《魏书·高允传》称，崔浩被逮捕的那天，高允正在中书省值班，因高允曾担任过太子拓跋晃的经书师傅，因此，当拓跋晃得知消息后，担心高允也被逮捕，即让东宫东宫侍郎吴延将高允召回到东宫，第二天，拓跋晃带着高允入宫面见拓跋焘。行至宫门，拓跋晃对高允说：“入宫见到皇上后，我自会指示你，如果皇上问什么话，你只用按我说的回答。”高允问道：“为啥事？”拓跋晃说：“进去就知道了。”见到拓跋焘后，拓跋晃说：“中书侍郎高允自从在臣宫中，与臣相处多年，小心谨慎，臣非常了解。他虽然与崔浩共事，但高允地位低贱，听命于崔浩，请求赦免他的性命。”拓跋焘召高允觐见，问道：“《国书》都是崔浩写的吗？”高允回答：“《太祖记》（即拓跋焘爷爷拓跋珪传），是前著作郎邓渊所撰。《先帝记》（即拓跋焘父亲拓跋嗣传）及《今记》（即拓跋焘本人的传记），是臣与浩同作。不过，崔浩事务繁多，只不过是总裁罢了，臣比崔浩撰写的多。”拓跋焘听了，大怒：“这比崔浩最大，岂能活命！”拓跋晃赶紧说：“陛下盛怒之下，高允小臣惊恐过度，语无伦次，臣曾详细盘问过他，都说过全是崔浩所作。”拓跋焘又问：“是太子说的那样吗？”高允回答：“臣才能低劣，参与著作，触犯天威，罪应灭族，今天必死，不敢说谎。太子殿下以臣侍奉讲解经书时间较长，可怜臣，替臣乞命。殿下确实不曾问过臣，臣也从未说过这话。臣说的句句是实，不敢迷乱。”拓跋焘对拓跋晃说：“正直啊！这是平常人难以做到的，临死不动摇，这岂不是很难吗！且对君主诚实，是贞节之臣啊。听了他这话，我宁愿饶恕他一桩罪过，赦免了他。”于是，又召入崔浩，让人盘问崔浩，崔浩迷惑不能回答，却承认了接受贿赂的事实，而高允每件事情都说得明明白白。当时，拓跋焘非常恼火，命令高允写诏书，自崔浩以下、普通衙役以上一共128人全部灭五族。高允动作缓慢，拓跋焘连连派人催促，高允请求再次面见拓跋焘，然后再写诏书。拓跋焘将其召到面前，高允说：“崔浩的罪过，如果尚有其他，则不是臣敢了解的，如果仅仅是因为秉笔直书《国书》一事，则罪不至死。”拓跋焘听了发怒，下令武士将高允抓起来。拓跋晃再次请求，拓跋焘说：“如果没有此人一再让我发怒，将又有数千人要死了。” 宗钦临刑，叹息着说：“高允真是个圣人啊！”
六月十日，拓跋焘下令将清河崔氏与崔浩同宗的，不分远近以及崔浩的姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏全部灭族，其余人员只诛杀本人。崔浩与冀州刺史崔颐、荣阳太守崔模年龄相仿，三人都姓崔而不是同祖，崔模、崔颐更近一些。崔浩自恃祖上是魏晋公卿，经常看不起二人，崔浩小名桃简，崔颐小名周儿，崔模对人说过：“桃简可以欺负我，为何要轻视我们家周儿？”拓跋焘风闻此事，就没有株连二人。
临刑前，拓跋焘命令将崔浩捆绑在囚车之内，送往城南，数十名武士朝崔浩身上头上小便，一路上，人们都能听到崔浩发出的嗷嗷哀号。
这就是著名的北魏国史之狱。
由于这场大狱非常诡异，令后世学者产生了种种猜测，不得不细心探究。
首先仅仅从史书的记载方式上就令人感到异常：一是这桩在北魏与刘宋对决前后这一非常敏感的时期内发生的大狱，涉及面如此之广，处理如此严酷，但本案的最重要的人物崔浩的本传里却故意没有细节交代，《魏书·崔浩传》前头还在讲崔浩上呈《五寅元历》的事，紧接着就是一句“真君十一年六月诛浩”云云。为什么要这样写？这绝不是无意为之，而是魏收挖空心思所为。如果按照常理在崔浩传中正面记载，就不得不详细阐述事件的来龙去脉，而这件事情的来龙去脉却正是魏收不愿意深入涉及的。二是我们得知的些许的所谓的“细节”，又都见诸于《魏书·高允传》中，这又是为何？《高允传》可谓是“佳传”，那么，为什么《魏书》的作者魏收要为高允作“佳传”呢？