向豫州刺史司马尚之要兵，只是司马元显巩固中央的举措之一。司马元显深知，要想牢牢地树立东晋朝廷的权威，对付崛起中的殷仲堪、刘牢之、桓玄等人，就必须以强大的军事实力为后盾，而如今，东晋朝廷的影响力仅仅局限于三吴地区，兵员短缺的问题就显得尤为突出。隆安三年十月，司马元显下令，将原来是奴户而被赦免成为客户的人，号称为“乐属”，全部迁往建康，征召为士兵。奴户，是指那些因犯罪或者战争中的俘虏，这些奴户被赦免以后，成为官员士族庇护下的劳动力，被成为客户。司马元显此举，与晋元帝太兴四年（公元321年）“免中州良民遭难为扬州诸郡僮客者以备征役”，从性质上来看是完全一样，但是，那次虽然也得罪了门阀士族，引发了普遍的不满，但尚未激发出大规模的变乱，据《魏书·桓玄传》所附后来桓玄讨伐司马元显的檄文所称，司马元显是“苦发乐属，枉滥者众，驱逐徙拨，死叛殆尽”，由于两年多来东晋发生了接二连三的动荡，已经弄得民不聊生，这次司马元显强征乐属，不仅损害了乐属家庭和原来的乐属主人的利益，而且征发枉滥，又让三吴的豪族、自耕农与乐属同起反抗，使得三吴地区人人思乱，并直接引发了一场大规模的起义——孙恩起义。

孙恩，字灵秀，琅邪人，与西晋司马伦时期的中书令孙秀同族，世代尊奉五斗米道。孙恩的叔父孙泰，字敬远，拜钱塘杜子恭为师父，而杜子恭却身怀秘术，他曾经向别人求借一把切瓜刀一用，那人索要，杜子恭说马上就还，不久，那人坐船前往嘉兴，途中一条鱼跃入船舱中，打开鱼腹，只见那把切瓜刀正在鱼腹之中。杜子恭死后，孙泰学得了他的道术，当地百姓象敬奉神明一般敬奉他，王珣向司马道子说了孙泰的事，司马道子将其流放到了广州，广州刺史王怀之任命他为代理郁林太守，交州、广州之民同样信奉他。太子少傅王雅过去与孙泰私交很好，对好色的孝武帝说孙泰知道养生之方，于是，孝武帝将其召回，司马道子任命其为徐州主薄，后来被升任为辅国将军、新安太守。王恭之乱时，孙泰也招募了数千义兵，与王珣等人驻守石头城，当时，孙泰依然用秘术迷惑百姓，黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议参军周勰等人都对其十分相信，司马元显也多次向孙泰请教秘术。孙泰看到天下将乱，以为晋朝将要灭亡，私下招募了不少道徒，积聚了上亿的家产，当时的朝士都担心孙泰为乱，只是由于其与司马元显关系很好，因而都不敢揭发，到隆安二年十二月二十二日，也就是在荆州之军退去一两个月之后，会稽内史谢輶首先揭发了孙泰的阴谋，司马道子命令司马元显将孙泰诱捕并斩首，并诛杀了他的六个儿子，孙恩在这场突如其来的灾祸中侥幸脱逃，逃入海岛（即舟山群岛），三吴的信徒都认为孙泰是羽化登仙了，对海岛中的孙恩继续供应物资。孙恩召集了一百多名亡命之徒，时时刻刻就想着杀回陆地，报仇雪恨。

孙恩在海岛上呆了十个月左右，就发生了司马元显征发“乐属”的事情。于是，他趁着三吴地区民怨沸腾，率众从舟山群岛出发，进入杭州湾，在上虞（浙江省上虞县）登陆，击斩了上虞县令，顺势进攻会稽（浙江省绍兴市）。此时的会稽内史是接替谢輶的王凝之，琅邪王家世代信奉五斗米道，王凝之本人更是对此笃信不疑。孙恩击破上虞之后，转兵会稽郡，下属都劝王凝之早作准备，但他却不从，而是从容进入室内作法祈祷，不久，王凝之从屋内出来，对诸将说：“大家不用担心，我已经请了鬼兵相助，敌人很快就会自行消灭。”于是，不做任何防备，孙恩顺利攻进会稽城，王凝之及其儿子们均被杀。王凝之的妻子谢道韫，听说丈夫儿子被杀的消息，命令婢女们抬着小轿，自己抽出短刀座上小轿出门，看到孙恩的部众前来，谢道韫亲自诛杀了数人，最后被俘。谢道韫的外孙刘涛，时年才几岁，孙恩部众意欲加害，谢道韫说：“事情是王家的事，与他族又有什么关系！如果你真要杀他，宁可先杀了我！”孙恩听了，将两人都放了。后来，国破家亡的谢道韫一直寡居在会稽，后来的会稽内史刘柳久闻谢道韫的大名，曾登门拜访，相谈之后，刘柳叹息说：“实在是过去未曾见到过的，听了她的言谈，让人身心俱服。”谢道韫就是这样一个能文能武的女人，而相形之下，其丈夫王凝之却缺乏了父亲王羲之那种才子的飘逸洒脱，难怪谢道韫在初嫁王凝之时，有过那段“归宁抱怨”的往事。

孙恩的起事绝对是经过精心的策划的，十个月之前，孙恩的部众才仅仅一百多人，然而，在其占领会稽前后，其部众就猛增到了数万之众，于是，会稽（浙江省绍兴）谢缄、吴郡（江苏省苏州市）陆瑰、吴兴（浙江省湖州市）丘尪、义兴（江苏省宜兴市）许允之、临海（浙江省临海县）周胄、永嘉（浙江省温州市）张永以及东阳（浙江省金华市）、新安（浙江省淳安县）等八郡，同时造反，杀掉地方官吏响应孙恩，十天之内，孙恩部众就达到了数十万。吴兴太守谢邈，永嘉太守谢逸，嘉兴公顾胤，南康公谢明慧，黄门郎谢冲、张琨，中书郎孔道，太子洗马孔福，乌程令夏侯愔等都被孙恩部众所杀；吴国内史桓谦，义兴太守魏鄢，临海太守、新蔡王司马崇等人都弃城而逃，孙恩以会稽为根据地，自称征东将军，号其党羽为“长生人”，传令诛杀异己，有服从的人家连婴儿也要被诛杀，居民被杀的有十分之七八。变民们将县令剁成肉酱，让其妻子儿女吃掉，不吃的，予以肢解；他们焚烧仓库、住宅，砍伐树木，填塞水井，离开家乡，向会稽集中，怀抱婴儿的妇女行动不便的，竟然将亲生孩子投入水井中国，祷告说：“祝贺你提前登上仙境，我随后再去找你。”

孙恩来势迅猛，很快就占领了三吴的八郡之地，他对自己的下属说：“天下没事了，我当与你们一起身穿朝服，前往建康。”于是，他上书朝廷，要求诛杀司马道子父子，为自己的叔父孙泰报仇。此时，建康城内外也有孙恩潜伏的党羽，各地盗贼也顺势而起，晋安帝登基以后，建康城内每年总要经历一次危机，这是第三次危机了。于是，朝廷下诏再次加司马道子黄钺，以司马元显为中军将军，命令徐州刺史谢琰兼都督吴兴、义兴二郡诸军事，前往讨伐叛乱；刘牢之也随同谢琰一起南下，上表之后不等朝廷答复，就出发了。