其次，有计划地诛杀自己的兄弟们。拓跋焘共有6个兄弟，二弟乐平王拓跋丕、三弟安定王拓跋弥（早死）、四弟乐安王拓跋范、五弟永昌王拓跋健、六弟建宁王拓跋崇、七弟新兴王拓跋俊。拓跋焘的这些兄弟们在其父去世前一年与拓跋焘一起被封王，拓跋焘继位后，他们为北魏政权立下了汗马功劳，随着拓跋焘儿子们逐渐长大，这些年富力强的叔叔们将直接威胁到帝国未来政局的稳定，于是，拓跋焘从太平真君二年开始，即有计划地削弱他们的权力，直至从肉体上消灭他们。他先从幼弟拓跋俊开刀，据史书称，拓跋俊年少善骑射，且多才多艺，但年长以后，却好酒色，经常违反法律制度，太平真君二年三月，拓跋焘将他的爵位降为公。拓跋俊的母亲在此之前因得罪拓跋焘而被处死，拓跋俊十分气愤，阴谋发动政变，事泄被杀。《魏书》关于拓跋俊及其母亲的死因，语焉不详，令人生疑，更让人迷惑的是，就在拓跋俊死后五个月，他的五哥永昌王拓跋健也去世了，死因不详，史书仅称“卒”，既没有说赐死，亦没有说病死，但《魏书》这种表述在很多时候与“以忧死”一样都是被杀的代名词。永昌王拓跋健“姿貌魁壮，所在征战，常有大功。才艺比陈留桓王（拓跋虔）而智略过之。” 拓跋健为抚军大将军，刚刚都督诸将从西征秃发保周、沮渠无讳的前线凯旋回来，就这样不明不白地死掉了。也许真实的情况是：拓跋健和拓跋俊都很有才能，尤其是拓跋俊不把拓跋焘放在眼里，经常犯法，这让拓跋焘深为忌惮，借口将二人诛杀了。拓跋焘刚刚扫清了北方群雄，就将屠刀伸向了自己的兄弟们了。

三是解除旧臣的兵权。俗话说兔死狗烹，太平真君元年，拓跋焘已经统一了北中国，旧有功臣集团形成了庞大的利益集团，只有排除这些旧臣，才能培养一个新的以太子为核心的新贵集团。太平真君四年（公元443年，即元嘉二十年）十一月，当他下诏命令皇太子拓跋晃协助处理国家事务，统领百官的同时，还委婉地说：“诸位功臣出力时间长了，一律不再担任官职，按原有的爵位退休回家，随时听候我的召唤，到宫中与我欢宴，畅谈治国之道，提出治国良策，不宜再担任繁重的职务；命令另外选拔贤能的人才到朝廷担任百官。” 拓跋焘的这次杯酒释兵权，看似稀松平常，但实际上是一场大规模的变革。

我们从这一时期北魏朝堂上的人事变化，更能清晰地把握住拓跋焘的行事脉络。据万斯同《魏将相大臣年表》，太平真君元年，北魏将相大臣如下：太宰杜超（拓跋焘舅舅）、太保卢鲁元、司徒崔浩、司空长孙道生、骠骑大将军拓跋丕、卫大将军拓跋范、抚军大将军拓跋健、辅国大将军拓拔崇、镇军大将军拓跋俊、万骑大将军奚斤、征西大将军拓跋素、镇西大将军楼伏连、征北大将军来大千、镇东大将军拓跋浑、拓跋提、尚书令刘洁、尚书右仆射兼中领军屈恒、中书监穆寿、中书令仇洛齐、侍中张黎、李盖、中护军兼秘书监伊馛。卢鲁元，是拓跋焘当太子时的旧人，他忠诚勤勉，恭敬尽力，在讨伐赫连昌之战中，他与拓跋齐一起随拓跋焘闯入统万城，幸赖两人保护，拓跋焘才脱险。他一直深受拓跋焘的信任，可以出入拓跋焘的卧室，拓跋焘也是不出十天总要去卢鲁元家看望。为了见面方便，拓跋焘特意在皇宫门前赏赐给卢鲁元一座宅院，卢鲁元的衣服、车马，都是备用的御用之物。杜超、崔浩、长孙道生、刘洁等人不再多说，常山王拓跋素我们也说过，是拓跋遵的儿子。楼伏连，是拓跋珪时代的老臣，如今镇守统万城。