三五六、荆扬冲突
隆安五年（公元401年），司马元显刚好20岁。
此时，他的职务是尚书令、中书令、扬州刺史，并且，在去年五月谢琰被杀以后，司马元显又请求兼任徐州刺史一职，朝廷以其为开府仪同三司，都督扬州、徐州、兖州、青州、幽州、冀州、并州、荆州、江州、司州、雍州、梁州、益州、交州、广州十六州诸军事，兼徐州刺史，又加封其子司马彦玮为东海王。
孝武帝司马曜死后，晋安帝继位之初的隆安年间，仅仅持续了五个年头，在这五年里，北中国的北魏政权彻底摧毁了后燕，兼并高车各部，迅速崛起；后凉吕光病死后，内讧不断，国土分裂，北凉、南凉、西凉相继兴起；关中地区的后秦相继灭掉西秦，臣服了四凉，但在接下来的元兴元年（公元402年）与北魏的柴壁大战中，一败涂地，逐渐走上了衰落。与此同时，在这五年中，东晋朝廷也经历了残酷而又激烈的权力之争。孝武帝司马曜驾崩以后，东晋中枢与地方之间的权力平衡被打破，隆安元年王恭即发动了第一次讨伐王国宝的军事行动，这次行动以司马道子诛杀王国宝、给王恭谢罪而告终；但是，双方的矛盾并没有因此而消除，为了加强中枢的力量，司马道子一方面依靠儿子司马元显和宗室司马尚之兄弟，另一方面增强中央在地方的影响力，任命王国宝之兄王愉为江州刺史；然而，恰恰是司马道子此举招致了豫州刺史庾楷的不满，他联络王恭、殷仲堪于隆安二年再次发动对中央的军事行动，在这次争斗中，司马元显成功地说服北府将刘牢之背叛王恭，中央军在荆州殷仲堪、桓玄、杨佺期兵马到来之前，迅速平定了王恭、庾楷，接着，他又采取桓谦之计，促使了殷仲堪、桓玄、杨佺期三人相互猜疑，虽然经过浔阳莅盟，三方暂时消除了矛盾，但也就此撤军，顺利化解了一场危机，在荆州三人之间埋下了冲突的种子；为了进一步增强中央的势力，司马元显在隆安三年下诏征发三吴“免奴为客”者参军，号称乐属，致使三吴激起孙恩之变，经过两年多的平乱，暂时消除了孙恩的威胁，而就在这两年多的时间里，由于司马道子父子因孙恩之变，无暇顾及上游，在司马道子父子的纵容之下，桓玄迅速夺占了荆州、雍州，诛杀了殷仲堪和杨佺期二人，司马道子父子无奈，只得任命其为都督荆州、司州、雍州、秦州、梁州、益州、宁州、江州以及扬州、豫州八郡诸军事，荆州、江州刺史；桓玄又擅自任命其兄桓伟为冠军将军、雍州刺史。在孙恩之乱被暂时平定之后，桓玄进一步加强对大荆州地区的控制，并将防守的重心放到了对付下游上，他上书请求中央任命自己的哥哥雍州刺史桓伟为江州刺史，镇守夏口（湖北省武汉市）；任命自己的司马刁畅为辅国将军、都督八郡诸军事，驻守襄阳，刁畅是刁协的孙子，前徐兖刺史刁彝的二儿子，他的哥哥刁逵为广州刺史；桓玄还命令部将皇甫敷、冯该率军驻守湓口（江西省九江市境），将沮漳河一带的少数民族迁往长江以南，在今湖北省荆门市一带设置武宁郡；召集流民，在今湖北省沔阳县一带设立了绥安郡。随着实力的膨胀，桓玄自认为已经拥有东晋三分之二的地盘，逐渐产生了企图取而代之的野心，多次让人向他呈献吉兆符瑞，以迷惑人心；东晋朝廷征召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，但桓玄均将他们扣留下来。
与此同时，司马元显也在不断巩固自己的地位，除了兼任了徐州刺史之外，他还诛杀朝中的异己势力。江绩，先为司马道子骠骑将军主簿，后为殷仲堪的下属南郡相，拒绝追随殷仲堪反叛，后被司马道子征召为御史中丞；车胤，就是那位囊萤夜读的主人公，此时为吏部尚书，这两个人都可以说是朝廷的柱石。司马元显深夜大开皇宫六门，江绩作为御史中丞，他秘密对司马道子通报，并称将要上书皇帝，司马道子没有听从，车胤也对司马道子建议说：“元显骄傲放纵，应当予以制止。”司马道子听了，默不作声。司马元显听说以后，问司马道子：“车胤屏退他人，与你秘密说些什么话？”司马道子没有回答。司马元显再三询问，司马道子被问恼了，说道：“你是想软禁我吗？不让我与朝廷重臣说话！”司马元显退下以后，对自己的同党们说：“江绩、车胤想离间我们父子关系！”司马元显派人指责江绩、车胤二人，不久，江绩就自杀了，车胤也去世了，二人死后，朝野十分痛惜。
