当时刘胡等人的部队仍然很强盛，宋明帝为了稳定军心，提高士气，派遣吏部尚书褚渊亲自到虎槛，选拔任用将帅，晋封沈攸之为使持节、督雍、梁、南北秦四州郢州之竟陵诸军事、冠军将军、领宁蛮校尉、雍州刺史。申谦之、杜幼文因此求黄门郎，沈怀明、刘亮求中书郎。建安王刘休仁就让褚渊拟任，可是，宋明帝却不答应：“忠臣以身殉国，不求回报，大敌当前却要破坏朝廷的制度，这岂是为臣应该做的吗？”虽然对高级军官们的要求没有答应，但对于下级军官却大肆封赏，当时，因为军功而被封官的人数太多，以至于用于任命官员的小木板都用完了，只好用黄纸代替。

随着战事陷于胶着，一些郡县开始动摇。当初，邓琬向巴东征兵，巴东太守罗宝称以郡县境内山蛮很多，兵力不足为由予以拒绝。巴东人任叔儿聚众响应建康，写信邀请罗宝称入伙，罗宝称犹豫不决，很快暴病而死。任叔儿即自称辅国将军，占领白帝城，诛杀了罗宝称的两个儿子，阻断了三峡。益州刺史萧惠开响应浔阳政权以后，即派遣巴郡太守费欣寿率领二千人东下（一说五千人），但却被任叔儿击败，费欣寿也被斩杀。萧惠开又派州治中程法度率领三千人从陆路经过梁州东下，又被氐王杨僧嗣切断了通道。当初，氐王杨元和（杨保宗之子）驻守在白水（甘肃省武都县境），无力自保，杨元和弃众北逃，投降了北魏，他的堂弟杨僧嗣不久自立为武都王，驻守在葭芦城（甘肃省文县白龙江东岸临江）。浔阳政权派遣中兵参军何康之领宜都太守，讨伐任叔儿，部队行至陕口，被夷帅向子通击破。始安（广西桂林）内史王职之、建安（福建建瓯）内史赵道生、安成（江西省安福县）太守刘袭（刘道怜之孙），也都举郡归顺朝廷。邓琬派遣龙骧将军廖琰率领数千人，并征发庐陵百姓一起进攻安成郡，刘袭与郡丞檀玢拒战，被打得大败，檀玢临陈被杀，刘袭弃郡而逃，依托险要固守。廖琰大肆抢掠一番就退去了，廖琰退后，刘袭又重新占领了城池。当时，萧道成率众在北线，萧道成的世子萧赜（后来的南齐武帝）是南康赣（江西省赣县）令，邓琬派人前去萧赜；萧赜的心腹萧欣祖、桓康等数十人，保护着萧赜的妻子裴惠昭和两个儿子萧长懋（后来的文惠太子）、萧子良（后来的竟陵王）逃跑了，在民间招募了一百多人，攻破了郡县，解救了萧赜。南康相沈肃之率军追赶，反被萧赜生擒，萧赜遂自称为宁朔将军，与南康相沈肃之、前南海太守何昙直、晋康太守刘绍祖、北地傅浩、东莞童禽等，占领南康郡起义。邓琬征召始兴（广东省韶关市）相殷孚为御史中丞，并命令他率领本郡军民一起沿赣江而下，殷孚人多势众，萧赜在揭阳山中躲避，于是，邓琬再派武昌戴凯之为南康相。萧赜率众进攻，戴凯之战败逃走。萧赜派遣幢主檀文起千人戍守西昌（江西省泰和县），邓琬又派遣廖琰与其中兵参军胡昭等在西昌构筑堡垒相守。邓琬征召豫章太守刘衍为右将军、中护军，而以殷孚代为豫章太守，令其都督赣江上游五郡，以防备刘袭等。

