概况起来，刘裕北伐的有利条件很多，大致有以下几点：一是刘裕已经完全控制了内部；二是后秦已经四面楚歌；三是东晋已经控制青州多年，可以以此为战役发起地，给部队提供后勤补给。而刘裕实施北伐的理由则大致如下：一是建立更大功业、为实施篡位打牢基础。这当属刘裕这次北伐的一个核心目的，东晋偏安以来，权臣们实施了数次北伐，但其目的大多与提高个人威望相联系，将北伐的胜利作为自己攫取更大权力的砝码，这次刘裕也不例外。虽然目前刘裕已经剪除了东晋内部的各个异己势力，但是，建立这种“功业” 更多的是带着满足个人私欲的色彩，多多少少欠缺了那么一点正义性，而消灭异族国家、恢复中原则更多地能够得到广大基层民众的拥护，为下一步的篡位做好铺垫。二是伐秦的条件已经成熟。国内，刘裕已经消灭了大部分的异己势力，放眼望去，东晋朝堂之上几乎全部是自己一党，国外，北魏帝国连年旱灾，遍地饿殍，各地叛乱不断，尤其是在义熙十一年三月，在北魏并州的上党地区又爆发了河西饥饿的胡人叛乱，他们推举胡人白亚栗斯为单于，改元建平，以司马顺宰为谋主，四处出击，侵扰北魏的河内郡，四月，明元帝拓跋嗣命令公孙表等五位将领率军前去讨伐，并叮嘱如果进击，要事先与后秦的洛阳守将通报，以便秦军防备黄河南岸，不久，胡人又废黜白亚栗斯，另立刘虎为率善王，公孙表等人以为胡人内部发生矛盾，于是，擅自出军进击，部伍不整，遭到惨败。在刘裕决定北伐之前，北魏上党胡人的叛乱已经持续了一年之久，北魏明元帝正为此事焦头烂额，无暇与晋军争锋，这是北魏的局势；后秦的局势更是岌岌可危，截止刘裕北伐之前，后秦帝国关中地区的疆域已经仅剩长安附近的几个重镇，虽然关东地区因为秦魏和亲，并与东晋没有发生较大规模的战争，疆域尚没有缩水，但是，中原地区饱经战乱，人烟稀少，后秦军队实力并不强，也都是龟缩于若干个军事要点，便于被各个击破。三是必须尽快解决以司马休之为首的东晋流亡皇族。流亡的司马氏皇族虽然难于有大的作为，但是，却是与刘裕争夺人心的一面旗帜，这些人都与刘裕有着深仇大恨，对于刘裕篡位的威胁也不容小觑。除此而外，借出师之机，大肆提拔亲信，诛灭司马氏皇族成员，也是刘裕此次北伐中需要做的事。

当刘裕与群臣商议北伐事宜的时候，东晋群臣大多揣摩不透刘裕的心思，纷纷劝谏，只有徐羡之缄默不语，有人问徐羡之何以不劝阻，徐羡之回答：“我的官位已经到了二品，官职也高居二千石，对此我已经心满意足了。如今益州、南燕业已被我朝平定，国家开拓了上万里的国土，只有后秦尚未被消灭，而大人却废寝忘食，念念不忘。大人的心思非同寻常，我等岂可轻率介入！”

