孝庄帝在明光殿的东边面西而坐，尔朱荣和元天穆进入后，在御榻西北的小床上面南坐下。元徽进入大殿后，刚刚下拜，尔朱荣就看见光禄少卿鲁安、典御李侃晞等人手持大刀从东厢房进入大殿。尔朱荣立刻发觉不妙，遂站起身来，朝孝庄帝扑来。孝庄帝已提前在膝盖下面藏了一把千牛宝刀，看到尔朱荣朝自己扑来，孝庄帝拔出宝刀，迎面朝尔朱荣就是一刀，当即将其斩杀。鲁安等人上前，一阵猛砍，尔朱荣与元天穆同时毙命。尔朱荣的世子尔朱菩提与车骑将军尔朱阳睹等遂二人一起入宫的三十人也全部被伏兵所杀。

尔朱荣死后，孝庄帝拿起他随身带着的笏板，上面写了数条请求，都是皇帝身边应留下和斥退的人员名单，凡不是尔朱荣亲信的，全都在斥退之列。孝庄帝看后，说道：“如果让这小子活过了今天，就再也拿他没有办法了。”尔朱荣死时38岁，其世子尔朱菩提14岁。听到尔朱荣被杀的消息，洛阳全城一片欢呼，北魏群臣一齐入宫祝贺。

孝庄帝随即登上宫城正门阊阖门，下诏实施大赦，并派遣武卫将军奚毅、前燕州刺史崔渊镇守北中城。当晚，尔朱世隆保护着尔朱荣之妻北乡长公主率领尔朱荣带来的四五千骑兵焚烧了西阳门，逃出城外，驻扎在河阴。

孝庄帝没有听从王道习的话，连带诛杀尔朱世隆、司马子如和朱元龙三人，是一大失误。但是，随着尔朱荣进入洛阳城内的尚有那四五千羯胡骑兵，要布置将三人诛杀的话，势必还要考虑如何处置这五千羯胡骑兵，但是，至少即便是不杀尔朱世隆等人，也要想方设法将他们控制起来，如果将洛阳城内的尔朱荣心腹控制住，那这些骑兵也将无用武之地了，但可惜的是，孝庄帝对于尔朱荣死后的局势估计得过于乐观了。

不过，从另一角度来说，孝庄帝在诛杀尔朱荣之后没有大搞株连，也起到了一定的效果，在某种程度上瓦解了尔朱荣集团。在惊闻尔朱荣被杀的消息后，武卫将军兼散骑常侍贺拔胜与尔朱荣死党田怡等人蜂拥来到尔朱荣的府邸。当时，皇宫门禁尚不太严，田怡等商议趁机率兵进攻宫门，贺拔胜制止道：“天子行大事，肯定会有所戒备，我等兵少，岂可如此轻率！只用赶紧出城，再做商议。”田怡这才作罢。等到尔朱世隆逃出城后，贺拔胜也率部随他来到河桥，但很快又偷偷率众回到了洛阳城内，孝庄帝见状大喜。侍中、车骑将军朱瑞虽然也是尔朱荣安插在洛阳的耳目，但却善于在孝庄帝和尔朱荣之间的夹缝中生存，孝庄帝曾对侍从们说：“为人臣的应当忠实，至于像朱元龙，朕对待他也像对待其他人一样。”朱瑞听说尔朱荣死后，也随尔朱世隆逃出城外，但不久，他又念及孝庄帝素来对自己很好，又见到尔朱世隆等人并无雄才大略，最终难免覆灭，遂于半道中又折返洛阳。孝庄帝见到朱瑞后，大喜，握着他的双手说道：“社稷之臣，就该如此！”

虽然朱瑞和贺拔胜都改换了门庭，但仍然还有忠于尔朱荣家族的人。

司马子如，自称是西晋末年南阳王司马模的八世孙，为司马模之子“睡王”司马保之后。晋末丧乱，逃奔姑臧，北魏攻克姑臧后，举家被迁到云中。司马子如脑子灵活，口才很好，喜欢结交豪杰之士，与高欢关系甚深。六镇之乱时，司马子如携家带口投奔尔朱荣，后为尔朱荣的大行台郎中。由于司马子如口才好，尔朱荣经常让他担任使者入京，孝庄帝对他也很礼遇。尔朱荣在进攻葛荣之前，因邺城危急，曾命他率军从小路进入邺城协防；元颢入洛后，又以他曾经驻守过邺城，仍令其暂管相州。元颢被平定后，孝庄帝将其征召为金紫光禄大夫。司马子如听说尔朱荣被杀后，从宫中逃了出来，来到尔朱荣的府邸，与尔朱荣的妻子以及尔朱世隆一起逃出了洛阳。尔朱世隆打算就此回到晋阳，司马子如却说：“办事重在随机应变，兵不厌诈。现在，人心惶惶，谁强大，人们就会听命于谁，在这种情况下，不可以示弱于人。如果现在就逃回北方，恐怕会立即发生不测的变故，不如分兵守住河桥，再杀回洛阳，出其不意，说不定他们还会溃败。即便不成功，也可以向对手展示我们的武力，让天下之人畏惧我们的强盛，不敢背叛。”尔朱世隆深以为然，遂率军南下，九月二十六日，尔朱世隆的部队进攻河桥，生擒奚毅等人，夺占了北中城。北魏朝廷上下大惊失色，孝庄帝派遣华阳太守段育前去安抚，尔朱世隆将其斩杀，传首三军。