然而，时间不等人，虽然拓跋焘挪过了卯年，但紧接着到第二年，即元嘉二十九年（公元452年）年初，拓跋焘就死去了！

对于拓跋焘的死，大致有两种说法：一是病死。《宋书》和佛教书籍上则称拓跋焘是病死的，一般认为，这也许是南方史家根据错误传闻误记，而采信谋杀一说。二是谋杀。《资治通鉴》和《魏书》是这样说的，但二者稍有不同的是《资治通鉴》称，拓跋焘后来发现拓跋晃并没有罪，非常懊悔，而《魏书》则只是说拓跋焘追思儿子。凶手就是在拓跋晃之死中起到关键作用的宦官宗爱，他担心被拓跋焘所杀，为了自保，开始密谋要杀死拓跋焘。南方史书给出的脉络是：魏军南下爆发大规模的传染病——拓跋焘得了痢疾——拓跋晃有罪并企图抢班夺权——拓跋焘诈死，骗他来到鲁口（？或者平城宫中）——抓获赐死——拓跋焘病死。北方史书给出的脉络是：宗爱与拓跋晃有矛盾——诬陷拓跋晃成功——拓跋焘杀死东宫有关人员——拓跋晃忧愁而死——拓跋焘事后发现拓跋晃没有罪，很后悔——宗爱担心被杀——主动出击杀死了拓跋焘——拓跋焘死后，大臣们在册立嗣君问题上有分歧——宗爱骗杀其他大臣、立了拓跋余——宗爱独揽大权——拓跋余欲从宗爱手中夺回权力，宗爱先发制人杀死了拓跋余——其他大臣迎立了拓跋晃之子拓跋濬。不过，采信谋杀说，不是没有疑问的：一是如前所述，我们更倾向于采信南方史书的记载，即：从种种迹象表明，拓跋晃是有罪的，那么，既然拓跋晃有罪，就无从谈起拓跋焘后悔，也就不可能出现宗爱担心被杀的事情；二是退一步讲，如果按照北方史书记载的，是宗爱诬陷的拓跋晃，那么，既然拓跋焘知道了拓跋晃是无罪的，宗爱肯定是有罪的了，以拓跋焘的性格，决不会仅仅“追思”拓跋晃而不对宗爱采取措施，给宗爱对自己下手的机会；三是如果宗爱一手主导了诛杀拓跋晃一案，在拓跋焘在世时，也许他对拓跋晃之子拓跋濬的生死无法置喙，但当拓跋焘死后，宗爱不会不知道留下一个曾经的嫡长孙拓跋濬，将是一个怎样的威胁，况且，此时的拓跋濬已经是13、4岁的人了！宗爱岂能坐视不顾？有人以彼时拓跋余已经登基，拓跋濬没有皇位威胁为由，提出这是宗爱放过拓跋濬的原因，这一说法貌似合理，但却经不起推敲，因为，如果承认拓跋晃大狱是源于宗爱的话，拓跋濬与宗爱之间是有着杀父之仇，且拓跋濬是否有皇位威胁，还不是宗爱急于考虑的事。四是史书关于宗爱是如何杀死拓跋焘这一关键史实，语焉不详。对照后来宗爱诱杀其他兰延等其他大臣、杀死拓跋余等，参加人数、方式均有明确记载，唯独这里的记载非常简单；五是在拓跋焘死后，朝廷等大臣并没有进行深入调查，只是因为嗣君未定而“秘不发丧”，这让人觉得更象是一个正常死亡事件；宗爱即使在内廷有生杀予夺的权力，但是，他并没有掌握禁卫军，也没有外廷其他权力，如果象《魏书》所云是宗爱弑君、拓跋焘暴崩的话，北魏整个朝廷为何却显得异常平静？回想拓跋焘祖父拓跋珪被亲生儿子拓跋绍弑杀后，北魏朝廷即引起了轩然大波，而如今却如此平静，令人十分不解，这只能说明：拓跋焘有可能是正常死亡。有了上述几点疑问，我们反过来审视《魏书》设计宗爱杀死拓跋焘的内在逻辑：首先需要明确的一点还是北魏后世大多数帝王都是拓跋晃的后裔，这使得史书给拓跋晃掩饰成为可能；其次，宗爱只是一个宦官，无根无党，出身不详，更没有后嗣，后来又被杀掉，在他身上编造故事，无法考证；第三，如果要掩饰拓跋焘、拓跋晃父子相残的丑事和拓跋晃的谋反行为，就必须说拓跋晃是无罪的，拓跋晃之死是一个冤案，拓跋焘是受人蒙蔽才弄死了儿子，这样，就必须有一个反面角色；而设计拓跋焘是宗爱所杀，将宗爱弄成一个弑君者，就让以后诛杀宗爱、迎立拓跋濬显得非常正当，也掩盖了拓跋焘死后，北魏宫廷内部错综复杂、毫无正义可言的权力斗争。

因此，假如拓跋晃真的曾经有种种不端行为的话，即使没有宗爱的谗言，加上当时严峻的国内局势，考虑到两人之间长期若明若现的矛盾和分歧，拓跋焘得知后也会将其处死；二是佛教书籍上说拓跋焘是死于痢疾，联系魏军南下在盱眙之战中军中爆发大范围的传染病，死亡大半的事实，拓跋焘被传染病死的可能性并不是没有。不过，从时间上来看，自拓跋焘回到平城到死去相距近一年之久，其间，他还两度北巡阴山，住在阴山的广德宫，因此，假如支持病死说，说拓跋焘是直接死于南下染病，似乎也是有问题的，最多也只能说，拓跋焘因南下染病，时好时坏，最终死于痢疾。