淝水之战是以谢氏家族子弟为主导，依靠与谢氏家族有千丝万缕联系的豫州、兖州、徐州将士取得的一次决定性的胜利，它的胜利保存了东晋的国祚，促使了前秦王国的瓦解，也奠定了南北割据的局面，然而，淝水之战的大胜并没有给谢氏家族带来应有的荣誉，反而让谢安陷于功高不赏的窘境。十一月庚申日，孝武帝司马曜下令卫将军谢安到金城犒劳凯旋而归的胜利之师。十二月，东晋朝廷任命谢石为尚书令，进谢玄军号为前将军，谢玄坚决推辞。到第二年三月，又进谢安为太保。不过，事情到此为止，对于淝水之战的有功将士，司马曜没有再进行任何的封赏，封赏事宜一直拖到谢安去世以后才进行，已经两年以后的事情了。是司马曜不愿意封赏，还是谢安为了避嫌予以拒绝，我们已经无由得知。不过，我们可以确切地知道，在淝水之战结束以后，谢氏家族面临了一场前所未有的危机，而这场危机还源于谢安的女婿王国宝。王国宝是王坦之的第三子，在谢安的主导下，孝武帝司马曜与太原的王蕴之女结为婚姻，而王坦之家族却将女儿嫁给了司马曜的弟弟司马道子。由于谢安讨厌王国宝的为人，因此，一直对其压抑不用，当然，谢安此举未必不是压抑太原王坦之家族的一种举措，这令王国宝十分怨恨。于是，王国宝利用堂妹是会稽王司马道子王妃的便利条件，逐步赢得了司马道子的信任，并通过司马道子馋间谢安。年轻的司马曜虽然是一个名副其实的酒肉皇帝，但却一直想要恢复皇权，他当然不愿看到谢氏家族成为下一个威胁皇权的庞大力量，因此，开始对谢安疏远起来。其实，王国宝的谗言仅仅是司马曜疏远谢安的诸多因素之一，疏远谢安主要还在于此时的谢氏家族一门独大的客观情况，已经引起了皇帝和其他门阀世族的警惕。这些因素大致有这些：一是来自于皇权与相权的基本矛盾；二是来自于桓氏家族的反击，在淝水之战前，因江州刺史一职让一直以来处处推让的桓冲大怒，使得谢氏家族与实力尚强的桓氏家族关系出现了裂缝；三是来自亲近桓氏的旧族的不满。虽然桓温篡逆之心，世所共知，但谢氏女婿、琅邪王氏王珣，却公开表示桓温“废昏立明”，对社稷有功，这引起了谢安的不满，与王氏离婚，两族遂成仇人，王珣也一直受到谢安的排挤。琅邪王氏自王导王敦以后没再出现过掌握地方实权的军阀，但该家族的影响力不可小觑；四是其他宗族的不安。韩康伯之叹，将谢氏之兴直接比作王莽之时，话说得是很重的，直接反映了当时普通世族对谢氏家族的不满。

据《晋书，桓伊传》的记载，孝武帝曾经召豫州刺史桓伊入宫饮宴，当时谢安在座，司马曜让桓伊吹笛助兴，桓伊当即吹了一曲，然后，他放下笛子说：“臣下弹筝虽然不及吹笛，但自以为也能将音韵和于筝歌，并请再找来一位吹笛的伴奏。”司马曜就让宫中的歌妓吹笛，但桓伊又说：“宫中吹笛之人与臣难以配合好，臣有一位奴仆，与臣配合得很好。”司马曜对桓伊的直率十分赞赏，就同意召桓伊奴仆入宫，于是，那位奴仆吹笛，桓伊则抚筝歌唱《怨诗》：“为君既不易，为臣良独难。忠信事不显，乃有见疑患。周旦佐文武，《金縢》功不刊。推心辅王政，二叔反流言。”桓伊歌声慷慨，动人心魄。谢安听着听着，不禁泪流满面，他不由自主地挪到桓伊的席子上，捋着桓伊的胡须，赞赏道：“使君的确不同凡响。”桓伊当然是在借古讽今，替谢安鸣不平，司马曜也是心知肚明，十分惭愧。桓伊虽然是桓氏的疏族，但是，他与谢安之间的关系却很好，两人对音乐都有着共同的爱好，《世说新语》记载，每每桓伊听到有人放声歌唱，就不由自主的说道：“我可怎么办呢！”谢安说他对于音乐是“一往有深情。”除了私交甚好之外，桓伊也参加了淝水之战，对于淝水之战的贬损，无疑也会损害桓伊的切身利益。

