宴会一直持续到深夜，众人都喝得酩酊大醉，各自被安排到宫内的房间里休息。不一会儿，元珍就率领一群武士携带一瓶毒酒，来到了元勰下榻的房间。元勰说：“我忠于朝廷，犯了什么罪要杀我？请求能让我与皇上再见一面，死而无憾！”元珍回答：“你岂能再见到皇上！大王只用喝下这杯酒。”元勰说：“皇上圣明，不会无缘无故地杀我，请求与那些诬告陷害我的人当面对质。”元珍见元勰不肯就范，就命武士用刀柄狠狠地打了元勰两下。元勰大呼道：“苍天啊！我元勰忠心耿耿，却被人冤杀。”武士们又用刀柄猛击元勰，元勰这才喝下了那杯毒酒。元勰喝下毒酒后，武士们又乱刀将其杀死。第二天黎明，宣武帝命人用被褥将元勰的尸体包裹起来，用车子载着尸体从皇宫的边门送回王府，声称元勰酒醉而死。元勰的妃子是前司空李冲的女儿，她大哭着说：“高肇丧尽天良，令大王含冤而死，天道有灵，你高肇也不得好死！”
元勰死时年仅36岁。元勰口碑很好，无罪被杀，百姓们都哭着说：“高肇枉杀贤王！”宣武帝在东堂举行追悼会，追赠元勰为假黄钺、使持节、都督中外诸军事，司徒公、侍中、太师，谥号为武宣王。元勰的第三子元子攸就是北魏第九任皇帝孝庄帝，孝庄帝继位后，追封元勰为文穆皇帝，称肃祖。
京兆王元愉派人前去劝说平原太守房亮，房亮斩杀了使者。元愉派遣部将张灵和率军进攻平原，被房亮击败。李平的讨逆大军抵达经县（河北省广宗县东），各路人马全部到齐。深夜，一支数千人的山蛮部队偷袭李平的大营，流矢射到李平居住的大帐之内，但李平镇定自若，躺在床上，纹丝不动，不一会儿，混乱就平息了下来，讨逆军遂进至信都城南十六里的地方安营扎寨。九月一日，元愉率军在城南的草桥（河北省冀州市境）与李平所部交战，元愉军集中兵力进攻济州军队的大营，拔去木栅，填埋壕沟，仅有数尺就填平了壕沟。讨逆军各路人马纷纷前来救援，但均被击退，诸将都不愿再进。李平亲自到各部中间说服，并答应事成之后将重赏将士们，于是，各部这才继续朝元愉军发起猛攻，遂大破元愉军，激战中，元愉从马上掉了下来，身旁一人下马将自己的坐骑交给元愉，元愉仓皇逃回城内，李平率部乘胜一直追到信都城下，杀伤了数万叛军，并将信都团团围住。九月十二日，安乐王元诠又在城北将元愉军击败。元愉无法守住信都，九月二十三日，他纵火焚烧了信都城门，带着妻子李氏和四个儿子及一百多名骑兵弃城突围。李平率部进入信都城内，斩杀了元愉任命的冀州牧韦超、右卫将军睦雅、尚书仆射刘子直、吏部尚书崔朏等人，派遣统军叔孙头率部追击元愉一行。叔孙头很快就在距离信都八十里的地方抓获了元愉等人，李平将他们关押在信都，然后向宣武帝请示该如何处置。北魏群臣都建议诛杀元愉，但宣武帝不愿背负杀弟之名，下令将其用铁锁锁住，押送洛阳，将要用家法教训教训他。元愉被送至野王（河南省沁阳市）时，高肇暗中命人将其杀害了。元愉的四个儿子们被送到洛阳后，宣武帝下令赦免了他们。《魏书·元愉传》记载，元愉在押送途中，饮食自若，毫无惧色，到野王时，他对人说：“虽然皇上慈爱，不忍杀我，但我又有什么脸面再见皇上！”遂气绝而死，时年21岁。显然，《魏书》的说法难以令人信服。《资治通鉴》称元愉是被高肇派人暗害的，但即使如此，高肇此举未必不是得到了宣武帝同意的。
宣武帝打算以剖腹酷刑处死李氏，中书令崔光劝谏说：“李氏怀有身孕，如对她施行剖腹取胎，这是夏桀、商纣曾干过的勾当，残暴异常。请求等她生下孩子后，再行斩首。”宣武帝同意了。李平在信都逮捕了一千多名元愉的余党，将要全部杀死他们。录事参军高颢劝说道：“这些人都是胁从犯，过去都已经答应赦免他们了，应该向朝廷请示该如何处理。”李平同意了，这些人遂都被免死。高颢是高祐的孙子。高肇的儿子高植担任济州刺史，在讨伐元愉之战中有战功，当被封赏，但高植却拒绝接受，他说：“我们高家受到朝廷厚恩，为国家出力，这很正常，岂能接受赏赐！”
平定元愉之乱后，主帅李平为加封为散骑常侍。高肇和中尉王显素来讨厌李平，王显就弹劾李平在冀州时隐瞒、截留俘虏人数，高肇上书要求将李平免官。定州刺史元诠因功被晋升为侍中，不久又升为尚书左仆射。
过去，在北魏献文帝拓跋弘时期，有一万多户柔然人投降了北魏，被安置在高平（宁夏固原县）和薄骨律（宁夏灵武县）二镇，孝文帝太和末年，这些柔然人大多都叛逃了，只剩下了一千多户。太中大夫王通建议将他们迁徙到淮河以北，孝文帝命令太仆卿杨椿持节负责这项工作。杨椿当时劝谏道：“过去，我们将这些人安置在边地，目的就是要让那些异族前来归附，并且，也让他们与我们不相混杂。现在新归附的民众很多，如果把过去归附的民众迁徙走，那么，新归附的人都会不安，这是在驱赶他们背叛。况且，这些人习惯北方生活，南方土地湿热，迁到那里必定会全部死亡。既会让归附的民众失望，又失去了让其捍卫边疆的意义。把他们安置到中原，可能还会产生其他危害。”但孝文帝没有同意。遂将这些人迁徙到济州，沿着黄河两岸安置。等到元愉谋反时，这些对北魏朝廷不满的柔然人纷纷渡河北上响应元愉，所到之处，烧杀抢掠，正如过去杨椿预计的那样。