湘州也内乱不止。

衡阳内史王应之率领本郡500多人，归顺朝廷，进兵长沙城下。何慧文率领亲随出城迎战，王应之击杀数人，砍中何慧文八刀，何慧文砍断了王应之的脚，遂将其诛杀。当时，湘东国侍郎虞洽替刘彧在封国中督促国税，劝说湘东（湖南省衡阳市境）太守颜跃（颜延之之子）响应朝廷，但颜跃不从。虞洽就投奔桂阳（湖南省郴州市），招募了数百人，打算回来进攻颜跃，颜跃害怕了，向虞洽求和，两人一共招募了二千人马。当时，邓琬征召何慧文率众增援浔阳，部队从长沙出发已经走了数百里地了，突然听说虞洽起兵了，只好转兵南下，收拾虞洽，虞洽战败逃走。

广州也是如此。

殷孚离开始兴之后，以郡五官掾谭伯初负责郡内事务，当地人刘嗣祖等人斩杀了谭伯初，据郡起义。邓琬派遣始兴太守韦希真、鹰扬将军杨弘之领众一千讨伐刘嗣祖。刘嗣祖也派兵前往南康郡（江西省赣县西南），与萧赜会合。韦希真等人停驻庐陵（江西省吉水县东北）不敢前进。广州刺史袁昙远听说始兴（广东省韶关市）起义，派遣部将李万周、陈伯绍率众北上讨伐刘嗣祖。刘嗣祖派兵驻守浈阳（广东省英德市南十五里），李万周也构筑堡垒相守。刘嗣祖派人欺骗李万周说：“浔阳已经平定，朝廷派遣刘勔为广州刺史，就要到了！”李万周竟然信以为真，便率军返回番禺（广东省广州市），深夜以长梯翻入城内，袁昙远素来怯弱，听说李万周反了，不禁惊慌失措，光着脚丫逃出家门，李万周率军追上杀死。前交州刺史檀翼调任回京，路过广州，李万周对其随身巨额的财宝垂涎三尺，污蔑他参与了叛乱，将其袭杀，将袁昙远和檀翼的财宝悉数纳入自己的囊中。

青州方面同样如此。散骑侍郎明僧暠起兵响应建康，进攻青州刺史沈文秀，四月十五日，宋明帝任命其为青州刺史。明僧暠与先已起兵的平原乐安二郡太守王玄默、清河广川二郡太守王玄邈（王玄谟堂弟）、高阳渤海二郡太守刘乘民合兵一处，一起进攻东阳城，每次交锋，总被沈文秀击破，但是，他们屡败屡战，如此打了十几仗，沈文秀也无法将他们彻底消灭。为了尽快打破僵局，邓琬以晋安王刘子勋的名义，命令雍州刺史袁顗统领雍州军队火速东下，邓琬以黄门侍郎刘道宪全权负责荆州事务，以侍中孔道存负责雍州事务。柳元景被杀后，柳元景的侄儿、上庸太守柳世隆躲藏了起来，袁顗起兵后，召柳世隆入伙，但柳世隆不从。看到袁顗率领雍州主力东下以后，柳世隆纠集了山蛮、宋民共计两千多人，从上庸出发，趁虚偷袭襄阳，孔道存派遣部将王式民、康元隆等在万山（湖北省襄阳市西北十里，即汉皋山）迎击，柳世隆大败，还郡自守。袁顗的到来并没有很快打破南线的僵局，到四月底，首先打破僵局的却是西线的豫州战场。

四月，刘勔的录事参军王起、前部贼曹参军甄澹等五人叛逃，归顺了刘顺，刘顺因此引兵出战。官军马军主骠骑中兵参军段僧爱勇冠三军，他与刘顺的幢主樊僧整单打独斗，却被樊僧整一矟刺中，被杀，官军士气受到打击。宋明帝闻讯，又派太尉司马垣闳率军增援，步兵校尉庞沈之帮助裴季戍守合肥。开始，淮南人周伯符请求刘休祐让自己招募义兵，刘休祐不同意，周伯符反复请求，刘休祐才同意了。他拄着拐杖，一路独行，行至安丰（河南省固始县东），收得八百余人，在淮河上游活动，为朝廷方面的游击队。常珍奇任命的弋阳太守郭确派遣将军郭慈孙在金丘（河南省新蔡县东）清剿周伯符，殷琰又派中兵参军杜叔宝协助，可是，郭慈孙却被为周伯符击败，落水而死，宋明帝以周伯符为骠骑参军。