在进军途中，刘裕还提前给北魏明元帝拓跋嗣奉上借道的恳求信。拓跋嗣接到了刘裕的书信以后，即召开高级别会议商讨对策。北魏群臣均认为：“潼关天险，一夫当关万夫莫开，刘裕以水军步兵前去进攻，将十分困难。假设我军对其背后发起攻击，晋军想回去都难。如果晋军以水军渡过黄河，向北进攻我国，则非常容易。因此，我们判断，刘裕对外宣称是去讨伐秦国，但其真实意思却不一定。况且，秦国和我国是婚姻之国，不能不救啊。不可放纵了敌人，应当发兵切断黄河上游，阻止晋军西进。”拓跋嗣又将外朝的意见拿到内朝商议，结果与外朝一致。拓跋嗣将要听从，此时担任博士祭酒的崔浩却表示反对。我们知道，崔浩是崔宏的长子，字伯渊，崔浩博学多才，深通易经、洪范五行，而拓跋嗣又喜欢占卜术数之学，因此，对崔浩非常信任，而崔浩的占卜也十分灵验。一次，拓跋嗣在后宫发现了一只兔子，遍询众人均不知兔子是从何处而来，于是就让崔浩推算吉凶，崔浩认为，这是邻国将要送上嫔妃的兆头，不久，后秦姚兴果然将西平公主嫁给了拓跋嗣；后秦姚兴去世前一年，太史令上奏火星突然不见了，有人说这预示着国家将有大的灾难。而崔浩却说：“根据《春秋左氏传》的记载，‘神降于莘，其至之日，各以其物祭也。’推算火星不见的日子，在庚午日的晚上，辛未日的早晨，而庚与未，都是指秦地，辛也指西夷。如今姚兴占据咸阳，火星进入秦国了。”大家听了，都一脸愤怒反对道：“天上星星不见了，你却说下到了地上，这简直是胡说八道。”崔浩但笑不语，不久，果然火星出现在东井星域（古人对应为秦地），后秦赤地千里，第二年姚兴病死，于是，大家这才叹服。此时，崔浩对拓跋嗣说道：“阻止晋军西进，这不是上策啊。司马休之等人骚扰晋国边地，刘裕切齿痛恨很久了。如今，刘裕趁着姚兴刚死，姚兴诸子无能，发军讨伐，臣观察他的目的就是入关灭秦。刘裕乃强硬暴躁之人，不会顾及后患。现在我们假设阻止晋军西进，刘裕肯定会率军上岸入侵我国，如此以来，姚泓就太平无事了，我们反而受到攻击，这是代人受敌。如今柔然不断南下骚扰，国内百姓饥馑，不可出兵。如果与晋国交恶，那么，我发兵南下，则柔然就会进攻我北方，如果救援北方，则我太行山以东之地就危险了。不如答应刘裕，让晋军西进，然后，发兵堵住晋军东归之路，这就是所谓的‘卞庄刺虎，两得之势’。假设刘裕取胜，肯定会对我借道之举心存感激；假设后秦胜利，我国也因为阻塞了晋军后退之路，而不会丧失救援亲邻的好名声。退一步讲，即使刘裕得到了关中，与江东距离遥远，很难固守，关中终当是我们的。如今，不用使用军队，而坐观秦晋双方的成败，这是上策。为了国家的利益决定国策的取舍，岂能顾及婚姻而答谢秦国送来一个女子的恩惠呢？即使我国愿意抛弃恒山以南的地区，刘裕也不可能发动江南之兵，与我们争夺黄河以北的，这非常明显。”崔浩的论断主要有五：一是刘裕此次出兵的目的不是北魏，而是后秦；二是不可代人受敌；三是一旦与晋军交恶，势必陷于南北交战的不利局面；四是借道刘裕，刘裕将会对我感激；五是吴越之军不可能与我争夺黄河以北。其实，崔浩所言均是似是而非之论，他判断刘裕此次北伐，目的是后秦，是基于后秦庇护司马休之等人，这当然是刘裕伐秦的原因之一，但并非全部；刘裕北伐的第一个目标固然是后秦，但此次北伐刘裕的最终目的也并非后秦一国，在后来灭亡后秦以后，刘裕也曾想驻军关中，经营赵魏（山西、河北一带），也就是说，刘裕采取的是各个击破的办法。不可代人受敌之说同样如此，当时的后秦已经四面楚歌，没有北魏的全力援救，势难独存，后秦灭亡以后，同为异族的拓跋魏国，还将面临东晋的打击。其三，南北两线作战的危局。刘裕北伐并未、也不可能与柔然协同，不过，假如双方发生持续时间较长的战斗，这一情况就有可能出现。第四，关于给晋军借道，刘裕会感激借道之惠。崔浩的原话是：“假设刘裕取胜，肯定会对我借道之举心存感激；假设后秦胜利，我国也因为阻塞了晋军后退之路，而不会丧失救援亲邻的好名声。”这句话是崔浩为了论证自己前面的正确性的，但这句话本身就不全面，只说出问题的一方面，而有意无意地遗漏了问题的另一方面，只说假如刘裕取胜，感激借道，但没有说刘裕对其后魏军又阻塞晋军的退路的态度，只说假设后秦胜利，因北魏阻塞了晋军退路而感激，却没有说前此魏国给刘裕借道会如何。同样的，这句话如果只说问题的另一方面，将会是这样的：“假设刘裕取胜，肯定会对我阻塞其退路，怀恨在心；假设后秦胜利，我国也因为给晋军借道，而落下坏名声。”最后一点，崔浩称吴越之军不可能与魏军争夺黄河以北，这更是似是而非之论，全无根据。那么，为何聪明的崔浩要这样说呢？不少学者经过研究认为，身为汉族的崔浩从内心深处并不愿在异族朝廷为官，他是在存心帮助刘裕，吕思勉先生就持有这一观点。

