桓玄此人还有东晋名士特有的矫情，他的性格特征多的是色厉内荏，多的轻佻短视，少了一点成大事者必备的坚韧和厚重：元兴二年年初，在桓玄基本上清除了北府残余势力之后，他对外宣称即将率领大军，实施北伐，扫清中原。可是，他内心根本没有北伐的打算，很快的，他又暗示朝廷下诏不同意，接到诏书以后，他又堂而皇之地宣布：“遵照诏书的命令，这才停止军事行动。”当初，准备出发的时候，桓玄再三嘱托要有关部门置办快船，装载书画、服饰、古玩，有人询问原由，他回答道：“军事行动十分危险，万一有个闪失，小船吃水浅，容易逃走。”同时，桓玄性格有非常贪婪，心理阴暗，别人家有好的书法作品、好的绘画、好的庄园府邸，他总是想尽千方百计要搞到手，可是，又碍于面子，不肯强行夺取或者索要，就采取赌博的方式务必要从人家手里赢取；他还非常喜欢奇珍异宝，珠宝玉器从不离手。桓伟死后，桓玄服丧恸哭失声，这时，官员称要节哀顺便，桓玄立即收泪去除丧服，作乐尽欢。在治国措施上，桓玄也并无什么办法，开始的时候，他曾经打算废除使用货币，而改用谷子、布帛，并恢复肉刑，折腾一番之后，又不断变换花样，结果是一件也没有落实。就是这样一个人，其能力只能做一个太平郡守或者附庸风雅的名士，岂能成为一个乱世枭雄！

可是，桓玄自己并不这么想，尤其是桓伟去世以后，桓玄深知自己的不臣之心，天下皆知，与其这样拖延着，导致民怨沸腾，倒不如速速篡位，让民心有所依归。与此同时，姐夫殷仲文、丹阳尹卞范之也都劝桓玄早早接受禅让，于是，桓玄开始命令手下暗中制作九锡册命的各类文件，并且，为了体现水涨船高，他还提前晋升群臣的官职，为自己接受九锡做铺垫：解除司徒琅邪王司马德文的职务，晋升其为太宰；晋升桓谦为侍中、卫将军、开府、录尚书事；王谧晋升为散骑常侍、中书监，领司徒；桓胤为中书令；加桓修为散骑常侍、抚军大将军。设置学官，教授二百多名二品以上官员的子弟。然后，又矫诏加封自己为相国，总百揆，封南郡、南平、宜都、天门、零陵、营阳、桂阳、衡阳、义阳、建平等十郡为楚王，扬州牧，领平西将军，豫州刺史不变，加九锡之物，并暗示晋安帝在正殿正式颁布诏命。晋安帝只得服从，然而，当皇帝颁布了册命之后，桓玄却反复辞让，晋安帝不得已，只得又下诏命令百官到相国府中劝说，司马德宗还说：“当亲自前去劝说。”桓玄看到戏演得差不多了，这才如愿以偿地接受了其父毕生没有得到的九锡之命。于是，桓玄又矫诏尊其父桓温为楚王，南康公主为楚王后，任命平西将军长史刘瑾为楚国尚书，刁逵为楚国中领军，王嘏为楚国太常，殷仲文为楚国左卫将军，皇甫敷为楚国右卫将军等，一共任命了六十多位楚国官吏。桓玄解除了平西将军、豫州刺史一职，将原有平西将军府的文武官员全部划归相国府。

桓玄是在击败司马元显一年半以后，得到九锡之礼的。此时，桓伟刚刚去世，桓石康尚未到任，新野人庾仄为南阳太守，本为殷仲堪一党，当他听说桓玄接受九锡的消息以后，认为此时正是起兵讨伐桓玄的良机，他率军南下，突袭襄阳，雍州刺史冯该被击败，弃城而逃。庾仄有七千之众，他在襄阳城南设置盟坛，祭奠司马氏的祖宗，对外宣称将要讨伐桓玄，江陵一片恐慌。南蛮校尉参军庾彬、安西将军参军杨道护、江安县令邓襄子密谋接应庾仄。幸好，不久桓石康就到达了江陵，他与南蛮校尉羊僧寿一起率军北上进攻襄阳，庾仄所部不战自溃，庾仄逃奔后秦，庾彬等人均被杀。在这当儿，一直被废徙长沙的桓玄二哥桓济之子桓亮，以讨伐庾仄为名，在罗县（湖南省湘阴县境）起兵。桓济在桓温死后，曾与大哥桓熙一道密谋杀掉叔父桓冲，反被桓冲废黜，桓冲立桓玄作为桓温的世子，对于桓玄而言，虽然桓济是自己的哥哥，但却有着厉害冲突，而桓亮也是借机企图咸鱼翻身，他自称平南将军、湘州刺史。长沙相陶延寿（陶侃的玄孙、陶渊明的族子）因桓亮趁乱起兵，将其逮捕，桓玄下令把桓亮流放到衡阳，并诛杀了他的同党桓奥等人。

庾仄起义与桓亮举兵，只是一个小小的插曲，并没有影响到桓玄篡位的步伐。元兴二年（公元403年）十月，也就是在他接受九锡之命的第二月，他上表要求回到自己的封国楚国，这当然还是他一贯的做派——只是在演戏。在写好上表以后，桓玄自己又替皇帝写了一份挽留自己的诏书，让宫中的使者代替皇帝前来宣布，自己挽留自己，好像还不过瘾，不久，桓玄又上表坚决要求归国，而后，他又暗示晋安帝亲自写下手诏挽留。桓玄“不得已”继续留在姑熟以后，即加快了篡位的步伐。为了给自己的篡位增添祥和的氛围，他开始制造祥瑞：对外宣布钱塘临平湖（杭州市余杭县临平镇）湖水满了。临平湖，现在已经淤废，仅存小河，魏晋时期，临平湖十分神奇，当时有句谶言说：“湖水干涸天下乱，湖水满溢天下平”。东汉末年，此湖干涸，到东吴孙皓统治时期，湖水突然满溢，被称为湖开，结果，西晋统一；到了南北朝末期陈朝时，湖水再度满溢，隋朝统一。桓玄此举也是为了应景，他让百官入朝祝贺，而后，桓玄又以皇帝的口吻矫诏表扬自己说：“祥瑞之事，不是朕敢听的，这全是相国桓玄的德行使然，所以，上天才降下祥瑞。从今往后，天下太平，四海同庆，朕满心欢喜，激动得无以言表！”桓玄还让人报告，甘露降在江州王成基家的竹叶上。桓玄还想到，历代都有隐士，偏偏今世却没有，为了粉饰太平，他找到皇甫谧的六世孙皇甫希之，让他提前隐居在山林，然后让皇帝下诏征召其为著作郎，并赏赐给他财物，但又暗示皇甫希之不要接受，然后，又让皇帝下诏称其为高士，可是，当时的人们都嗤之以鼻，称其为冒牌的隐士。