元祥死后，宣武帝的叔叔们仅剩下了高阳王元雍和彭城王元勰二人了，宣武帝继位之初，诸位叔父对皇位的威胁已经基本上被消除了，但是，除了诸位叔父之外，让宣武帝一直放心不下的还有自己的亲弟弟们。宣武帝元恪共有兄弟六人：哥哥废太子元恂、下面是宣武帝的同母弟广平王元怀、京兆王元愉、清河王元怿、汝南王元悦。元恪虽然登基即位，但他却并非嫡长子，因此，对诸位弟弟并不放心。在宣武帝继位之初，他的诸位弟弟经常出入皇宫，象家人一样随便，但随着时间的推移，宣武帝逐渐与弟弟们的关系发生了微妙的变化。首先是三弟京兆王元愉。宣武帝把于皇后的妹妹嫁给元愉，可是，元愉却并不领情，对于氏并不感冒。原来，在元愉担任徐州刺史期间，遇到了一位原姓杨的歌女，两人感情很深。宣武帝继位后，元愉被改任为护军将军，回到了洛阳。他假托杨氏是右中郎将赵郡李恃显的养女，改姓李氏，从李家将她迎娶回来，生下儿子元宝月。于皇后得知后，不禁大怒，将李氏召入宫中，一顿乱打，强令李氏在宫内出家为尼，把她的儿子交给宫中嫔妃抚养。一年以后，在于皇后父亲于劲的劝说下，于皇后才让李氏回到了元愉的身边。元愉喜欢舞文弄墨，与文士宋世景、李神俊、祖莹、邢晏、王遵业、张始均等人经常聚会，又召来严怀真等数十名来自各地的学士，设立学馆，这都让宣武帝心中不快，不久，他就借口元愉与弟弟元怀“竞慕奢丽，贪纵不法”，将元愉召入宫中，杖打五十，贬为冀州刺史。清河王元怿，从小就非常聪慧，容貌俊美，深得其父孝文帝的宠爱。宣武帝继位后，元怿小心谨慎，被任命为尚书仆射。广平王元怀，被宣武帝召入华林园，逼令他在那里读书，直到宣武帝死后，才得以出来。汝南王元悦，虽然好读佛经，但却性格乖戾，此时年龄尚小。
高肇看准了宣武帝的心思，他建议宣武帝命令禁卫军将领率领禁卫军负责看护宗室诸王的王府，名义上是看护，实际上是将诸王软禁了起来。彭城王元勰上书恳切劝阻，但宣武帝不从。元勰志向高远，不慕荣利，整日将自己关在家中，出门不爱游山玩水，居家没有知心朋友，每天就是孤单地与妻子儿女们相对，总是闷闷不乐。
到正始元年（公元504年）年底，北魏朝廷上的重臣分别为：太师元勰、司空骠骑大将军元雍、司徒广阳王元嘉、尚书令高肇、尚书仆射元怿、侍中崔光等人、领军将军于劲、护军将军高显。至此，高氏势力在北魏朝廷已经成为一支举足轻重的力量。
4、梁魏交兵（1）
北魏朝廷内部高氏逐渐崛起的同时，在对外关系上，最引人注目的便是梁魏之间的战争了。
从孝文帝末年占领南阳盆地，直接威胁南朝雍州襄阳，到南齐末年豫州刺史裴叔业叛降北魏、寿春落入北魏之手、北魏开始染指淮南，北魏在齐梁交替之际不论是在东线还是西线都已占据了良好的进攻位置，唯一前突至魏国国境的是义阳。义阳将北魏西线的南阳与东线的寿阳分割开来，使得北魏军队无论是东线或是西线都不敢大胆南下，因此，在齐和帝中兴元年萧衍与东昏侯鏖战之际，北魏源怀、元英、田益宗等人都纷纷建议宣武帝发兵南下。由于当时北魏国内矛盾重重，宣武帝没有采纳大举南侵的建议，仅仅同意了田益宗等人在义阳周边地区的军事行动。