我们知道，魏收受命撰写《魏书》是在北齐第二任皇帝高洋的天保二年（公元552年），而高允是北齐奠基者、高洋之父高欢的堂叔祖，其实，魏收在北魏节闵帝时代就已经染指北魏历史的编纂了，但即使是在那个时候，也是高欢如日中天之时，高欢就曾对他告诫道：“我后世身名在卿手，勿谓我不知。”言下之意，魏收当然心领神会，《魏书·高湖传》、《高允传》的褒美之词也就顺理成章，因此，我们大可不必将高允传中撰写的“史实”当真。纵观《高允传》，我们发现高允一幅大义凛然的样子，但至少我们有几点疑问：1、既然高允在《国史》刊石之时就已经预见到可能发生的危险，那么，身为当事人的他（可以说是撰写《国史》的第二把手）为什么不制止崔浩呢？在与崔浩一荣俱荣一损俱损的情况下（起码当时应该是这样），难道他能够预见到未来自己能侥幸逃脱被杀的命运？2、国史之狱，诛杀的大多数人是崔浩的宗族，而真正的著作者并不全被诛杀（当然也诛杀了一些郎官掩人耳目），那么，在没有被诛杀的《国史》的另一个主要著作者高允的传中故意引出一段故事，难道不是欲盖弥彰地试图说明高允之所以没有被杀的原因吗？《魏书》的作者力图证明一点，即崔浩是因为《国史》一事而被杀，但又不得不面对一个无法自圆其说的客观情况，那就是负责具体写《国史》的高允却没有被杀，《高允传》里的故事恰恰就是为了弥补这个缝隙。3、但是，还是有些许的马脚，即：《高允传》大段描述了高允与拓跋焘及拓跋晃之间的对话，但当崔浩前来的时候，却只说拓跋焘询问崔浩，崔浩“惶惑不能对”！假如拓跋焘的质问仅仅涉及的是《国史》问题，以崔浩顶尖的口才，岂能张口结舌？但假如还有别的原因，在铁证面前，崔浩无法应对，倒不无可能。另外，拓跋焘究竟问的什么？史书在叙述高允对话的时候不惜洋洋洒洒，而在谈及问题实质的时候却惜墨如金，这同样不是无意为之。为了说明拓跋焘派人询问的还是《国史》问题，魏收还不惜加了一句，“高允回答得有条有理”！同时，将国史案的主要细节都放到《高允传》里说，还为涉及到拓跋焘询问崔浩可以略写提供一个充分的理由——毕竟崔浩在《高允传》不是传主嘛！三是为了让高允的故事得以丰满，《魏书》还设计了一个叫辽东公翟黑子的人。翟黑子，我们没有发现他的传记，也不知道他是何方神圣，史书说，这个人深为拓跋焘宠信，曾出使并州，收受了一千匹布帛的贿赂，后被人揭发。他询问高允怎么办，高允建议他向拓跋焘承认错误，如实回答，而中书侍郎崔览、公孙质等人却建议他隐瞒下来。翟黑子对高允很生气，说：“按你说的，不是让我死吗？你怎么如此不正直！”结果，翟黑子听了崔览等人的话，没有如实向拓跋焘坦白，被拓跋焘疏远，并最终被杀。说了这件事以后，史书接着说，在崔浩被处死后，拓跋晃埋怨高允：“人要懂得见机行事，不知道见机行事，读那么书又有什么用？当时我都给你提示了，为何不听从我的话，让皇上如此恼火？每当想到此事，我都是心惊肉跳的。”高允回答：“我是东方的粗野书生，本无意当官，因缘际会当了官。史书是帝王的事迹的如实反映，是让后世借以知道当今的，君主的言行都加以记录，因此，君主都很谨慎。但是，崔浩蒙受皇上非同寻常的礼遇，却辜负了皇恩，自取灭亡。看看崔浩的所作所为，也不是没有缺点：崔浩不过是蓬蒿之才，却担负着栋梁之用，在朝廷上没有正直敢言的节操，退朝没有雍容随和的名声，心存私欲，不太廉洁，因个人的爱憎，丧失了公理，这都是崔浩的过错。至于说撰写史书，是记录国家的得失，也是写史人的责任，不必过多的避讳。可是，臣与崔浩同为一事，生死荣辱，理应相同，我的确是受殿下再造之恩，违背我的真心苟免性命，这不是我的本意。”高允后来对人说，我之所以没有听太子的指示，是恐怕辜负了冥冥之中的翟黑子。
但是，这里还有几个疑问：1、翟黑子纳贿一事，既然要向拓跋焘隐瞒，他竟然还要广泛征询包括高允在内的诸多大臣们的意见，他疯了？这符合常理么？2、崔浩与太子拓跋晃矛盾重重，作为太子亲信的高允究竟在这场斗争中充当什么样的角色，实在是令人生疑。