桓玄的个性喜欢苛察，以显示自己的聪明，臣下的奏疏出现一个错别字，桓玄都要一一指出，严加追责，曾经有一篇奏疏上误将“春蒐” 写成了“春菟”，自尚书左丞王纳之以下，只要是在奏疏上签字的人员，都受到了惩处。桓玄有时亲自指示值班的官员，指派最基层的官吏，诏令纷至沓来，下属应接不暇，然而说的均是小事，真正的军国大事，却丢在一旁，没有时间处理。与此同时，他又喜欢给人小恩小惠，在即位之初，桓玄就驾临听讼观亲自审理案件，罪行无论轻重，大多都被赦免，有些拦驾诉冤的，也大多得到抚恤。

桓玄即位之后，即下令整修皇宫，在施工期间，桓玄暂时居住在东宫。他下令增开东掖门、平昌门、广莫门以及宫殿的各门，均设计为三车道，又毁坏了晋室的小庙，以增加亭台楼榭。他还下令制造可以乘坐三十人的大轿车，由二百人才能拉动。桓玄酷爱打猎，一天能出去数次，因为他身体肥胖，不能乘马，又下令制作徘徊舆，可以前后左右转动。

晋安帝元兴三年，桓玄永始二年正月，桓玄册立妻子刘氏为皇后。刘氏，是西晋永嘉年间的豫州刺史刘乔的曾孙女，非常有见识。由于桓玄在即位之时，没有追尊父亲以上的曾祖，他询问群臣究竟该怎么办。散骑常侍徐广依据晋朝的规矩，建议应当设立七庙，而桓玄则因为自父亲桓温以上祖辈，名位不显赫，所以，不愿意追尊祖辈，他说：“根据礼记，三昭三穆，与太祖一起合为七庙，但是，太祖一定要处于祭祀的正中，三昭三穆分列两旁，所以说，礼记上说的三昭三穆都是指太祖以下的死者。另外，太祖面朝东，左昭右穆，假如按照晋朝的规矩，那么，宣帝司马懿就在昭穆之中了，不能处于太祖之位了。昭穆既然弄错，太祖无处安放，这就大错特错了。”于是，桓玄设立的祖庙，追尊供奉桓温一人，举行郊祭仪式，桓玄也不过斋戒两天而已。秘书监卞承之私下说：“连自己的爷爷都不祭祀，由此可知，楚国的国运不会长久啊！”由于桓玄仅立一庙，所以，对于死去的庶母的祭奠，就没有固定的场所，而且，桓玄在先辈的忌日还与宾客们宴会，服丧期间照样欣赏音乐。桓伟下葬之日，桓玄早上哭临，可是，晚上就出宫游玩去了。桓玄的性格又十分急躁，他下令要召见一个人，那人必须马上来到面前，因此，值班的朝廷官员都将马匹系在衙门前，皇宫之内喧哗吵闹，不再有朝廷肃穆整饬之礼。《魏书·岛夷桓玄传》称其“骄逸荒纵，不恤时事，奏案停积，了不省览；或亲细事，手注直官，自用令史，制度乱出，主司奉签不暇。晨夜游猎，文武困乏。”桓玄如此，他的重臣也是这样，以卞范之为例，史书称：“玄既奢侈无度，范之亦盛营馆第。自以佐命元勋，深怀矜伐，以富贵骄人，子弟慠慢，众咸畏嫉之。”

桓玄即位以后，相继对地方大员进行调整：荆州刺史桓伟自去年七月去世以后，桓玄任命侄儿桓石康继任，此时维持不变；江州刺史，由向桓玄报信的侄儿桓石生接任，桓石生担任江州刺史不久即死去，此时，桓玄任命扣押的原豫章太守郭昶之接任；徐兖二州，仍然由堂兄桓修担任；豫州刺史原由桓玄自任，即位后，桓玄任命自己扣押的原广州刺史刁逵担任；司州刺史由桓玄任命的温详担任；青州刺史由桓修的弟弟桓弘担任，驻守在长江以北的广陵；雍州刺史由原部将冯该担任；广州和交州遥远，桓玄没有变动人事安排，交州刺史仍是东晋任命的滕遯之，广州刺史则是吴隐之。而让桓玄头痛的则是益州刺史毛璩，桓玄即位以后，即派遣使者加益州刺史毛璩为散骑常侍、左将军，这当然是为了拉拢毛璩。毛氏家族兴起于毛璩的爷爷毛宝，我们知道，毛宝是一员猛将，原是王敦下属，王敦死后，转投温峤，在苏峻之乱中，正是毛宝留下了忧疑不定的陶侃，最终取得了平乱的胜利，温峤、陶侃相继去世后，毛宝又被庾亮任命为豫州刺史，不久，庾亮即密谋实施北伐，但由于措置失宜，导致了江北邾城惨败，毛宝在撤退中溺水而死，庾亮也因此发病去世。毛宝比较有名气的有两个儿子：毛穆之和毛安之，毛穆之历任荆州刺史庾翼、桓温的参军，参与了桓温灭蜀、北伐等战役，桓温死后，被荆州刺史桓冲任推荐为益州刺史，驻守在巴郡（重庆市），负责抵御前秦来自益州方向的进攻。毛璩即为毛穆之之子，毛璩在淝水之战前夕为谢安卫将军参军，参加了淝水之战，并与田次之率军穷追苻坚本人，后代替郭铨为益州刺史至今。原本桓氏与毛氏是有渊源的，然而，一年前，桓玄在诛杀司马元显一党时，却铲除了毛璩叔叔毛安之诸子，即太傅从事中郎毛泰诸兄弟，在这种情况下，毛璩扣留了桓玄的使者，不接受楚国的任命。桓玄任命桓希为梁州刺史，分别派遣部将驻守巴郡（重庆市）、巴东（重庆市奉节县）、巴西（四川省阆中县）三巴，防备毛璩。毛璩向远近散发讨伐桓玄的文告，宣布桓玄的种种罪恶，派遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏将军司马甄季之率军击破桓希的围堵，于是，毛璩率领大军东下，一直推进到奉节以东的白帝。