当北魏朝廷还在犹豫之际，萧衍即迅速完成了占领建康、改朝换代、稳定政局几项常人需要几年才能完成的事业，北魏大规模南侵的行动也暂时停了下来。不过，在双方边境地区并不安定，相继发生了一系列局部战斗：作为报复，齐和帝中兴元年（公元500年）三月，依附于南朝的鲁山山蛮鲁北燕等人起兵进攻北魏的颍州（河南省许昌市）。四月，又围困北魏占领的湖阳（河南省南阳市唐河县湖阳镇），北魏抚军将军李崇率军将其击破，斩杀了鲁北燕，而后，将该地近万户山蛮北迁到幽州、并州以及北边六镇，不久，这些人又纷纷叛逃，各地魏军四处追杀，等逃到黄河北岸，这些人已经被魏军诛杀殆尽。同年六月，北魏扬州（治所寿春）下辖的小岘（安徽省寿县东南）戍主党法宗趁着南梁江州刺史陈伯之反叛之际，率军南下偷袭南梁大岘戍（安徽省含山县东北），俘虏了南梁龙骧将军朱菩萨。十二月，在迅速平定江州陈伯之叛乱之后，梁武帝萧衍命令将军张嚣之率军入侵北魏淮南地区，攻下了木陵戍（又称穆陵关，在河南省信阳市光山县南一百二十里木陵山上，至湖北麻城县八十里）；北魏任城王元澄派遣辅国将军成兴率军反击，又将张嚣之部击退，重新收复了木陵戍。梁武帝天监二年（北魏宣武帝景明四年，公元503年）一月，北魏所属的梁州氐族首领杨会发动叛乱，北魏行梁州事杨椿等人发兵讨伐。三月，北魏扬州刺史元澄派遣长风（湖北省麻城县西北）戍主奇道显率军进攻南梁，夺占了南梁阴山（湖北省麻城市东北六十里），斩杀南梁戍主龙骧将军、都亭侯梅兴祖；接着，魏军又攻克了白藁（一说为河南省信阳市潢川县西南，一说为湖北省麻城市南白果镇），斩杀南梁戍主宁朔将军、关内侯吴道爽。由此可见，在梁武帝继位之初，北魏尚未下决心对南梁发起大规模的进攻，但从这些零星发生的战斗来看，北魏是将着眼点放在在中路的义阳，他们采取蚕食的办法逐一敲掉义阳周边的梁军据点，以进一步孤立义阳，为在不久的将来拔掉义阳做足功课。
而就在这时，深怀国恨家仇的南齐鄱阳王萧宝寅来到了洛阳，他恳请宣武帝发兵南下讨伐刚刚建立的梁国，与此同时，战败北逃的陈伯之也请求率军南下。在这种情况下，宣武帝召开了由八座、门下高级官员参加的会议讨论南伐事宜，最终定下大举南讨的决议。四月一日，宣武帝任命萧宝寅为都督东扬州等三州诸军事、镇东将军、扬州刺史、丹阳公、齐王，交给他了一万军队，令其驻扎在东城（安徽省定远县东南大桥乡三官集）；任命陈伯之为都督淮南诸军事、平南将军、江州刺史，驻扎在阳石（安徽省霍邱县南），两军均受扬州刺史任城王元澄的统一指挥，等到秋冬季再大举南侵。宣武帝又允许萧宝寅自行招募各地豪杰，得到了数千壮士，他以颜文智、华文荣等六人为将军、军主。六月，北魏扬州刺史元澄上书宣武帝称：“萧衍派出军队屡次封锁东关（安徽省含山县西南濡须坞），其目的是想让巢湖上涨，引起洪水泛滥。巢湖方圆四百多里，东关狭窄之处仅有数十步，如果敌人的计划得逞，湖水泛滥而下，那么，我淮南各个堡垒必定会被淹没。况且，南方人水性很好，他们一方面决堤浇灌我军的营垒，另一方面发兵进攻，这样以来，淮南之地将会易手。寿阳距离长江五百多里，这里的百姓们均人心惶惶，担心遭水淹。如果顺应民心，进攻敌人的薄弱之处，提前整顿各州的军马，到秋季来临时大举南下，那么，南渎（今地不详）将成为我们饮马的河口，霍岭（今地不详）也将成为我们南望的楼台。事情贵在把握好时机，要趁早筹划，即便是无法完成统一大业，江西之地可保无忧。如果犹豫迟缓，等到敌人修好了防御工事，后悔都来不及了。”于是，北魏朝廷下诏征发冀、定、瀛、相、并、济六州二万人，马一千五百匹，命令仲秋之时全部集结在淮南，加上寿阳原有的三万部队以及萧宝寅和陈伯之的人马，均受元澄的指挥。