刘裕的这支先头部队与荆州雍州部队在破冢（湖北省江陵县东南）遭遇。此时，荆州军队由司马休之之子司马文思率领，雍州军队则由鲁宗之之子鲁轨率领，初战告捷的荆州雍州部队利用高居岸上的地理优势，与刘裕军展开了殊死搏斗，徐逵之战败被杀，同时被杀的还有沈渊子和王允之。鲁轨乘胜进攻陈兵于堤坝下面的蒯恩所部，一时间，箭如雨下，喊杀声震天动地，形势对刘裕军十分不利。然而，身经百战的蒯恩镇定自若，他整顿军队，牢牢地守住阵脚，鲁轨多次率军发起冲击，都未能得手，这才知难而退。
当时，刘裕率领大军就驻扎在长江南岸的马头（湖北省公丨安丨县西北），与江陵隔江相望。当53岁的他惊悉女婿被杀的消息以后，勃然大怒，三月二十九日，他亲自率领全军向长江对岸江津发起总攻。江津岸边有高达数丈的陡峭山崖，司马文思、鲁轨率领4万荆州雍州联军依托陡峭的江岸，固守北岸，刘裕部队无法顺利登岸。眼睁睁地看到部队抢滩受阻，刘裕怒火中烧，他穿上铠甲，要亲自带头登岸，诸将纷纷劝谏，更让刘裕火冒三丈，一句话都听不进去。太尉主簿谢晦眼看刘裕真的要冲出去，他赶紧上前死死抱住刘裕，狂怒中的刘裕刷的一声抽出宝剑，指着谢晦说道：“我杀了你！”谢晦说：“天下可以没有我谢晦，但不能没有大人！我谢晦死了又能如何！”
就在这时，刘裕看到建武将军胡藩率领在四周逡巡，他高呼命令胡藩率军攀援而上，而胡藩看看高峻的山崖，面露难色，这让刘裕更为恼火，他立即传令左右，将胡藩拿来就地正法。而胡藩拒不接受命令，他回头对刘裕喊道：“我胡藩是来和敌人打仗的，宁可上前与敌人搏斗而死！没功夫接受教训！”
于是，他命人用刀尖在山崖上砍出一个个小洞，仅能容下脚尖，选拔勇猛之士攀援而上，就这样，胡藩所部渐渐地登上了山崖，登上山崖胡藩率军奋勇搏杀，后续部队渐渐跟上，荆州部队终于抵挡不住，向后退却。刘裕大军趁机发起猛攻，联军登时四散奔溃，遂攻克了江陵，司马休之、鲁宗之二人仓皇北逃，鲁轨则留守石城（湖北省钟祥市）。刘裕命令赵伦之、沈林子、蒯恩等，率军进攻鲁轨，命令武陵内史王镇恶率领水军北上追击司马休之等人。赵伦之是刘裕的亲生母亲赵安宗的弟弟，沈林子就是沈约的祖父。
王镇恶在消灭刘毅以后，即被任命为安远将军、武陵（郡治在湖南省常德市）内史，与张裕、檀范之一样都是刘裕安插在荆州的钉子，不过，与张裕和檀范之不同的是，在刘裕西上讨伐司马休之之前，王镇恶并没有弃郡而逃，而是向自己的上司司马休之报告说，武陵的山蛮向博抵根占据阮头（今地不详），请求派遣部队协助围剿，于是，司马休之派遣部将朱襄率军前往武陵。王镇恶此举，也许正是刘裕瓦解荆州部队的总体作战计划的一部分。当王镇恶听说刘裕大军已经西上的消息以后，对部将说：“百姓们均听说朝廷大军已经西上，那么，朱襄不仅不会帮助我们，相反，还会趁机攻击我们，假如朱襄与山蛮一起，里应外合，我军就危险了。”于是，他连夜率军乘船而下，一夜行数百里，回到了都尉治所。抵达以后，王镇恶即命令部队将大石头放到竹笼里，沉在江水中，阻挡朱襄水军，然后，将自己的部队埋伏在江水两岸，对朱襄所部发起了突然袭击，射杀了一千多人，并当场斩杀了朱襄。按照刘裕原来的计划，王镇恶在击破朱襄以后，应当迅速与朝廷大军会师，但是，由于王镇恶非常贪婪，他在兼并朱襄所部以后，并没有及时北上，而是留在武陵地区，趁机抢掠山蛮的财物，一直到刘裕取得了江津之战的胜利以后，王镇恶才率部到来。刘裕对此十分不满，没有马上接见他，王镇恶笑道：“等我见到大人以后，就没事了。”不久，刘裕登上江陵的城墙，传唤王镇恶，王镇恶口才很好，见过刘裕以后，一席话将自己没有及时赶到的原委说得合情合理，刘裕这才释然了。于是，命令王镇恶将功补过，率领蒯恩等将统领水师追击司马休之等人。