刘裕没有听从群臣的建议，其实，他早已内断于心了，咨询群臣也不过是个形式而已。早在去年年初刘裕平定司马休之以后，就已经为下一步对后秦的讨伐做准备了，一个重要的信号就是：在讨平司马休之以后，刘裕即免去了益州刺史朱龄石的职务，将其召回自己的身边，任命为太尉咨议参军，加冠军将军，而以朱龄石的司马沈叔任接任益州刺史。刘裕此举就是为自己北伐做的一个准备，其主旨是：将背景复杂的朱龄石调回朝廷，而以名望较低的沈叔任担任益州刺史，以免在晋军实施北伐的时候益州发生动乱。除此之外，在北伐前夕，刘裕还进行了一系列令人眼花缭乱的安排，目的就是在北伐军北上以后，确保后方的稳定。一是命令司马氏皇族人员随军北上。刘裕指示司马德文上书皇帝，“主动”请缨，要求随军，拜谒洛阳皇陵，晋安帝当然同意了；与司马德文一样，其他让刘裕不放心的司马氏皇族子弟，也都被刘裕以各种名目罗致到太尉府中，一起随军北上。见诸史料的有太常、梁王司马珍之、吴兴太守司马珣之，司马珍之和司马珣之都是司马氏皇室中的翘楚，深为刘裕所猜忌，北伐前夕，刘裕将两人都招聘为谘议参军。不久以后，就随便找了个借口，诛杀了二人。二是妥善安排后方。带走了司马皇室子弟，建康城内的傻瓜晋安帝司马德宗当然难以兴风作浪，然而，后方的安全依然不能掉以轻心。刘裕进行了一系列的人事安排：留下世子刘义符为中军将军，全权负责太尉府的工作；将刘穆之提拔为尚书左仆射，具体负责后方的军政事务，甲仗五十人入殿，入居东城，刘裕还给刘穆之的前将军府留下了两万人马，史称：“穆之内总朝政，外供军旅，决断如流，事无拥滞。宾客辐輳，求诉百端，内外咨禀，盈阶满室，目览辞讼，手答笺书，耳行听受，口并酬应，不相参涉，皆悉赡举。又数客昵宾，言谈赏笑，引日亘时，未尝倦苦。裁有闲暇，自手写书，寻览篇章，校定坟籍”；曾经在刘毅与刘裕对决中坚决站在刘裕一边的张邵，听说北伐的消息，请求拜见刘裕，他见到刘裕以后问道：“世事无常，凡事应当深谋远虑。假如刘穆之在后方有个三张两短的，谁能代替他？大人已经建立了此等家业，一旦出现闪失，将如何是好？”刘裕回答：“这事就托付给刘穆之和你了。”也就是说，让张邵作为刘穆之的副手。其实，刘穆之还有一个副手，那就是徐羡之，刘裕给予徐羡之的官职是太尉左司马，主要掌管太尉留府的军事事务。留守的将领们主要有：任命北中郎将、姨家表弟刘怀慎为中领军、征虏将军，负责保卫皇帝；留下亲信将领蒯恩负责侍卫世子刘义符，史称，（蒯恩）“恩益自谦损，与人语常呼官位，而自称为鄙人。抚待士卒，甚有纪纲，众咸亲附之。”加封被召回的益州刺史朱龄石为左将军，配给部队，命令其负责政府的安全，刘穆之对其非常信任。另外，又将刘钟留下负责整个京师及其近郊的安全，增加了他的兵力，还允许他开府配备属官，同时，刘裕还不忘进一步拉拢刘钟，荆州刺史刘道怜给哥哥刘裕贡献三匹宝马，还配备有精美绝伦的乘具，刘裕将其全部赏赐给了刘钟的三个儿子们。这都是实权，刘裕走后，还需要装点朝廷门面的人，于是，他还任命袁湛兼任太尉，尚书范泰兼任司空。袁湛的祖父就是那位与桓温交好、善于赌博的袁耽，陈郡袁氏与同郡谢氏存在多重姻亲关系，袁湛的母亲就是谢安的侄女，而袁湛的妻子又是谢玄的女儿，因此，袁湛也是谢灵运的姑父。而范泰的祖父就是范汪，父亲则是范宁，范氏家族与庾氏、太原王氏都有着姻亲关系，范汪的舅家就是庾氏，而太原王国宝兄弟又是范宁的外甥，因此，范泰与王国宝兄弟是表兄弟关系，同时，范泰还有一个大名鼎鼎的儿子，那就是后来在刘宋王朝撰写了《后汉书》的著名史学家范晔。刘裕选择这两个人装点门面，主要是他们家族一则都是书香门第，二则与东晋各个门阀士族都有着千丝万缕的关系，三则都没有实权，不用担心他们会反叛。三是提前部署屯田，为北伐做好准备。据《宋书·毛修之传》记载，在刘裕北伐之前，就提前命令毛修之到芍陂，开垦了数千亩良田。

此外，刘裕还下书称：“我率先举义，兴复王室，建立大功，外平南燕，内灭奸凶，这都是国人齐心协力所致。如今，将讨伐后秦，弱子又留给众人辅佐，就拜托大家了。这些年来，军务繁多，刑罚不断，让我又增叹息。故此，下令判处五年以下有期徒刑的罪犯，全部予以赦免；文武官员任满未曾晋升的，按照规定一律予以提拔。”