不过，当心无定见的拓跋嗣将崔浩的意见再次交付群臣讨论的时候，北魏群臣一致认为：“刘裕假如真的西入函谷关，晋军将进退两难，腹背受敌，这再明显不过了，而刘裕渡河北上，后秦军队肯定无力帮助我国。由此推断，刘裕谎称西进，而其实是为了北上进攻我国，这是形势的必然。”于是，明元帝拓跋嗣拒绝晋军借道，下诏命令司徒、相州刺史长孙嵩持节，都督山东（太行山以东）诸军事，前往平原（山东省平原县境），沿着黄河北岸构筑堡垒，驻军畔城（山东省聊城县附近），与驻守此地的晋北青州刺史向靖相持。同时，明元帝还命令振威将军娥青、冀州刺史阿薄干率领十万步骑驻扎在黄河北岸，以防备刘裕大军。《宋书·朱超石传》称，冀州刺史是北魏安平公乙旃眷（即叔孙建），阿薄干是青州刺史。

魏国已经明确拒绝了刘裕的请求，刘裕将如何应对？此时，在潼关城下的晋军前锋部队开始断粮，王镇恶等将心急如焚，派出快马向刘裕告急，刘裕将使者喊到船上，他推开船舱的北面窗户，指着北岸的魏军，对使者说：“我给他们传话说不可轻率前进，你们不听我言，如今，北岸是如此情形，我怎能给你们派去部队？”不论与魏军是战是和，此时的刘裕均不能分军，也无法分军西上，给王镇恶等人送去粮食。他在考虑如何对付面前棘手的魏军，好在是魏军暂时尚未渡河南下的意图，这说明，起码到目前为止，魏主尚无主动与晋军决战的决心，基于上述考虑，晋军最佳的应对办法就是继续西上，不主动进攻魏军，但是，一旦分军，也许会开启魏军的野心。等不到刘裕大军支援的王镇恶所部，为了解决粮荒，王镇恶亲自来到弘农（河南省灵宝县），动员当地百姓，向晋军捐献粮食，当地百姓深受感动，纷纷捐献，晋军的粮食问题暂时得到了解决。