淝水之战后，秦王苻坚退回长安，秦王国出现了分崩离析的局面，秦中央政府逐渐失去了对地方的控制能力，各地“所在屯结”。在东晋上层出现排挤谢氏家族倾向的同时，东晋军队也瞅准这个时机，对前秦王国发起了反攻：东线，鹰扬将军刘牢之率军攻下了谯城，以安丰太守戴宝率军戍守。刘牢之因此也被升为龙骧将军、彭城内史，赐爵武冈县男，食邑五百户。西线，车骑将军桓冲派遣上庸太守郭宝攻秦魏兴、上庸、新城三郡，秦魏兴太守褚垣、上庸太守段方均投降晋军，新城太守麹常弃城而逃，三郡均被东晋朝廷收复。桓冲又命令杨亮之子、将军杨佺期进据成固，进攻秦梁州刺史潘猛，与潘猛汉中地区胶着。杨佺期为弘农杨氏，门第高贵，他与哥哥杨广、弟弟杨思平均骁勇善战，杨佺期自认为江南所有的高门都比不过自己家，有人将他们家与琅邪王珣相比，他都十分不满。我们知道，东晋门阀等级森严，据颜延之的《观我生赋》自注说，随晋元帝司马睿下江东的有一百家士族，因此，江东就有了《百家谱》，到司马曜时代，朝廷更是派人帮助贾弼之修订《十八州士族谱》，七百余卷，形成了完备的家谱学。这些流亡江东的士族权利完全按照过江早晚决定，由于杨佺期的父亲杨亮归降晋朝较晚，因此，每每被江左大族视为低等士族，“婚宦失类”，这让他经常是切齿痛恨，一直想通过建功立业，恢复家族昔日的荣耀。通过东晋军队的一系列反攻，截止太元九年年初，东线晋军已经收复黄河以南的部分地区，而西线晋军则推进至汉中地区。

到了这一年的二月，病中的桓冲因为自己曾担心谢安没有能力抵御苻坚大军而失言，再加上与桓氏交好的朱序也因谢氏子弟的缘故而回到了江东，这让桓冲十分惭愧，病重而死，时年五十七岁。过去，郗鉴、庾亮、庾翼临终的时候，都上书安排自己的亲戚，而桓冲只给谢安写信说：“妙灵、灵宝尚小，亡兄寄托不终，以此为恨！”灵宝就是桓玄。桓冲的灵柩离开江陵的时候，江陵百姓临江哀号。《世说新语·尤悔》称桓冲闻淝水大捷，发病死，“谈者以为此死，贤于让扬之荆。”明眼人以为，桓冲之死，避免了桓氏与谢氏在淝水之战以后终将爆发的大乱，也使得桓冲的令誉得以保全。

桓冲生前身兼荆州和江州两州刺史，加上此时的谢玄立下大功，因此，有人请求任命谢玄为荆、江二州刺史。谢安担心谢氏名声太盛，又害怕桓氏家族不满，于是，任命梁郡太守桓石民为监荆州军事、西中郎将、荆州刺史，河东太守桓石虔为监豫州扬州五郡军事、豫州刺史，豫州刺史桓伊为都督江州荆州十郡豫州四郡军事、江州刺史，维持了桓氏家族在豫州、荆州、江州的存在。谢安这样安排是颇具深意的：桓石民曾任谢安参军，且名望较高，让其担任荆州刺史相对易于控制；桓石虔屡立战功，且骁勇难制，将其放在豫州，东有徐兖刺史谢玄，西有江州刺史桓伊，且豫州长期属于谢氏地盘，不难控制；让桓伊担任江州刺史，处于中游地带，当然是为了隔开桓石虔、桓石民两兄弟。谢安用这种方式，维系着桓氏、谢氏家族利益的平衡。