三天之内，朝廷军队进展迅速，相继占领了义兴、晋陵、吴兴三郡，这让吴郡太守顾琛大惊失色。如今，晋陵之军正从北面压来，而吴兴之军又迂回从南面夹击，孤木难支，顾琛与儿子顾宝素带着老母一起乘船弃城南逃，逃奔会稽（浙江省绍兴市），海盐县令王孚派人追赶，没有赶上。

三吴地区的四郡顺利被平定，解除了建康的燃眉之急，但西线、北线和南线却同时吃紧，此时，北线徐州的薛索儿已经率部渡过了淮河，西线豫州的军队开始南下，南线浔阳大军也将发起进攻，于是，宋明帝刘彧留下吴喜统领全景文、沈怀明、刘亮、孙超之、寿寂之等人继续进攻会稽，调回萧道成、张永、姚道和、杜幼文、垣恭祖、张灵符等将用于西线和北线，调回王穆之、顿生、江方兴所部抵御南线。同月九日，吴喜等人推进至钱唐，钱唐令顾昱及孔璪、王昙生等人渡过钱塘江，逃到江南，吴喜军又推进到柳浦（浙江省杭州市南凤凰山东麓），诸暨令傅琰投降。此时，在钱塘江以北的黄山浦，叛军尚集结了大量军队，吴喜派镇北参军沈思仁、强弩将军任农夫、龙骧将军高志之、南台御史阮佃夫、扬武将军卢僧泽等率军向黄山浦（浙江省余杭境内）压来。叛军依托海岸扎下营寨，官军乘风扬帆，直至定山（浙江省余杭东南四十里），阵斩叛军主帅孙会之，然后，又从定山折返，兵向渔浦（浙江省萧山县西南），敌将孔睿率领一千余人据垒拒战。阮佃夫命令队主阙法炬射杀了楼上弩手，孔睿所部惊骇，沈思仁纵兵发起进攻，斩杀叛军军主孔奴，于是，叛军溃败。十九日，吴喜命令刘亮从盐官（浙江省海宁县）渡海南下，直至同浦；寿寂之部从渔浦，斜趋永兴（浙江省萧山县西）；吴喜军从柳浦渡江，朝西陵（浙江省萧山县西北）杀来。西陵叛军全部溃散，官军斩杀了庾业、顾法直、吴恭，传首京师，叛军军主卜道济、督战许天赐投降。刘亮、全景文、孙超之军进至永兴，与孔觊派遣的陆孝伯、孔豫两军遭遇，双方交战，官军再次取得胜利，斩杀了陆孝伯和孔豫。

官军行将逼近会稽郡，叛军士气低落，将士纷纷逃亡，孔觊无法制止。二十日，上虞令王晏起兵从东进攻会稽，会稽陷于被东西夹击的窘境，孔觊忧愁恐惧，不知如何是好。当晚，他亲自率领一千多人，对外宣称将要东征王晏，实际上是想从石瀃（浙江省绍兴市越城区斗门镇石泗村）乘船入海。可是，叫人抓狂的是：已经提前在海边安排好了大船，等大家赶到岸边的时候，却遇到了落潮，无法入海！孔觊身边的亲随一哄而散，只剩下门生用小船拉着他，逃窜藏匿在嵴山村。叛军车骑从事中郎张绥提前派人暗中与吴喜接洽，等到孔觊逃窜后，即封闭仓库，等待官军的到来。第二天，王晏率先进入会稽，却将张绥打入大牢，当夜将其诛杀，逮捕了寻阳王刘子房，然后，纵兵大掠，将仓库劫掠一空。若邪村民录活捉叛军龙骧将军、车骑中兵参军军主孔睿，孔睿被杀前说：“我已经过了而立之年，尚未步入仕途，蒙受知己眷顾，以死相许，今日赴死，还有什么遗恨！”于是，他含笑就死。孔璪投奔门生陆林夫，陆林夫却将其斩杀邀功。二十二日，嵴山民抓获孔觊送交王晏，王晏对他说：“这是全赖孔璪，与你无关，你可以写下自首状，我将代为给你送上。”孔觊慷慨回答：“江东的一切处分，无不是我做主，将罪过推给别人，于草间求活，便是象你这样的人的为人啊！”王晏即将其斩杀于东阁外。临死，孔觊要求喝酒，他说：“这是我平生所好。”孔觊被杀时年龄51岁。顾琛、王昙生、袁标等人都到吴喜那里自首，吴喜全部将他们赦免。顾琛的儿子顾宝素与父亲走失，自缢而死。叛军军主一共有76人，除去在战场上被杀的17人外，其余全部被吴喜赦免。

吴喜在离开建康之前，曾向宋明帝保证抓获浔阳王刘子房及其主要将领以后，即将他们就地斩杀，但是，吴喜本人性格宽厚，再加上宋明帝此时采纳了蔡兴宗的建议，对浔阳方面的人员采取了宽大为怀的政策，因此，吴喜到了东线以后，并没有大开杀戒。但是，这也引起了宋明帝刘彧的猜忌，在宋明帝看来，吴喜是听说了南线敌人势力很大，朝廷军队有可能失败，自己如今将事情做绝，将来有可能反受其祸。不论吴喜是出于什么样的考虑，才没有诛杀参与叛乱的首领，但客观上却起到了安抚人心的作用，是当时唯一最佳的应对措施。但对此，表面宽厚而内心猜忌的宋明帝却一直耿耿于怀，数年以后，这也成为他处死吴喜的罪状之一。