刘穆之的死讯传来，刘裕惊得目瞪口呆，半天说不出话来，继而，他老泪纵横，失声痛哭。刘穆之的死，不仅让远在长安的刘裕震惊悲痛，而且也让建康的留守政府全体人员一下子都失去了主心骨，显得非常担心，当时，就有人建议由皇帝下诏以徐羡之接替刘穆之的职务，张邵却建议说：“如今局势的确危急，而且徐羡之肯定会接替这一职务，但是，世子无权擅自发号施令，此事还是要派人速去长安，征询大人意见以后再定。”刘裕复命说：“朝廷和大府中的事务，都要咨询徐羡之，其余事务要禀报。”长期以来，刘穆之是刘裕的最为贴心的心腹，刘裕北伐，将自己的整个后方都交给了刘穆之管理，如今，江南再没有一人能够比得过刘穆之在刘裕心中的地位，有刘穆之在，刘裕完全可以放心朝廷中的一切，现在，刘穆之去世了，即使是徐羡之，刘裕也并非百分百地信任，况且，刘裕的儿子们如今都未成年，世子刘义符也才年仅12、3岁，这如何能让他不担心？刘裕让朝廷下令任命徐羡之为吏部尚书、建威将军、丹阳尹，甲仗二十人出入皇宫，暂时管理后方事务，稍后，又晋升他为尚书仆射，建威将军、丹阳尹不变。虽然徐羡之接替了刘穆之的职位，但是，刘裕指示，过去一些刘穆之自己就能决断的朝廷大事，都要上报刘裕以后才能施行，刘穆之生前前将军府中的两万多部队，除了三千人划归徐羡之的建威将军府以外，剩余的一万七千人全部划归世子刘义符的中军将军指挥，刘裕所作的种种部署，都显示了他对建康局势的担心和不安。

刘裕集团中只有一个人对刘穆之的死是眉开眼笑，此人就是谢晦。谢晦，是谢安的二哥谢据的曾孙，被杀的谢混、与刘裕结亲的谢裕都是他的叔伯辈，他又是“小谢”谢眺的叔伯辈，与“大榭”谢灵运是堂兄弟。谢晦是个美男子，眉目如画，头发黑漆发亮，爱说爱笑，刘裕非常信任，北伐期间，一直随军负责军中事务。刘穆之生前向刘裕禀报后方事务，谢晦总是提出不同意见，消息传回建康，刘穆之不禁大怒，威胁道：“看你还回来不回？”刘裕打算任命谢晦为从事中郎，征询刘穆之的意见，刘穆之坚决不同意，因此，谢晦一直得不到升迁。刘穆之的死讯传来，刘裕悲痛欲绝，当时，谢晦正在值班，他非常高兴，专门进入刘裕的房间探听消息是否可靠。当天，刘裕即下令任命他为从事中郎。

刘穆之的死，立即让刘裕陷于两难境地。当时晋军在关中地区声威大震，流落在陇西乃至凉州的汉族军民对晋军都是翘首以盼，经营关中，继而出兵赵魏地区，此时是一个千载难逢的良机，然而，江南刘穆之死后，却是危机四伏：司马氏皇族的残余势力还四处煽风点火，司马楚之、司马顺明、司马道恭等人屯聚在汝河、颍河之间，刁雍则扰动青州，北魏时时窥伺淮北地区，彭城承受了巨大的压力，一旦彭城丢失，不仅北伐军的归路被切断，而且，淮河两岸将落入敌手，威胁到长江防线。北方如此，南方也让人担心，就在刘裕驾临长安之际，广州刺史谢欣病死，东海人徐到期趁机纠集不法之徒，攻陷了广州，诛杀一百多人，然后，出兵始兴（广东省韶关市），被时任始兴相的刘谦之击败，刘谦之乘胜南下，夺回了广州，东晋朝廷即以其为振威将军、广州刺史。刘谦之就是刘裕在讨伐司马休之时屯兵三连、被鲁轨所杀的刘虔之的兄弟。除了外部压力以外，朝廷内部也不能令人完全放心，一则是长期的军事行动，给江南民众带来了巨大的压力，不少人铤而走险，啸聚山林；二是当地的地方官不少还是刘裕起义时的功臣，这些人出身武将，缺乏治理百姓的经验，但却往往既贪婪，又强横，让本已非常危险的江南的治安局势，又雪上加霜；如果江南民众反叛力量形成气候，一旦建康出现意外，刘裕即使率领大军回到江南，根本已经失去，极有可能重蹈关羽走麦城的覆辙。于是，刘裕思前想后，终于决定率军东归。

在决定回师之前，刘裕对自己东归以后关中地区的防务进行了部署：以自己的次子、时年12岁的桂阳公刘义真为都督雍州、梁州、秦州三州诸军事，安西将军，领雍州、东秦州二州刺史，留下北伐军的众多名将辅佐刘义真：以太尉谘议参军王修为长史，以王镇恶为司马、领冯翊太守，以沈田子为安西将军中兵参军、龙骧将军、始平（陕西省彬县）太守，以毛德祖为安西将军中兵参军、领秦州刺史、天水（甘肃省天水市）太守，以傅弘之为雍州治中从事史。当时，上邽已经在西秦之手，毛德祖不过是遥领天水太守，而东秦州的治所就在长安，成立东秦州，不过是为了安抚陇上的汉族民众，消息传来，当地民众都知道晋军不可能再西上了，都叹息失望。

王镇恶的祖父王猛在关中人的心目中享有很高的威望，并且，王镇恶在伐秦之战中，占领了长安，立下大功，因此，江南的将领们都对王镇恶非常猜忌，况且，王镇恶进入长安以后，过于贪心，也令众人不满。沈田子蓝田之战一区区小股部队战胜秦军，打乱了秦军的部署，可以说，两人的功劳是难分伯仲，因此，刘裕赞扬二人的时候，曾说过几乎相同的话。不过，毕竟是人家王镇恶攻占了长安，位居首功，所以，沈田子一直心中不服，与王镇恶关系恶劣。刘裕将要东归的时候，沈田子、傅弘之屡屡对刘裕进言说：“王镇恶的家就在关中，难保他的忠诚。”刘裕回答：“如今留下你们率领一万精兵，他如果敢于作乱，只能自取灭亡，你们不要多说了。”刘裕私下对沈田子说：“钟会之所以作乱未遂，正是有卫瓘的缘故，俗话说：‘一头猛虎，也敌不过一群狐狸。’你们有十余人呢，岂能害怕一个王镇恶？”