对于司马道子父子的专权跋扈，荆州的桓玄看在眼里，喜上眉梢。他借孙恩之乱大做文章，给司马道子写信说：“贼人逼近京师，因大风而迟迟不进，因大雨而无法生火，粮尽而去，并非是力量不足。昔日王国宝死后，王恭没有趁此机会，入朝统领朝政，由此可知，其人本心并不是要与明公对抗，可是，却身负不忠之名。如今的朝廷清贵们，能够称得上当世名流的还有谁呢？岂能说没有这样的人，只是你们不信任罢了。任用有理想有抱负的人，才能指望他们既忠且义；对于贪财忘义之徒，为何要信用他们呢？如此以来，逐渐酿成今日之祸。宰相之位，谈何容易，自求多福则马上福到，如果找事则也会大祸临头。朝廷的大员们，岂能不知此理？只是不愿惹祸上身而已。桓玄我身处边陲，所以才披肝沥胆，说出实情。”想当年，桓玄在司马道子府上曾被吓得汗流浃背，伏地不起，但今非昔比，言语之间咄咄逼人，指斥朝廷用人不当，司马元显看到以后，不禁大为恐惧。
于是，司马道子父子与桓玄之间的矛盾，立即就凸显了出来。司马元显的亲信张法顺对司马元显说：“桓玄凭借其父祖积累下来的声望，一直以英雄自诩，兼并殷仲堪和杨佺期以后，全取大荆州地区。桓氏长期以来盘踞那里，当地军民也许会为其效命，而您所能控制的地区，仅有三吴区区之地。孙恩叛乱，又让三吴生灵涂炭，百姓饥馑，国库空虚，桓玄肯定会趁此机会，以达到他卑鄙的目的，我对此十分担忧。”司马元显问计，张法顺接着建议道：“桓玄刚刚得到荆州，人心尚未完全归附，他还忙于安抚本地，而未暇他顾。趁着他如今的这种状况，发兵将其诛灭，让刘牢之作为前锋，而您则率领大军随后进发，桓玄的人头肯定会悬挂于您的帐前。”司马元显表示同意，他派遣张法顺前去京口，与刘牢之商量此事，刘牢之听了，自忖桓玄年轻气盛，素来有英雄之名，担心难以取胜，他又想到，假如灭掉了桓玄，自己将功高震主，肯定不会被司马元显所容，因此，面露难色。张法顺从京口回来以后，向司马元显报告说：“我观察刘牢之的脸色，其人肯定不会为我所用，不如将其征召到京师以后，先行诛杀，不然的话，肯定会坏我大事。”司马元显不从。张法顺的计策，可谓是知彼而不知己，正如张法顺所言，桓玄的确是刚刚占领大荆州不久，如果朝廷出兵荆州，桓玄内部极有可能会出现内讧，然而，朝廷可资依靠的军队也只有北府兵和豫州的军队，而且，京师建康刚刚经历了孙恩之乱，实力也非常薄弱，在这种情况下，兴师讨伐桓玄，并没有必胜的把握。
原豫州刺史庾楷自投奔桓玄以后，被任命为武昌太守，桓玄在前不久整军要求东下平定孙恩之乱时，又任命他为右将军，此时，庾楷看到桓玄与朝廷发生矛盾，他担心桓玄将会失败，为了保全自己，他主动结好司马道子父子，秘密对司马元显说：“桓玄不得民心，军队不愿为其效力，如果朝廷派军前来讨伐，我将作为内应。”在这种情况下，司马元显决定先发制人，利用刚刚打退了孙恩的北府兵，一举将桓玄击败，重树朝廷的威信。
元兴元年（公元402年）一月一日，东晋朝廷在击退孙恩一个多月以后，即下诏指斥桓玄的罪状，并加司马道子为侍中、太傅，设置左右长史、司马、从事中郎四人，骠骑将军的文武全部划归太傅府；任命尚书令司马元显为侍中、骠骑大将军、开府仪同三司、征讨大都督、都督十八州诸军事，加黄钺，班剑二十人；任命镇北将军刘牢之为前锋都督、征西将军、领江州刺史；以前将军谯王司马尚之为刘牢之的后继，以司马尚之的儿子司马文仲为宁远将军、宣城内史，同时，大赦天下，改元元兴。
一时之间，在北中国的两大强国北魏与后秦之间行将展开柴壁对决的时候，平静多日的东晋荆扬之间也剑拔弩张起来……