奚斤资格比楼伏连还老，时年已72岁了，拓跋焘赏赐给安车（一匹马拉的、车厢内有座位的车子）上朝。来大千，是拓跋珪创业之时的功臣来初真之子，他骁勇果敢，在拓跋嗣时代，为中散大夫，一次拓跋嗣打猎，一只猛虎站在岩石之上，来大千挺枪直前，老虎应手而死。因来大千熟悉北方边境，拓跋焘任命其镇抚六镇，以防备柔然。拓跋浑是拓跋珪的第三子拓跋熙的次子，过继给叔叔拓跋连为后，与拓跋焘为堂兄弟关系，拓跋浑擅长射箭，射飞鸟百发百中，一天能射死五十只兔子，拓跋焘对他非常赏识，常作为亲随，后任命为镇东大将军，镇守和龙。拓跋提是拓跋珪第四子拓跋曜的长子，他与父亲拓跋曜一样也是武艺绝伦，拜为镇东大将军，镇守平原。屈恒，是拓跋珪灭后燕后较早归顺的汉族士大夫屈遵的孙子，辅佐了拓跋焘祖孙三代，为拓跋晃的太子少傅，他处事公道，深得拓跋焘的信任，拓跋焘出征，他总是留守京师，与卢鲁元二人都被拓跋焘赏赐豪华住宅。仇洛齐，是卢鲁元的舅舅。卢鲁元与仇洛齐的故事简直就是一部传奇，也反映了大动乱时代人们的真实生活，不妨说说：仇洛齐本来姓侯，他的外祖父仇款，在石虎末年从关中被迁到枋头，后在前燕任乌丸护军、长水校尉，仇款生了两个儿子：长子仇嵩、次子仇腾。仇嵩的大女儿非常漂亮，石赵灭亡后，被收入冉闵的宫中，冉闵很快被前燕慕容儁所灭，她又转入慕容儁的宫中，被慕容儁赏赐给卢豚，生下了卢鲁元。仇嵩后在慕容垂后燕为官，又从枋头迁居中山，仇嵩又生下两个儿子：仇广和仇盆。侯洛齐生下后天生是个阉人，他的大舅仇嵩就将他收为养子，所以改姓了仇。卢鲁元富贵之后，知道自己的外祖父仇嵩已经去世，家中只剩下三个舅舅：仇广、仇盆和仇洛齐。当时，河北士大夫都不愿在北魏朝中为官，仇广和仇盆都不去平城，只有仇洛齐说：“我既是养子，又是阉人，我去给两位哥哥试试祸福。”就骑着毛驴去了平城。卢鲁元得知舅舅将至，带领一百多人骑马前往桑干河迎接，见到仇洛齐后，卢鲁元倒地下拜，一百多人也都纷纷叩头拜见。卢鲁元入宫见到拓跋焘后，拓跋焘询问仇洛齐的才能如何，将授予他官职，卢鲁元回答：“臣的舅舅不幸天生是个阉人，只能为陛下守卫内廷了。”而隐瞒了仇洛齐只是自己的养舅舅这一节。拓跋焘听了，心生怜悯之情，当即赏赐给仇洛齐奴婢和马匹，并予以接见，不久，就拜为武卫将军，赐爵文安子，晋升为给事黄门侍郎。仇洛齐来自民间，他深知基层的实际情况，北魏初年国内隐瞒户口的很多，前燕灭亡后，河北绫罗户（手工业者，具有一定技能，国家在赋税方面有优惠）乐葵请求将国家遗漏登记的户口纳入绫罗户中，绫罗户不属州县管理，赋税较少，于是，大量逃亡人户千方百计登记为绫罗户，造成国家税收的大量流失，仇洛齐上书将绫罗户也划归郡县统一管理，杜绝了这一漏洞。北凉平定后，仇洛齐因功被破格提拔为散骑常侍，加中书令，宁南将军。李盖，史书无传，当为太武帝《御射碑》中所称的“次飞督安熹子李盖”。张黎也是三朝元老，史称“清约公平，甚著声称”，这在魏初非常难得。伊馛本是一员武将，在平凉之战前因独与崔浩意见相同而受到拓跋焘的青睐，拓跋焘原本打算拜他为尚书，封郡公，伊馛很谦虚地推辞道：“尚书事务繁多，郡公爵位很高，不是象我这样的年轻人能胜任的，还请陛下收回对我过多的关爱。”拓跋焘问他想当什么官，他说：“中书省和秘书省里知识分子比较多，如果陛下垂恩，我愿意去那里。”于是，拓跋焘认为他很贤能，就任命其为中护军兼秘书监。