三月八日，刘裕的舰队从清河进入黄河，魏军数千骑兵在黄河北岸随着晋军舰队一起西行，由于黄河波涛汹涌，晋军又是逆水而上，每条战舰都由士兵们在南岸上用一百多丈长的缰绳牵引着前进，有时候，遇到水流湍急之处，或者天上突然刮起大风，牵引战舰的缰绳突然折断，战舰失去引力，往往随波逐流，漂到对岸，战舰上的晋军士兵总是被魏军斩杀或者俘虏，抢掠船上的物品。针对魏军的挑衅行为，刘裕决定让他们尝尝厉害，但是，派出的晋军刚刚登上北岸，魏军就飞马退去，跑得无影无踪，而晋军刚一上船，魏军又卷土重来，反复多次。看到魏军如此嚣张，激怒了晋宁朔将军胡藩，他率领十二名亲随乘坐小船，径直划向北岸，魏军五六百骑兵见此情形，都相视哈哈大笑。胡藩素来善射，这十三名勇士登上北岸以后，胡藩即张弓搭箭，一连射杀了十几名北魏骑兵，剩余魏军均仓皇而退，胡藩将魏军掳掠的财物又都找了回来。

四月，东晋太尉刘裕命令白直队主丁旿率领七百名猛士，带着一百辆战车，来到黄河北岸，距离河水一百多步，构筑一个却新月阵型，阵型的两端伸向河岸。每辆战车上有7名甲士，部署完毕以后，刘裕下令新月阵中竖起一杆白色羽毛大旗。白直，是指没有月薪的小吏，白直队，是在士兵中精挑细选的精锐武士所组成的卫队，丁旿，就是那位拉杀诸葛长民的刘裕的贴身卫士长。

刚开始的时候，魏军看到数百晋军拉着战车上岸，都不明白晋军到底要干什么，因此，没有立即发起攻击。新月阵构筑完毕以后，刘裕看到阵中白色羽毛大旗竖立了起来，只见他一声令下，宁朔将军朱超石率领两千多人飞也似地进入阵地，他们携带了一百多张机械大弩，每辆战车上也随之增加了二十人，瞬间就在车上竖起了防御彭排（即大盾）。魏军看到晋军瞬间建立起了滩头阵地，赶忙发起进攻，朱超石下令先用弱弓小箭射击，魏军见此情形，以为晋军兵少武器装备不行，就从四面八方向新月阵地扑来。与此同时，北魏司徒长孙嵩也率领三万骑兵从平原赶到，于是，魏军肉搏攻击晋军阵营。当魏军接近晋军营垒以后，晋军突然拿出连发的机械大弩，射杀了大量敌人，但是，终因敌人人数太多，即使那一百张大弩，也无法压制住蜂拥而上的敌人。朱超石的军中提前预备有大铁锤和一千多条丈八蛇矛，这时，他下令将丈八蛇矛全部切割成三四尺长的短棒，然后用铁锤将其砸成锋利的刀片，将其安装在机械大弩上，一发而去，就能洞穿三四个人的胸脯。这样以来，晋军终于打退了魏军的进攻，并阵斩了阿薄干，于是，魏军退还畔城。朱超石又率领宁朔将军胡籓、宁远将军刘荣祖（刘裕表侄、刘裕姨表兄弟刘怀慎庶长子）等众将乘胜追击，又被魏军重重包围，晋军人数不足五千，并且都是新入伍的战士，但是，在众将的激励下，晋军浴血奋战，整整苦战了一天，斩杀上千敌人，魏军这才退去。晋军凭借着“却月阵”以区区二千余人竟然击败了数万魏军，一战打出了晋军的威名，猛将朱超石、胡藩等人之名也让魏军闻风丧胆。稍后，刘裕又派遣振武将军徐猗之率领五千人进攻越骑城（今地不详），魏军骑兵包围了徐猗之部，朱超石领兵增援，魏军听说朱超石前来，不战而逃。胜利以后，刘裕设宴犒赏三军，他对刘荣祖说：“爱卿以少击众，在你的进攻面前不存在坚城，虽古之名将，也比不过啊！”当即晋升其为太尉中兵参军、加建威将军。

魏主拓跋嗣听到前方的败报，这才后悔没有听从崔浩之言，于是，下诏不再与晋军纠缠，允许晋军借道西去。