.89米），能饮酒一石（汉代容积单位1石【斛】=2万ml，约为40斤），声如洪钟。从小就与郑玄一起师从马融，博古通今，后被朝廷拜为博士，后任九江太守（二千石），召为议郎（六百石），与谏议大夫马日磾、议郎蔡邕、杨彪、韩说等人在东观，校正《五经》记传，补续《汉记》，又转为侍中（比二千石），升任尚书（六百石）。此时，卢植担任的北中郎将（比二千石），在《后汉书·百官志》中并未记载，大约正是在此时汉灵帝才创设了北、南、东、西四中郎将职位。

皇甫嵩，字义真，安定朝那（今甘肃省平凉市北）人，是度辽将军皇甫规的侄儿。东汉为了防止已经归降的南匈奴与北匈奴勾结，专门设置了度辽营，由度辽将军（二千石）统领，驻地在五原曼柏（今内蒙古自治区准格尔旗），与设置幽州（《太平御览》职官部引应劭《汉官仪》称：“护乌桓校尉在幽州。”）的护乌桓校尉营并称为“二营”，是东汉政府设在地方上的两大常备军。皇甫嵩文武双全，被举荐为孝廉、茂才，太尉陈蕃、大将军窦武曾请他当自己的属官，但都被他拒绝了。汉灵帝以“公车”（政府车辆）征召其为议郎，不久又晋升为北地太守。此时，他担任的左中郎将为比二千石。

朱俊，字公伟，会稽上虞（今浙江省上虞市）人。他为人轻财仗义，受到当地人们的尊敬，被县里推荐到郡里任职，后被郡里举荐为孝廉，担任兰陵（今山东省枣庄市峄城区）县令。在任期间非常称职，被东海相推荐，正巧交趾发生叛乱，灵帝即拜朱俊为交趾刺史，令其到本郡招募家兵、调发地方军队，组织了五千余人，又与七个郡的地方部队一起很快就平定了叛乱，被封为都亭侯，食邑一千五百户，赏赐五十斤黄金，征召为谏议大夫（六百石）。东汉朝廷群臣都认为朱俊有能力，汉灵帝遂任命其为右中郎将（比二千石），持节，与皇甫嵩一起负责讨伐颍川、汝南、陈国的黄巾军。

唐周的叛变导致张角提前起义，彻底打乱了他的计划，也改变了这次起义的形式、作战方向。由于史料缺乏，我们无法全面了解张角原计划的全貌，但从一些遗留下来的零碎史料中，我们大致能够看出一些蛛丝马迹来：一是以冀州、幽州为根据地，与东汉政权争夺天下；二是暂时不顾偏远的荆州、扬州之地，集中兵力巩固黄河以北根据地，同时兼顾黄河以南，由东向西逼近洛阳；三是控制洛阳周边几个战略要地：豫州的汝南郡、颍川郡、荆州的南阳郡等等，南阳郡为东汉人口第一大郡，汝南郡、颍川郡人口数量也非常大，分处洛阳以东、以南，地理位置也非常重要；四是里应外合，突袭京师。由于京师周边地区控制相对严密，太平道在司隶校尉直辖区内影响力非常有限，只能依靠突袭的办法，刺杀汉灵帝，引起东汉最高层的混乱和短暂的休克，为外围作战争取宝贵的时间。然而，唐周的告密让整个计划化为泡影，黄巾起义从一开始就变成了各方各自为战的状态，虽然一开始声势浩大，东汉各处起火，但由于缺乏统一的指挥，只停留在攻取当地郡县的阶段，难以形成合力，这为东汉政府各个击破提供了良机。