当初，司马休之上书朝廷，将雍州刺史鲁宗之和青州刺史刘敬宣都拉到了自己的阵营里，这不过是他的一厢情愿，也是为了瓦解刘裕阵营。不过，司马休之此举也的确让青州内部发生了一场危机。司马道赐是亲属关系非常疏远的一位宗室，担任刘敬宣的参军，听说刘裕西征以后，他即暗中与同僚辟闾道秀、左右小将王猛子等密谋发动政变，诛杀刘敬宣，以司马道赐为齐王，以辟闾道秀为青州刺史，割据齐地，响应司马休之。在事发前不久，刘敬宣曾与众人夜宴，空中落下一只三尺五寸长的草鞋，掉到刘敬宣的饭碗里，拿起一看，是一只被人穿过的旧草鞋，当时的人们都预感到将发生不祥之事。此事过后不久，刘敬宣召唤辟闾道秀密议一事，让众人都回避了，王猛子偷偷来到刘敬宣的背后，突然取下刘敬宣身上的佩刀，将其杀死。刘敬宣死时45岁。青州文武又将司马道赐、王猛子等人诛杀。《资治通鉴》称，司马休之与鲁宗之、新蔡王司马道赐等人逃往后秦云云，《魏书·司马休之传》也称，“休之与文思及德宗河间王子道赐……”逃往后秦云云，不仅两处爵位记载矛盾，而且，此司马道赐非彼司马道赐。
除了青州地区发生不稳，京师建康在刘裕大军西上以后，同样也发生了一丝骚动。数百叛乱群众趁夜偷袭冶亭守将刘钟的军营，刘钟将其击退，虽然击退了这股叛众，但是，京师却持续动乱，人心浮动，刘钟也因此被刘裕贬为建威将军。不过，建康和青州地区发生的这一插曲，并不能改变司马休之失败的命运。尽管司马休之深得江汉人心，但是老巢江陵丢失以后，彻底失败已经是迟早的事了。五月，赵伦之、沈林子又在石城再次击破鲁轨，司马休之、鲁宗之救援不及，于是，与鲁轨退还襄阳。当这一行人来到襄阳城下的时候，却发现鲁宗之的参军李应之关闭了城门，不让他们入城。五月十二日，司马休之、鲁宗之、司马文思、鲁轨、新蔡王司马道赐、梁州刺史马敬、南阳太守鲁范等人一起向北逃奔后秦。司马休之素来深得民心，荆州军民争先恐后地护送他们北去。刘裕部将王镇恶、蒯恩等众将率军追击，一直追到鲁阳关（河南省南阳市南召县东北、平顶山市鲁山县西南），没有追上，这才撤回。
姚成王和司马国璠的八千后秦骑兵并没有参加到荆州的战斗中，他们刚刚进抵南阳，就听到司马休之失败的消息，于是不战而退。司马休之等人来到长安觐见姚兴，姚兴询问道：“刘裕尊奉晋帝，岂能有什么不到之处？”司马休之回答：“臣下过去曾来到京师，琅邪王司马德文哭着对臣下说：‘刘裕对待主上非常刻薄。’以此推论，东晋社稷存亡还难以预料。”姚兴打算任命司马休之为荆州刺史，将帝国东南事务交付给他。司马休之坚决推辞，他请求与鲁宗之等人率军骚扰东晋荆州、淮河一带，于是，姚兴就任命其为镇南将军、扬州刺史。司马休之将要出发，侍御史唐盛对姚兴说：“根据谶书的记载，司马氏将会收复黄河流域。如果让司马休之离开京师，恐怕不再是我池中之物了，建议可以对其尊崇，不可将其放走。”姚兴回答：“假设真的如此，留在京师，反而会成为我们的后患。”于是，还是将这一行人送走了。